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1764年
9月，盧梭接到一封來自科西嘉革命者的信，邀請他去該國擔任制定憲法的工作。這個消息很快傳遍歐洲，格里姆等人抓住把柄立即發表聲明，攻擊盧梭接受這項邀請，正說明他是國家獨立的煽動者。盧梭因為「眼前障礙重重」和身體「不適宜海上行程」沒有應邀前往，但他在信中表達了對這項事業的熱忱，並代擬了一部憲法，在幾年後正式出版。在這期間，盧梭先後接到了兩個噩耗，一個是盧森堡先生患痛風而死去，對這位仁慈的貴人之死，盧梭特別傷心。
他把盧森堡先生當作自己在法國惟一真正的朋友，他的性格溫和，常使盧梭忘掉了他的官高位顯，而把他當作與自己平等的人去依戀。盧梭逃離法國後，盧森堡先生仍和從前一樣與他保持聯繫，經常給盧梭寫信關心他，甚至在他的遺囑上也寫有盧梭的名字，表示要贈給他一筆遺產，但盧梭出於要維持他和盧森堡先生的真正友誼以及自己在道德上的一貫操守，沒有接受這筆遺贈。使盧梭更悲痛的是華倫夫人的去世。她終於不勝衰老，不勝殘疾和貧困之苦而離開了人間。
盧梭為這位最慈祥的媽媽，最善良的女人的死亡而痛不欲生，但是他又相信她是到那善人的天國去了。在那裡，凡是在塵世上所做的善事，都有溫馨的回憶作為永恆的善報。他為她溫厚而慈悲的靈魂祈禱：希望她去到對真正的慈善敞開了心靈的人們的身邊，去享受慈善的果實。盧梭也感到媽媽的去世也是不幸中的大幸，因為上天結束了她的不幸，這就免除了她再看到自己的那些被養育者的不幸慘相。
盧梭自從到瑞士後就沒給她去過信，怕的是把自己的災難告訴她，會使她為自己傷心。他對媽媽的懷念是永遠銘記在心的，即使自己死後，也希望能在另一個世界裡看到她。在莫蒂埃，盧梭還和巴黎大主教進行着激烈的辯論，受到了普遍關注。畢蒙主教說盧梭在他的書中宣揚的是假道學，說他是一個自認為學識豐富而誤入歧途的人；一個在思想和行為上充滿矛盾的人；一個用繁雜的思想來曲解道德的人；一個自稱熱愛聖典但一味地標新立異的人；一個自吹熱愛隱居而又藉此吸引他人注意的人；一個泯滅讀者道德觀念的人；一個主張人類社會平等又想將人類貶低到禽獸的地步的人。
更嚴重的是，教皇還指控盧梭散佈色情，斥責《愛彌兒》是建立在無神論的思想基礎上的。
對於這些指責，盧梭堅決加以反駁。他在十分困難的情況下發表了《致畢蒙主教書》。在這篇文章裡，盧梭闡明了自己的許多觀點。他寫道：閣下，我何必要對你多費唇舌呢？我們如何才能相互瞭解呢？我們倆之間究竟有些什麼誤解？我之所以答覆你，實在是你逼我這樣做的。
我寫過各種題材的書和文章，我一直保持着我的原則，我的道德觀，我的信仰及戒律。而他們一味地反對我的書，更反對我。他們審判我書中的主題，我發表第
一篇論文時，他們把我看成是一個充滿矛盾的人。我的《法國音樂書簡》問世後，我更被看成是國家的敵人，甚至被當作叛國賊。
在《論人類不平等的起源和基礎》發表後，我又被說成是無神論者，一個厭惡人類的人。在《新愛洛伊絲》出版後，我被看成是一個溫柔而老實的人。但現在，我在他們眼裡又成了一個頑固而瀆神的人了。
在這篇文章裡，盧梭也毫不隱瞞自己的宗教觀，他明確地表達了自己的信仰：主教閣下：我是個天主教徒，一個誠摯的教徒，遵從聖經福音的信條。我是個教徒，但並不是牧師的信徒，而是耶穌基督的信徒。我所堅信的天主並不要求深入討論福音信條，而注重切身實行；他要求弟子信仰能使人類行善的事物，他告訴我們只要去愛自己的兄弟就是履行了信條。
但是，那些缺乏正義的教士，霸佔職權，成為我宗教上的裁判者，而且告訴我應該做什麼，不該做什麼，他們的優越權利決不會影響我的原則，他們無法使我說出我不願意說的話。如果我的真誠觸怒了他們，他們就會想辦法將我摒棄于教堂之外，我並不畏懼他們的威脅，因為他們無權判決我。
我發現宗教和政治都有缺陷，我關心這件事是因為政府中的罪惡只會使平民遭殃，但是良知上的錯誤將使道德淪喪到何等地步呢？每一個派系都在殘害他的兄弟、同胞，所有教會派別都以人的鮮血祭祀上帝，這種矛盾現象是如何產生的呢？但是，他們的確存在於我們社會中，如果有人想改良這種情形也算是罪惡嗎？這篇長達一百五十多頁的《致畢蒙主教書》，于
1763年交付出版。但出版後盧梭又受到了激烈的批評，日內瓦人的攻擊尤為猛烈。隨後，日內瓦當局還正式廢除了盧梭的永久公民權，其態度之冷酷，和盧梭先前寫的申明放棄公民權的信中所表露的對於故鄉的感情，形成了鮮明的對比。在日內瓦對他發出通緝令之後，盧梭仍然對自己的祖國懷着希望。
他認為，日內瓦的宗教界，至少是公民和市民，對通緝他的那道命令裡違反教會法的地方會提出抗議的。但等了一年多沒有任何反應，盧梭深感失望，覺得自己的同胞拋棄了他，於是作出相應的決定：聲明放棄日內瓦公民權，也就是放棄他那個忘恩負義的祖國。迴首往事，他曾努力為自己的祖國爭光，但得到的報答竟是下令通緝！連宗教界和市民們也不出來說句公道話。想到這些，盧梭毅然給當年的首席執行委員寫了一封信，正式申明放棄公民權。
不過信的措詞很溫和，結尾還為日內瓦的公民而祝福。
