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五年正月，凱旋。宗棠以粵寇既平，首議減兵並餉，加給練兵。又以海禁開，非製備船械不能圖自強，乃創船廠馬尾山下，薦起沈葆楨主其事。會王師征西陲回亂久無功，詔宗棠移督陝、甘。十月，簡所部三千人西發，令劉典別募三千人期會漢口，中途以西撚張總愚竄陝西，命先入秦剿賊。
陝、甘回眾數至百萬，與撚合。宗棠行次武昌，上奏曰：「臣維東南戰事利在舟，西北戰事利在馬。撚、回馬隊馳騁平原，官軍以步隊當之，必無幸矣。以馬力言，西產不若北產之健。撚馬多北產，故撚之戰悍於回。臣軍止六千，今擬購口北良馬習練馬隊，兼制雙輪砲車。由襄、鄧出紫荊關，徑商州以赴陝西。經營屯田，為久遠之規。是故進兵陝西，必先清關外之賊；進兵甘肅，必先清陝西之賊；駐兵蘭州，必先清各路之賊：然後餽運常通，師行無阻。至於進止久速，隨機赴勢，伏乞假臣便宜，寬其歲月，俾得從容規畫，以要其成。」
六年春，提兵萬二千以西。議以砲車制賊馬，而以馬隊當步賊。撚倏見砲車，皆不戰狂奔。時陝西巡撫劉蓉已解任，總督楊嶽斌請歸益急。詔寧夏將軍穆圖善署總督，宗棠以欽差大臣督軍務。分軍三道入關，而皖南鎮總兵劉松山率老湘軍九千人援陝，山西按察使陳湜主河防，其軍皆屬焉。松山既屢敗撚，又合蜀軍將黃鼎、皖軍將郭寶昌，大破之富平。撚掠三原，沿渭北東趨，回則分黨西犯，麕集北山。宗棠以撚強於回，當先制撚。檄諸軍憑河結營，期蹙而殲之涇、洛間。撚乘軍未集，又折而西渡涇、渭，窺豫、鄂。已而大軍進逼，勢不復能南，乃趨白水。乘大風雨，鋌走入北山。宗棠防撚、回合勢，且北山荒瘠，師行糧不繼，因急扼耀州。十月，撚敗走宜川，別黨果竄耀州，合回匪攻同官。留防軍不能禦，典、連升軍馳救，大破之。諸軍將雖屢敗撚，終牽於回，師行滯；而撚大眾在宜川者益北擾延長，掠綏德，趨葭州，回亦自延安出陷綏德。宗棠自以延、綏迭失，上書請罪，部議革職。時北山及扶、岐、汧、隴、邠、鳳諸回，所在響應。撚自南而北，千有餘裡，回自西而東，亦千有餘裡。陝西主客軍能戰者不及五萬，然回當之輒敗。松山等克綏德，回走米脂，撚復分道南竄。於是劉厚基出東北追回，松山等循西岸要撚。師抵宜川，回大出遮官軍，留戰一日，破之；而撚遂取間道逾山至壺口，乘冰橋渡河。宗棠奉朝旨，山右毗連畿輔，令自率五千人赴援，以劉典代督陝甘軍。
是年十二月，撚自垣曲入河南，益北趨定州，遊騎犯保定，京師戒嚴。詔切責督兵大臣，自宗棠、鴻章及河南巡撫李鶴年、直隷總督官文，皆奪職。宗棠至保定，松山等連破賊深、祁、饒、晉。當是時，撚馳騖數百里間，由直隷竄河南、山東，已復渡運越吳橋，犯天津。鴻章議築長圍制賊；宗棠謂當且防且剿，西岸固守，必東路有追剿之師，乃可掣其狂奔之勢：上兩從其議。於是勤王師大集，宗棠駐軍吳橋，撚徘徊陵邑、濟陽，合淮、豫軍迭敗之，總愚走河濱以死，西撚平。入覲，天語褒嘉，且詢西陲師期。宗棠對以五年，後卒如其言焉。
七年十月，率師還陝，抵西安。時東北土寇董福祥等眾十餘萬，擾延安、綏德，西南陝回白彥虎等號二十萬，踞甘肅董志原。松山至，破土寇，降福祥；而回益四出剿掠，其西南竄出者，併力擾秦川，黃鼎破之。宗棠進軍乾州，諜報回巢將徙金積堡，分軍擊之，遂下董志原，連復鎮原、慶陽，回死者至三萬。督丁壯耕作，教以區田、代田法。擇嶮荒地，發帑金巨萬，悉取所收饑民及降眾十七萬居焉。遂以八年五月進駐涇州。
甘回最著者，西曰馬朵三，踞西寧；南曰馬占鰲，踞河川；北曰馬化隆，踞寧夏、靈州。化隆以金積堡為老巢，堡當秦、漢兩渠間，扼黃河之險，擅鹽、馬、茶大利。環堡五百餘寨，黨眾嘯聚。掠取漢民產業子女。陝回時時與通市，相為首尾。化隆以新教煽回民，購馬造軍械，而陽輸誠紿穆圖善。董志原既平，陝回竄靈州，化隆上書為陝回乞撫。宗棠察其詐，備三月糧，先攻金積堡，以為收功全隴之基。及松山追陝回至靈州，扼永靈洞。化隆懼，仍代陝回乞撫，謀緩兵，穆圖善信之，日言撫，綏遠城將軍至劾松山濫殺激變。然化隆實無意降也，密召諸回並出劫軍餉。十一月，宗棠進駐平涼。九年，松山陣歿，以其兄子錦棠代之，戰屢捷，而中路、南路軍亦所向有功，陝回受撫者數千人。及奪秦壩關，化隆益窘，詣軍門乞降，誅之，夷其城堡。遷甘回固原、平涼，陝回化平，而編管鈐束之，寧、靈悉定。奏言進規河湟，而是時有伊犁之變，詔宗棠分兵屯肅州，乃遣徐占彪將六千人往。
十年七月，自率大軍由平涼移駐靜寧。八月，至安定。寇聚河州，其東出，必繞洮河三甲集，集西太子寺，再西大東鄉，皆險要。諸將分擊，悉破平之。時回酋朵三已死，占鰲見官軍深入，西寧回已歸順，去路絶，遂亦受撫。河州平。
十一年七月，移駐蘭州。占彪前以伊犁之變率師而西也，於時肅州阻亂，回酋馬文祿先已就撫，聞關外兵事急，復據城叛。及占彪軍至，乃嬰城固守，而乞援西寧。陝回白彥虎、禹得彥亦潛應文祿。會錦棠率軍至，西寧土回及陝回俱變，推馬本源為元帥。西寧東北阻湟水，兩山對峙，古所稱湟中也。賊據險而屯，俄敗走，遺棄馬騾滿山穀，竄巴燕戎格。大通都司馬壽復嗾向陽堡回殺漢民以叛。十二年正月，錦棠攻向陽堡，奪門入，斬馬壽，遂破大通，搗巴燕戎格，誅本源，河東、西諸回堡皆降。文祿踞肅州，詭詞求撫，益招致邊外回助城守，連攻未能下。八月，宗棠來視師，文祿登城見帥旗，奪氣。請出關討賊自效，不許。金順、錦棠軍大集，文祿窮蹙出降，磔之。白彥虎竄遁關外，肅州平。以陝甘總督協辦大學士，加一等輕車都尉。奏請甘肅分闈鄉試，設學政。十三年，晉東閣大學士，留治所。自鹹豐初，天下大亂，粵盜最劇，次者撚逆，次者回。宗棠既手戡定之，至是陝、甘悉靖，而塞外平回，朝廷尤矜寵焉。
塞外回酋曰帕夏，本安集延部之和碩伯克也。安集延故屬敖罕，敖罕為俄羅斯所滅，安集延獨存。帕夏畏俄逼，闌入邊。據喀什噶爾，稍蠶食南八城，又攻敗烏魯木齊所踞回妥明。妥明者，西寧回也，初以新教遊關外。同治初，乘陝甘漢、回構變倡亂，據烏城。帕夏既攻敗妥明降之，遂並有北路伊犁諸城，收其賦入。妥明旋被逐，走死，而白彥虎竄處烏城，仍隷帕夏。帕夏能屬役回眾，通使結援英、俄，購兵械自備。英人陰助之，欲令別立為國，用捍蔽俄。當是時，俄以回數擾其邊境，遽引兵逐回，取伊犁，且言將代取烏魯木齊。
光緒元年，宗棠既平關隴，將出關，而海防議起。論者多言自高宗定新疆，歲糜數百萬，此漏卮也。今至竭天下力贍西軍，無以待不虞，尤失計。宜徇英人議，許帕夏自立為國稱籓，罷西征，專力海防。鴻章言之尤力。宗棠曰：「關隴新平，不及時規還國家舊所沒地，而割棄使別為國，此坐自遺患。萬一帕夏不能有，不西為英並，即北折而入俄耳。吾地坐縮，邊要盡失，防邊兵不可減，糜餉自若。無益海防而挫國威，且長亂。此必不可。」軍機大臣文祥獨善宗棠議，遂決策出塞，不罷兵。授宗棠欽差大臣，督軍事，金順副之。
二年三月，次肅州。五月，錦棠北逾天山，會金順軍先攻烏魯木齊，克之。白彥虎遁走托克遜。九月，克瑪納斯南城，北路平，乃規南路。令曰：「回部為安酋驅迫，厭亂久矣。大軍所至，勿淫掠，勿殘殺。王者之師如時雨，此其時也。」三年三月，錦棠攻克達阪城，悉釋所擒纏回，縱之歸。南路恟懼，翼日，收托克遜城，而占彪及孫金彪兩軍亦連破諸城隘，合羅長祜等軍收吐魯番，降纏回萬餘。帕夏飲藥死，其子伯克胡裡戕其弟，走喀什噶爾。
