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是歲吳三桂死，上趣諸將帥進兵，輔欲節帑佐軍，又以興工後需費溢出原估，均頗改前議，先開清口引河四道，塞高家堰、王家岡、武家墩諸決口，築堤束水。如所議施行。顧下流未大治，伏秋盛漲，水溢出堤上，複決碭山石將軍廟、蕭縣九里溝。輔乃議設減水壩，於蕭、碭、宿遷、桃源、清河諸縣河南北兩岸為壩十三，壩七洞，水盛藉以宣洩。輔復察清口淮、黃交會，黃漲侵灌運河，乃自新莊閘西南開新河至太平壩；又自文華寺開新河至七里閘，復折向西南，亦至太平壩；改以七里閘為運口，由武家墩爛泥淺轉入黃河。運口距黃、淮交會處約十里，自此無淤墊之患。疏報，並議行。輔勘清水潭決口屢塞屢沖，乃棄深就淺，築東西長堤二道，並挑新河八百四十丈，疏積水。山陽、高郵等七州縣民田，至是皆出水可耕。
十八年，輔疏報，並請名新河曰永安河，報聞。翟家壩淮河決口成支河九道，輔飭淮揚道副使劉國靖等督堵塞，至是工竟，輔詣勘疏報，並言：「山陽、寶應、高郵、江都四州縣瀦水諸湖，逐漸涸出。臣今廣為招墾，俾增賦足民，上下均利。」屯田之議自此起。
漕船自七里閘出口，行駱馬湖達窯灣。夏秋盛漲，冬春水涸，重運多阻。輔議濬湖旁皁河故道，上接泇河通運。疏入，下廷議，上問諸臣意若何，左都禦史魏象樞曰：「輔請大修黃河，上發帑二百五十一萬，計一勞永逸。前奏堤壩已築十之七，今又欲別開河道，所謂一勞永逸者安在？臣等慮漕運有阻，故議從其請。」上曰：「象樞言良是。河雖開，必上流浩瀚，方免淤滯。今雨少水涸，恐未必有濟。即已成諸工，亦以旱易修，豈得恃為永固耶？」十九年五月，輔丁憂，命在任守制。秋，河複決，輔疏請處分，上趣輔修築。二十年三月，輔疏言：「臣前請大修黃河，限三年水歸故道。今限滿，水未歸故道，請處分。」下部議，當奪官，上命戴罪督修。
二十一年五月，上遣尚書伊桑阿、侍郎宋文運、給事中王曰溫、禦史伊喇喀勘工。候補布政使崔維雅奏上所著書，議盡罷輔所行減水壩諸法，大興工，日役夫四十萬，築堤以十二丈為率。上命從伊桑阿等往與輔議之。伊桑阿等遍勘諸工，至徐州，令輔與維雅議，輔疏言：「河道全局已成十八九。蕭家渡雖有決口，而海口大闢，下流疏通，腹心之害已除。斷不宜有所更張，隳成功，釀後患。」伊桑阿等還京師，下廷議，工部尚書薩穆哈等請以蕭家渡決口責輔賠修，上以賠修非輔所能任，未允；又議維雅條奏，伊桑阿請召輔詢之。十一月，輔入對，言蕭家渡工來歲正月當竟，維雅所議日用夫四十萬、築堤以十二丈為率，皆不可行。維雅議乃寢。上命塞決口，仍動正項錢糧。二十二年四月，輔疏報蕭家渡合龍，河歸故道，大溜直下，七里溝等四十餘處險汛日加，並天妃壩、王公堤及運河閘座，均應修築。別疏請飭河南巡撫修築開封、歸德兩府境河堤，防上流疏失。上均如所請。十二月，命復輔官。
二十三年十月，上南巡，閲河北岸諸工，諭輔曰：「蕭家渡堤壩當培薄增卑，隨時修築。減水壩原用以泄水，遇泛溢橫流，安知今日減水壩不為他年之決口？且減水旁流，浸灌民田，朕心深不忍。當籌畫措置。」上見堤夫作苦，駐轡慰勞久之，諭輔戒官役侵蝕工食。復視天妃閘，諭輔宜改草壩，並另設七里、太平二閘殺水勢。舟過高郵，見田廬在水中，惻然湣念。遣尚書伊桑阿、薩穆哈察視海口。還蹕，複閱高家堰，至清口，閲黃河南岸諸工，諭輔運口當添建閘座，防黃水倒灌；復召輔入行宮慰諭，書閲河堤詩賜之。
輔以上念減水淹民，因議於宿遷、桃源、清河三縣黃河北岸堤內開新河，謂之中河。於清河西仲家莊建閘，引攔馬河減水壩所泄水入中河。漕船初出清口浮於河，至張莊運口，中河成，得自清口截流，逕渡北岸，度仲家莊閘，免黃河一百八十里之險。伊桑阿等還奏，議疏濬車路、串場諸河至白駒、丁溪、草堰諸口，引高郵等處減水壩所泄水入海。上命安徽按察使於成龍董其事，仍受輔節制，奏事由輔疏報。
二十四年正月，輔疏請徐州迤上毛城鋪、王家山諸處增建減水閘，下廷議。上諭減水閘益河工無益百姓，不可不熟計，命遣官與輔詳議，若分水不致多損民田，即令興工。九月，輔疏報赴河南勘黃河兩岸，請築考城、儀封、封丘、滎澤堤埽，下部議行。成龍議疏海口泄積水，輔謂下河地卑於海五尺，疏海口引潮內侵，害滋大；議自高郵東車邏鎮築堤，歷興化白駒場，束所泄水入海，堤內涸出田畝，丈量還民，餘招民屯墾，取田價償工費。疏聞，上謂取田價恐累民，未即許。
尋召輔、成龍馳驛詣京師廷議，成龍議開海口故道，輔仍主築長堤高一丈五尺，束水敵海潮。大學士、九卿從輔議，通政使參議成其範、給事中王又旦、禦史錢鎯從成龍議，議不決。上命宣問下河諸州縣人官京師者，侍讀寶應喬萊等乃言：「從成龍議，工易成，百姓有利無害；從輔議，工難成，百姓田廬墳墓多傷損，且堤高一丈五尺，束水至一丈，高於民居，伏秋潰決，為害不可勝言。」上頗右成龍，遣尚書薩穆哈、學士穆稱額詣淮安會漕督徐旭齡、巡撫湯斌詳勘。二十五年正月，薩穆哈等還奏，謂民間皆言濬海口無益。尋授成龍直隷巡撫，罷濬海口議。四月，召斌為尚書，入對，上復舉其事以問，斌言濬海口必有益於民。上責薩穆哈、穆稱額還京時不以實奏，奪官。召大學士九卿及萊等定議濬海口，發帑二十萬，命侍郎孫在豐董其役。
工部劾輔治河已九年，無成功。上曰：「河務甚難，而輔易視之。若遽議處，後任者益難為力，今姑寬之，仍責令督修。」二十六年，輔疏言：「運堤減水以下河為壑，東即大海，濬海口似可紓水患；惟泰州安豐、東台、鹽城諸縣地勢甚卑，形如釜底，若止就此挑濬，徒增其深。淮流甚漲，高家堰泄水洶湧而來，仍不能救民田之淹沒。臣以為杜患於流，不若杜患於源。高家堰堤外直東為下河，東北為清口，當自翟家壩起至高家堰築重堤萬六千丈，束減水北出清口，則洪澤湖不復東淹下河。下河十餘萬頃皆成沃產，而高、寶諸湖涸出田畝，可招民屯墾，以裕河庫。」上使以輔疏示成龍，成龍仍言下河宜開，重堤不宜築。上遣尚書佛倫，侍郎熊一瀟，給事中達奇納、趙吉士與總督董訥，總漕慕天顏會勘。佛倫等皆欲用輔議，天顏、在豐與相左。佛倫等還奏，下廷議，會太皇太後崩，議未上。
二十七年春，給事中劉楷，禦史郭琇、陸祖修交章論輔，琇辭連輔幕客陳潢，祖修請罷輔，至以舜殛鯀為比；天顏、在豐亦疏論屯田累民，及輔阻撓開濬下河狀。琇旋劾大學士明珠等，語復及輔。輔入覲，亦疏訐成龍、天顏、在豐等朋比謀陷害。上曰：「輔為總河，挑河築堤，漕運無誤，不可謂無功；但屯田、下河二事，亦難逃罪。近因被劾，論其過者甚多。人窮則呼天，輔若不陳辨朕前，復何所控告耶？」三月，上禦乾清門，召輔與成龍、琇等廷辨，輔、成龍各持所見不相下。琇言輔屯田害民，輔言屬吏奉行不善致民怨，因引咎，坐罷，以王新命代，佛倫、訥、在豐、達奇納皆左遷，天顏、吉士並奪官，陳潢亦坐譴。
時中河工初竣，上遣學士開音布、侍衛馬武往勘，還奏中河商賈舟楫不絶。上諭廷臣曰：「前者於成龍奏河道為靳輔所壞，今開音布等還奏，數年未嘗衝決，漕運亦不誤。若謂輔治河全無所裨，微特輔不服，即朕亦不愜。」因遣尚書張玉書、圖納，左都禦史馬齊，侍郎成其範、徐廷璽閲工，遍察輔所繕治，孰為當改，孰為不當改，詳勘具奏。玉書等還言河身漸次刷深，黃水汎溜入海，兩岸閘壩有應循舊者，有應移改者，多守輔舊規。
