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那時四面八方，皆是天國軍兵，把李續宜困在核心，不能得脫，但見槍彈如雨而下。李續宜欲奮力殺出重圍，奈天國人馬紛向李續宜攻擊。續宜正在急危，忽一枝救兵殺入：乃左路統領官提督李雲林也。續宜乘勢與李雲林會合，望南昌城殺回。
忽然陳玉成領軍趕到，將清兵截為兩段，右路何鳳林不能得脫；少時孫寅三亦領軍追至。槍聲響處，何鳳林中槍落馬。孫寅三盡降其眾，與陳玉成合兵趕來，李續宜、李雲林，不能顧得後路，只顧奔逃。誰想一支人馬攔住去路，左有雷煥，右有張祖元，分作兩路殺來。
李續宜不能逃回南昌，只得領數百騎落荒而走。陳玉成便令雷煥迫李續宜；張祖元追趕李雲林；自與孫寅三領軍乘勝攻擊南昌。
是時南昌城內聽得李續宜兵敗，皆料南昌不能久守，人心惶惶。嚴樹森不分晝夜，親自督兵防守。無奈李續宜兵敗後，天國又加增陳玉成、孫寅三兩路分攻東西兩門，嚴樹森漸漸不能抵禦。韋昌祚那支人馬，在南昌城後山上用炮轟擊城中，一連兩顆炮彈子，把那巡撫衙門擊作粉碎。
城內軍心一時嘩潰。陳玉成乘勢攻破北門。洪春魁一馬當先，領軍先衝進去。槍聲亂髮，清兵不能當，望後而退。
時城中紛紛傳說：天國人馬已進北門，皆無鬥志，左逃右竄。孫寅三、陳仁瑞，相繼攻進城來。嚴樹森無法，急喬裝雜在民房。還虧嚴樹森平日治民，頗無苛政，故民間亦樂收藏之，始得逃去。
那玉成見南昌已破，傳令不再誅求，凡無論官民軍士人等，概令降者免殺，並出示安慰人心。計點倉庫：得白銀八十餘萬兩；另倉米三千餘石，谷四千餘石。陳玉成以南昌附近，連日遭兵，農民失業，令撥倉中穀米，分賑農民，人心大悅。一面使人打聽雷煥及張祖元兩路消息。
原來李續宜已同李雲林領軍逃至瑞州。雷、張二將便收兵回來。陳玉成見南昌既定，大犒三軍，復傳檄招撫各郡縣。有不服的，都派兵征伐。
以故附近州縣，都畏威懷德，紛紛降附，徐奏報洪天王。洪天王聽得南昌既下，即封陳玉成為英王。令以洪春魁、韋昌祚、雷煥、張祖元共守南昌，兼分撫各郡。使陳玉成、孫寅三回九江會同北上，按下慢表。
且說當日上海地方，為中西人文會萃之地。無王屢欲用兵。惟李秀成之意，以為上海商務繁盛，半多西人經商；若一旦以大兵臨之，最易震動商場，反被外人藉口。使清人更得以藉此為名，擁借外力，實為不便。
故主計取，不主力敵。便分佈黨羽于上海，鼓動華商，從中舉事；若得上海，固不必說，即稍有失利，亦無與天國人馬之事，西人亦不能責言。時奉令往上海：一為粵人劉麗川，一為閩人陳連。那兩人向在上海經商，情形熟悉。
且當日上海華人經商的，尤以閩、粵為眾。那些人在租界地方，沾染歐人習氣，多知亡國的可恥，故這時聽得洪天王得了金陵，自然日望天王兵至。偏這會來了那劉麗川及陳連兩人，說起謀襲上海，然後歸附天王的說話，自然沒有不從。當下一傳十，十傳百，凡在上海經商的華人，都附和成一片，要謀襲上海城。
只那時洪天王正在當盛，凡是中國的人，都當攻城襲地，是一件得意的事，並不畏懼，自然不至隱秘，紛紛傳說出來。因此事未成，倒被清官得知。爭奈那些人多在租界，清官實在捉他不得。況且西人亦知洪天王是個有法度的，與盜賊擾亂的不同，所以任華人在上海怎麼說話，都不甚拘管，清官好不憂慮。
沒奈何惟有出一張告示：勸人不得亂動而已。那張告示又出得十分利害，不是說殺，就是說拿，又說什麼如有聽信浮言，妄行舉動，即從重嚴辦這等話。只道這些話，就能夠把人嚇退了。誰知那張告示一出，卻是兩江總督何桂清領銜的，當時華人正洋洋得意，那裡識得個總督來？當下見了那張告示，就滿城門閙起來，把他的告示紛紛將來扯去；並有些人寫了一封密函，交過何桂清；又寫一封交過上海道吳建章，叫他休要亂說。
如再有這等告示，定然要取他的人頭。故江督何桂清，及上海道吳建章，見了兩通書函，反不勝憂懼，急的向劉麗川及陳連兩人謝罪。
這時劉、陳兩人越加得意。惟何桂清與吳建章雖然如此謝罪，究竟慮商人真正發作；便在暗地具一張照會，送過上海西官，請西官彈壓商民。因此西官也循例出一張告示：勸商民休得在租界亂動。不想那張告示卻又提明，是接得清官照會的。
所以劉麗川一干人，更加憤怒起來。又復具函，責罵何桂清以詐術欺人，對我們商家沒點信義。那時何桂清更加恐懼。因當時美國既與天國通商，且西人又見洪天王確有文明平等的制度，故循例出過那張告示之後，卻實在不甚打理。
劉麗川這時既受李秀成所囑之托，又憤怒清官，便立意舉事。可巧那年八月二十六日，城中孔廟正有祭典，劉麗川料得是日清官必聚集孔廟，便約齊黨羽，到這時圍攻孔廟，要殺盡清官。統共約七八百人，各扮商人模樣，先一日暗運軍械在城裡密藏。將近夜分，就在城裡暗伏。
次早天未黎明，清國各官確畏懼亂事，但究竟清廷向以祭祀為重典，何桂清等卻不敢不往。先由上海縣袁梓材先到，其次陸續都到了。最後江督何桂清，約有清兵護送數百人，直至孔廟。劉麗川先分撥數百人對敵江督親兵，自與各人雜在孔廟中，作為觀禮的。
