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袁督師拜罷，毛帥亦答拜，然後起行。袁督師即令參將謝允光密傳號令，將營兵四面圍定，把毛帥隨護的將校親丁共百餘名統通包在圍內。各設一張案子，袁督師與毛帥對坐。袁督師開言道：「貴鎮手下將校親丁，也有許多姓毛。
不想貴族出得許多這般好漢。」又向各將校說道：「我寧遠那裡，官有許多俸，兵有許多糧，還不足飽暖。今念你們海外勞苦，每人只得米一斛，即家有幾口，仍靠此米做生活，實在可憐。你們受我一拜，此後不患無餉。」毛文龍道：「督師此言，是使將士集怨本帥矣。數年來餉項雖單，本帥未嘗剋扣一點軍餉，不知督師何出此言？」袁崇煥道：「本院節制四鎮，以登萊天津本是個要地，請設東江餉部，錢糧由寧遠運至。昨與貴鎮相商，並議設道缺查核錢糧，俱不蒙允許。貴鎮果屬何心？」文龍道：“東江錢糧向由本帥自管，尚多阻壓。
今若由寧遠轉運而來，必更多梗塞。在貴督師忠於國家，或能源源接濟，但數年來已幾換薊遼總督，恐繼督師之後者不知督師好心，壓抑本帥軍糧，反而有礙大局。此本帥不得不拒，督師豈因此便疑本帥耶？」
袁崇煥道：「貴鎮那裡是作此想，不過目無法令罷了。但目無本院猶自可，方今天子神武，稔知貴鎮一片橫悍，也容不得你。你若不信時，且把個利害給你看。”說著把上方寶劍提出來，兩軍皆為變色。
毛軍的將士見袁督師已帶上方寶劍，只道是朝廷命他來殺毛文龍。且文龍在事前又不知有此意外，故不曾防備，因此部下將士俱不敢置喙。時毛帥已心驚，仍說道：「本帥多負功勞，乃得薦升重鎮。向不曾受過天子半點罪責之言，雖小人進讒，餉源見阻，軍心咸怨，本帥仍是勤勞邊備，撫慰軍心。
本帥是個武夫，或有不諳禮節得罪上官，惟自問于籌邊責任可告無罪。若說本帥是悍臣，目無詔命，怕當糧道困難軍心積怨之時，本帥以十萬之眾反軍而西，已不復北面稱臣了。但本帥並無此心。今難道因阻設東江餉部，便貽督師罪責不成？」袁崇煥道：“你文龍欺君罔上，屠戮遼民，殘破高麗，變人姓名，你罪大矣。
尚有何說？」
毛文龍道：「哪件是欺君罔上，我不懂得。只是遼民通敵寇邊，我誠殺之。高麗助敵興師，我誠破之。至若更人姓名，不過覊縻將士，冀以得力。
若以是責本帥，本帥知罪。」袁崇煥道：「你尚有得強辯？年來遞上朝廷凡劾你的折章，到本院面前凡控你的稟稿，已多了，難道皆是誣你的不成？」文龍道：「既然如此，文龍解任回京，與貴督師對質。」袁崇煥聽了大怒道：「你道你可欺瞞朝廷，可與本院相抗耶？」說著便指揮左右，將文龍拿下。時毛永義進道：「昔楚殺得臣而文公喜，秦留孟明而襄公懼。
敗兵之將尚且如此，今若殺毛帥，敵人聞之必喜。此後誰可繼任？願督師為大局一想。」袁崇煥道：「你們只道本院是個書生，不知本院是個首將。今日殺了文龍，本院若不能恢復遼東，願償他命。」毛文龍道：「權臣在內，邊將不容易立功。文龍數年已受許多委曲，督師雖有才能，怕恢復遼東，說不得這般容易。」袁崇煥至此，益怒不可遏。左右仍有欲替文龍說情，袁崇煥憤然道：「文龍罪惡滔天，本院若誤殺了他，願試上方以償他命。」說了便西向叩請王命，立令把文龍斬首。文龍明知辯亦無益，惟有俯身受刑。不多時便押文龍至帳外，斬首繳令。
時毛軍部下人心洶湧，皆替文龍不平。但袁督師早已預備，各營圍繞嚴肅，終不敢動。袁崇煥見人心如此，恐久後有變，盡要籠絡軍心，便令厚葬文龍屍首。一面親自設祭，並語將士道：「昨殺文龍是國法，今祭文龍是交情。」說罷大哭，軍士亦有為之感泣者。後人有詩，單詠殺毛文龍一事的。
詩道：
縱橫海外稱驕悍，鎮懾遼邊號將才。
功罪未明頭已斷，只留公論付將來。
自文龍被殺，江浙人統替文龍呼冤，廣東人又統贊袁崇煥執法，至今還沒有定論。但文龍本有罪，只惜當時除了文龍已沒有可以備邊之人，亦不無可嘆。
今話休煩絮，單表袁崇煥既殺了文龍，便下令只罪毛文龍一人，余俱不究。又以毛文龍之子毛承祿領兵一協，同守旅順。袁崇煥殺其父用其子，本欲安撫眾心，惟文龍手下幾員健將，如吳三桂、耿仲明、尚之信、白遇道、曹變蛟五人，見主將已經被殺，自己恐難免罪，都互相計議欲奔建州，以保生命。吳三桂先道：「毛帥立許多大功且不能免，何況我們？今督師雖說其餘不問，不過為眼前安慰人心之計，恐事後見罪，又將奈何？”耿仲明道：「吳公之言是也。
督師威令難測，今若不去，後悔無及矣。」因此各人皆以決計，惟仍看袁崇煥處置皮島之後令如何，方定行止。不想次日袁崇煥下令，以皮島隔越難以節制，已奏請不複製帥，令旗鼓官徐敷領兵一協，及副將劉興祚、陳繼盛領兵兩協，同守邊島。一面發銀十萬，賞給島兵。
凡從前改姓毛的，都令復還本姓。自此令既下，吳三桂復謂諸將道：「督師此舉，殆欲解散毛帥羽黨也。毛帥收羅健卒，改令姓毛，欲認為子侄以收臂助。督師多疑，懼以姓毛故至生為毛帥復仇之心，故有此舉。
諸君試想，毛帥親丁眾多，殺不勝殺，因令復回本姓。今若我們，各受毛帥重恩，方欲死報，料督師未嘗一日去懷，不過懼目前有變，暫不敢發耳。我們今日若不圖自全，此後將無葬身之地矣。」說罷諸將大哭。
