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是年，複決邳州，又決祥符硃源寨。戶部左侍郎王永吉、禦史楊世學均言：「治河必先治淮，導淮必先導海口，蓋淮為河之下流，而濱海諸州縣又為淮之下流。乞下河、漕重臣，凡海口有為奸民堵塞者，盡行疏濬。其漕堤閘口，因時啟閉，然後循流而上。至於河身，剔淺去淤，使河身愈深，足以容水。」議皆不果行。十一年，複決大王廟。給事中林起龍劾方興侵冒，上解方興任，遣大理卿吳庫禮、工科左給事中許作梅往按。起龍坐誣，複方興任。十三年，塞大王廟，費銀八十萬。
十四年，方興乞休，以吏部左侍郎硃之錫代之。是年決祥符槐疙疸，隨塞。十五年，決陽柴溝姚家灣，旋塞。複決陽武慕家樓。十六年，決歸仁堤。先是禦史孫可化疏陳淮、黃堤工，事下總河。之錫言：「桃源費家嘴及安東五口淤澱久，工繁費钜。且黃河諺稱‘神河’，難保不旋濬旋淤，惟有加意修防，補偏救弊而已。」之錫陳兩河利害，條上工程、器具、夫役、物料八弊。又言：「因材器使，用人所亟。獨治河之事，非澹泊無以耐風雨之勞，非精細無以察防護之理，非慈斷兼行無以盡群夫之力，非勇往直前無以應倉猝之機，故非預選河員不可。」因陳預選之法二：曰薦用，曰儲才；諳習之法二：曰久任，曰交代。又條上河政十事：曰議增河南夫役，曰均派淮工夫役，曰察議通惠河工，曰建設柳園，曰嚴剔弊端，曰釐覈曠盡銀兩，曰慎重職守，曰明定河工專職，曰申明激勸大典，曰酌議撥補夫役。均允行。
十七年，決陳州郭家埠、虞城羅家口，隨塞。康熙元年五月，決曹縣石香爐、武陟大村、睢寧孟家灣。六月，決開封黃練集，灌祥符、中牟、陽武、杞、通許、尉氏、扶溝七縣。七月，再決歸仁堤。河勢既逆入清口，又挾睢、湖諸水自決口入，與洪澤湖連，直趨高堰，衝決翟家壩，流成大澗九，淮陽自是歲以災告。二年，決睢寧武官營及硃家營。三年，決杞縣及祥符閻家寨，再決硃家營，旋塞。四年四月，河決上遊，灌虞城、永城、夏邑，又決安東茆良口。
五年，之錫卒，以貴州總督楊茂勛為河道總督。六年，決桃源煙墩、蕭縣石將軍廟，踰年塞之。又決桃源黃家嘴，已塞複決，沿河州縣悉受水患，清河沖沒尤甚，三汊河以下水不沒骭。黃河下流既阻，水勢盡注洪澤湖，高郵水高幾二丈，城門堵塞，鄉民溺斃數萬，遣官蠲賑。冬，命明珠等相視海口，開天妃、石闥、白駒等閘，毀白駒奸民閉閘碑。
八年，決清河三汊口，又決清水潭。副都禦史馬紹曾、巡鹽禦史李棠交章劾茂勛不職，罷之，以羅多為河道總督。九年，決曹縣牛市屯，又決單縣譙樓寺，灌清河縣治。是歲五月暴風雨，淮、黃並溢，撞卸高堰石工六十餘段，衝決五丈餘，高、寶等湖受淮、黃合力之漲，高堰幾塌，淮陽岌岌可虞。工科給事中李宗孔疏言：「水之合從諸決口以注於湖也，江都、高、寶無歲不防堤增堤，與水俱高。以數千里奔悍之水，攻一綫孤高之堤，值西風鼓浪，一瀉萬頃，而江、高、寶、泰以東無田地，興化以北無城郭室廬。他如淥陽、平望諸湖，淺狹不能受水。各河港疏濬不時，範公堤下諸閘久廢，入海港口盡塞。雖經大臣會閲，嚴飭開閘出水，而年深工大，所費不貲，兼為傍海奸灶所格，竟不果行。水迂迴至東北廟灣口入海，七邑田舍沈沒，動經歲時。比宿水方消，而新歲橫流又已踵至矣。」禦史徐越亦言高堰宜乘冬水落時大加修築。於是起桃源東至龍王廟，因舊址加築大堤三千三百三十丈有奇。臘後冰解水溢，沿河村舍林木剷刷殆盡。
十年春，河溢蕭縣。六月，決清河五堡、桃源陳家樓。八月，又決七里溝。以王光裕總督河道。光裕請復明潘季馴所建崔壩鎮等三壩，而移季太壩於黃家嘴舊河地，以分殺水勢。是歲，茆良口塞。十一年秋，決蕭縣兩河口、邳州塘池舊城，又溢虞城，遣學士郭廷祚等履勘。十二年，桃源七里溝塞。十三年，決桃源新莊口及王家營，又自新河鄭家口北決。十四年，決徐州潘家塘、宿遷蔡家樓，又決睢寧花山壩，復灌清河治，民多流亡。十五年夏，久雨，河倒灌洪澤湖，高堰不能支，決口三十四。漕堤崩潰，高郵之清水潭，陸漫溝之大澤灣，共決三百餘丈，揚屬皆被水，漂溺無算。上遣工部尚書冀如錫、戶部侍郎伊桑阿訪究利病。是歲又決宿遷白洋河、於家岡，清河張家莊、王家營，安東邢家口、二鋪口，山陽羅家口。塞桃源新莊。
十六年，如錫等覆陳河工壞潰情形，光裕解任勘問。以安徽巡撫靳輔為河督。輔言：「治河當審全局，必合河道、運道為一體，而後治可無弊。河道之變遷，總由議治河者多儘力於漕艘經行之處，其他決口，則以為無關運道而緩視之，以致河道日壞，運道因之日梗。河水裹沙而行，全賴各處清水併力助刷，始能奔趨歸海。今河身所以日淺，皆由從前歸仁堤等決口不即堵塞之所致。查自清江浦至海口，約長三百里，嚮日河面在清江浦石工之下，今則石工與地平矣。嚮日河身深二三四丈不等，今則深者不過八九尺，淺者僅二三尺矣。河淤運亦淤，今淮安城堞卑於河底矣。運淤，清江與爛泥淺盡淤，今洪澤湖底漸成平陸矣。河身既墊高若此，而黃流裹沙之水自西北來，晝夜不息，一至徐、邳、宿、桃，即緩弱散漫。臣目見河沙無日不積，河身無日不加高，若不大修治，不特洪澤湖漸成陸地，將南而運河，東而清江浦以下，淤沙日甚，行見三面壅遏，而河無去路，勢必衝突內潰，河南、山東俱有淪胥沈溺之憂，彼時雖費千萬金錢，亦難剋期補救。」因分列大修事宜八：曰取土築堤，使河寬深；曰開清口及爛泥淺引河，使得引淮刷黃；曰加築高家堰堤岸；曰周橋閘至翟家壩決口三十四，須次第堵塞；曰深挑清口至清水潭運道，增培東西兩堤；曰淮揚田及商船貨物，酌納修河銀；曰裁併河員以專責成；曰按裡設兵，畫堤分守。廷議以軍務未竣，大修募夫多，宜暫停。疏再上，惟改運土用夫為車運，餘悉如所請。
於是各工並舉。大挑清口、爛泥淺引河四，及清口至雲梯關河道，創築關外束水堤萬八千餘丈，塞於家岡、武家墩大決口十六，又築蘭陽、中牟、儀封、商丘月堤及虞城周家堤。明年，創建王家營、張家莊減水壩二，築周橋翟壩堤二十五里，加培高家堰長堤，山、清、安三縣黃河兩岸及湖堰，大小決口盡塞。優詔褒美。十八年，建南岸碭山毛城鋪、北岸大穀山減水石壩各一，以殺上流水勢。二十年，塞楊家莊，蓋決五年矣。是歲增建高郵南北滾水壩八，徐州長樊大壩外月堤千六百八十九丈。
大修至是已三年，河未盡復故道，輔自劾。部議褫職，上命留任。二十一年，決宿遷徐家灣，隨塞。又決蕭家渡。先是河身僅一綫，輔盡堵楊家莊，欲束水刷之，而引河淺窄，淤刷鼎沸，遇徐家灣堤卑則決，蕭家渡土松則又決。會候補布政使崔維雅上河防芻議，條列二十四事，請盡變輔前法。上遣尚書伊桑阿、侍郎宋文運履勘，命維雅隨往。維雅欲盡毀減水壩，別圖挑築。伊桑阿等言輔所建工程固多不堅，改築亦未必成功。輔亦申辨「工將次第告竣，不宜有所更張」。並下廷議。因召輔至京，輔言「蕭家口明正可塞，維雅議不可行」，上是之，命還工。二十二年春，蕭家渡塞，河歸故道。明年，上南巡閲河，賜詩褒美。
