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哲學方面：盧梭沒有系統的哲學專著，也未曾建立經過詳細論證的哲學體系，所以他曾公開聲稱：我不是，也不想做一個大哲學家。但我們不能因此而忽視對盧梭哲學思想的探討和研究，他的哲學思想不僅在他的社會歷史觀和政治學說中加以闡述和體現，在他的論教育名著，亦稱哲理小說《愛彌兒》第四卷中更集中地闡述了他的自然哲學和認識論方面的唯物主義觀點，從而構成了他的比較完整的思想體系。所以德國啟蒙思想家萊辛讚譽盧梭「處處顯示出是一個具有卓識的哲學家」。盧梭對大自然懷有深沉的愛，他從對自然的觀察和研究中提出了他的自然哲學觀點，反映了他的哲學世界觀。
盧梭指出，大自然把整個世界造成了人類的「第一天堂」，人的思維和行動不能違背自然的發展進程，而必須「遵循自然，跟着它給你畫出的道路前進。」盧梭正是按照自然造成的這個世界的本來面目，站在唯物主義立場上，肯定物質世界的客觀存在。他說：「我對宇宙的存在也像對我自己的存在一樣，是深信不疑的。」承認物質世界的客觀存在，是盧梭哲學的根本出發點。
在認識論方面，盧梭特彆強調感覺的作用，提出了唯物主義感覺經驗論。他對人的各種器官在認識過程中的地位、作用及其相互關係的問題，進行了具體的、全面的分析，可以說是
18世紀法國哲學中獨具一格的。當然，這並不是說他是無懈可擊的。他在強調感覺作用的同時貶低理性的作用，就受到一些啟蒙思想家的批評。
在宗教問題上，盧梭不是無神論者，而是自然神論者。他把物質和運動割裂開來，認為只有某種外在力量才能引起運動，而這個推動宇宙、構造世界、給萬物以生命和運動的最高主宰，就是上帝。盧梭反對以宗教迷信和狂熱為特徵的傳統天啟宗教，主張「自然宗教」。他說：「我常常以自己的方式來理解宗教，但我從來沒有完全離開宗教。」盧梭提出了上帝存在的新證明。他認為，上帝存在、上帝創造世界的觀念，雖是他的智力所不能理解的，但他確信由於「秩序的法則為萬物所遵守」，因此，只有通過認識自然的秩序和「良知的直覺」，去推論上帝的存在。他說，「我把所有一切的書都合起來，只有一本書是打開在大家的眼前的，那就是自然的書。正是在這本宏偉的著作中，我學會了怎樣崇拜它的作者。」盧梭就是從這本「大自然的書」，即從研究自然進而去尋求自然的創造者，去認識上帝的。
盧梭以其信奉的「自然宗教」與當時的官方宗教及其教條和儀式相對立，在這方面，盧梭發展了英國著名的自然宗教宣傳者赫爾伯特·車爾伯利的觀點。
儘管在宗教問題上，盧梭沒有採取法國唯物主義者的無神論中明顯地表現的
18世紀先進觀點，我們並不能否認他在反對天主教會鬥爭中的功績。盧梭抨擊表面的宗教儀式，認為「神要求的惟一的儀式是心靈的儀式」；他嘲笑各種宗教的代表們爭論哪些關於上帝的原理與宗教儀式更為優越。他和當時的其他思想家一樣，把批判的火力指向教士，號召人們不要相信「神父和牧師」的權威。結果，盧梭受到各種教會的攻擊和迫害比無神論者都厲害。
教育方面：盧梭的教育思想，集中表現在《愛彌兒》一書中。這部書他用
20年時間思考，
3年時間寫成，緊隨《社會契約論》後出版。它一出版就和它的作者一起遭到了厄運，可見它是多麼不同尋常。
盧梭在《愛彌兒》這部聞名世界的論教育的著作中，根據他的唯物主義感覺經驗論的認識論思想提出了按照人的認識發展過程和自然法則，對他所假定的教育對象「愛彌兒」進行教育，使其身心自由發展的「自然教育」理論，因而使他在教育史上佔有重要地位。
《愛彌兒》和他的兩部政治著作《論人類不平等的起源和基礎》、《社會契約論》是不可分割的統一整體，它們都是以反對封建專制制度為基本宗旨的，不同的是，《愛彌兒》在「破」的基礎上，提出了為未來資產階級社會培養擺脫封建社會影響的「新人」的教育計劃。
盧梭的教育思想，包括「破」和「立」兩個方面，即破封建主義舊教育，立資產階級新教育。封建專制統治者為了達到鞏固自己統治的政治目的，他們推行一種奴化教育、愚民教育，鼓吹矇昧主義，鄙視知識，摧殘文化，使人民處於無知無識之中，成為沒有思想的任人擺佈的工具。孟德斯鳩曾尖鋭指出，封建專制國家的教育所追求的目標，就是旨在「降低人們的心志」，培植「奴隷性」。
盧梭論教育的名著《愛彌兒》，可以說是一部對封建教育制度的控訴書。
它把批判的矛頭指向封建君主和封建教育制度，它是同封建主義的教育理論根本對立的。由於封建專制君主感到自己的政治統治是非正義的，因此，他們非常害怕人民受教育，惟恐人民有知識併進而認清自己的權益。他們力圖剝奪人民受教育的一切機會，實行嚴格的書籍檢查制度，摧殘進步思想家的著作，迫害那些主張自由和堅持真理的人，堵死人們認識真理的道路。在這種黑暗的時代，教育是受教會控制的，為封建專制統治服務的工具，社會上充斥着各式各樣的神學廢物和盧梭輕蔑地稱為「科學的胡說八道」的東西。
總之，封建統治者害怕人民從沉睡中甦醒過來。因此，他們千方百計地實行文化專制主義。
