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四十八年，漕督毓奇言：「各省督押，惟山東糧道抵通，餘祗押抵淮安。嗣後各省重運，俱令糧道督押本幫至臨清，出具糧米無虧印結，即行回任。其自臨清抵通，概令山東糧道往來催趲。山東運河，每年十一月朔煞壩挑淺。開壩之日，以南省漕船行抵台莊為準。微山等湖收蓄眾泉，為東省濟運水櫝，不許民間私截水源。徬河遇春夏水微，務遵漕規啟閉。漕船到徬，須上下會牌俱到，始行啟板。如河水充足，相機啟閉，以速漕運，不得兩徬齊啟，過泄水勢。其在江中偶遇大風，原可停泊守候，而催漕官吏惟知促迫，軍船冒險進行，恆有漂沒之虞。回空之船，管運員及運丁等恆意存怠玩，或吝惜僱價，將熟習舟子遣散，留不諳駕馭之人，而押運員弁每先行回署，並不在船督率，往往有運船失風之事。」上諭飭「沿途各員催趲，應察風色水勢，毋得過於急迫，至涉險失事，亦不得因此旨遂任意逗留，致逾定限」。初，運河中銅鉛船及木排，往往肆意橫行，民船多畏而讓之。糧船北上，亦為所阻。至是令巡漕禦史轉飭沿途文武員弁，將運漕船催趲先行，餘船尾隨，循次前進，恃強爭先、不遵約束者，罪之。
領運員弁，各省糧船分幫，每幫以衛所千總一人或二人領運，武舉一人隨幫效力。順治六年，奏定就漕運各衛中擇其才幹優長者授職千總，責其押運，量功升轉，掛欠者治罪追償。其後裁衛所外委百總，改為隨幫官。康熙五十一年，揀候選千總三十員，發南漕標效力，如有領運千總員缺，聽總漕委署押運，果能抵通全完，倉場總督咨送兵部，準其即用。揀選武舉，候推守衛所千總有原補隨幫者，可在總署處呈明，遇缺準其頂補，三年無誤，以衛千總推用。雍正二年，漕運總督張大有奏稱山東、河南輪運薊州、遵化、豐潤官兵米石，沿途管押及回空催趲，例責成押運通判，請添設薊糧千總二，更番領運，從之。各衛既有千總領運，而漕臣每歲另委押運幫官，分為押重押空，一重運費二三千金，一空運費浮於千金，幫丁之脂膏竭，而浮收之弊日滋矣。嘉慶十二年，諭漕督不得多派委員，並禁止運弁等收受餽贈。十四年，巡漕禦史又請大加減省。自鹹豐三年河運停歇，船隻無存，領運之名亦廢。
巡漕禦史本明官，順治初省。雍正七年，以糧船過淮陋規甚多，並夾帶禁物，遣禦史二，赴淮安專司稽察。糧船抵通，亦禦史二稽察之。乾隆二年，設巡漕禦史四：一駐淮安，巡察江南江口至山東交境；一駐濟寧，巡察山東台莊至北直交境；一駐天津，巡察至山東交境；一駐通州，巡察至天津。凡徵收漕糧，定限十月開倉，十二月兌畢。惟山東臨清徬內之船，改於次年二月兌開，依限抵通，徬外之船，仍冬兌冬開。乾隆間，令徬內徬外一律春兌春開，從漕督楊錫紱請也。嘉慶四年，諭曰：「冬兌冬開，時期促迫。嗣後東省漕糧，仍照舊例起徵，運赴水次，立春後兌竣開幫，翌年改為冬兌春開。」十五年，令徬河內外幫船，照春兌春開例辦理。江北冬漕，定於十二月朔開兌，限次年二月兌竣開行。
凡漕兌，首重米色。如有倉蠹作奸，攙和滋弊，及潮濕黴變，未受兌前，責成州縣，既受兌後，責在弁軍，覈驗之責，監兌官任之。如縣衛因米色爭持，即將現兌米面同封固，送總漕巡撫查驗，果係潮濕攙雜，都令賠換篩颺，乃將米樣封送總漕，俟過淮後，盤查比較，分別糾劾。然運軍勒索州縣，即借米色為由。州縣開倉旬日，米多廒少，勢須先兌。運軍逐船挑剔，不肯受兌，致糧戶無廒輸納，因之滋事。運軍乘機恣索，或所索未遂，船竟開行，累州縣以隨幫交兌之苦。及漕米兌竣，運弁應給通關。通關出自尖丁。尖丁者，積年辦事運丁也，他運丁及運弁皆聽其指揮。尖丁索費州縣，不遂其欲，則靳通關不與，使州縣枉罹遲延處分。運軍運弁沆瀣一氣，州縣惟恐誤兌，勢不得不浮收勒折以供其求。上官雖明知其弊，而憚於改作。且慮運軍裁革，遺誤漕運，於是含容隱忍，莫之禁詰。州縣既多浮收，則米色難於精擇。運軍既有貼費，受兌亦不復深求。及至通州，賄賣倉書經紀，通挪交卸，米色潮濕不純之弊，率由於此。積重難返，而漕政日壞矣。乾隆間，漕運總督顧琮條上籌辦漕運七事：一，州縣親收漕糧，以免役胥藉端累民；一，杜匿富僉貧包丁代運之弊；一，受未開之幫船催令速行；一，糧船過淮後，分員催趲，以速運漕；一，河道舊有橫淺，豫為疏濬，以免阻滯；一，各閘俱照漕規，隨時啟閉，江、廣漕船攜帶竹木，限地解卸；一，回空三升五合餘米，速給副丁，以濟回時食用。詔從其議。
各省漕糧過淮，順治初，定限江北各府州縣十二月以內，江南江寧、蘇、松等處限正月以內，江西、浙江限二月以內，山東、河南限正月侭數開行。如過淮違誤，以違限時日之多寡，定督撫糧道監兌推官降罰處分。領運等官，捆打革職，帶罪督押。其到通例限，山東、河南限三月朔，江北四月朔，江南五月朔，江西、浙江、湖廣六月朔。各省糧船抵通，均限三月內完糧，十日內回空。倉場定立限單，責成押幫官依限到淮，逾限不能到次，照章糾劾。
承平日久，漕弊日滋。東南辦漕之民，苦於運弁旗丁，肌髓已盡，控告無門，而運弁旗丁亦有所迫而然。如漕船到通，倉院、糧、戶部雲南司等處投文，每船需費十金，由保家包送，保家另索三金。又有走部，代之聚斂。至於過壩，則有委員舊規，伍長常例，上斛下蕩等費，每船又須十餘金。交倉，則有倉官常例，並收糧衙署官辦書吏種種需索，又費數十金。此抵通之苦也。逮漕船過淮，又有積歇攤派吏書陋規，投文過堂種種費用。總計每幫漕須費五六百金或千金不等。此過淮之苦也。從前運道深通，督漕諸臣只求重運如期抵通，一切不加苛察。各丁於開運時多帶南物，至通售賣，藉博微利。乾隆五十年後，黃河屢經開灌，運道日淤，漕臣慮船重難行，嚴禁運丁多帶貨物，於是各丁謀生之計絀矣。運道既淺，反增添夫撥淺之費，每過緊要閘壩，牽輓動須數百人，道路既長，限期復迫，丁力之敝，實由於此。雖經督撫大吏悉心調劑，無如積弊已深，迄未能收實效也。
各省漕船，原數萬四百五十五號。嘉慶十四年，除改折分帶、坍荒裁減，實存六千二百四十二艘。每屆修造十一，謂之歲造，其升科積缺漂沒者，謂之補修改造，限以十年。至給價之多寡，視時之久暫、地之遠近為等差。造船之費，初於民地徵十之七，軍地徵十之三，備給料價。不足，則徵軍衛丁田以貼造漕船。十年限滿，由總漕親驗，實系不堪出運，方得改造，有可加修再運者，量給加修銀，仍令再運。按年計算，舊船可用，不驗明駕運，督撫查實糾劾。司修造漕船各官，或詐朽壞，或修造未竣詐稱已完，或將朽壞船冊報掩飾，或承造推諉不依限竣工，或該管官督催不力，及朽壞船不估價申報，均降罰有差。
直隷、山東、鳳陽地不產木，於清江關設廠，由船政同知督造。江寧各幫共船千二百餘，亦於清江成造。自儀徵逆流抵淮，四百餘裡，沿途需用人夫輓曳，船成後復渡大江，道經千里，到次遲延，縣官急於考成，旗丁利於詐索，船未到即行交兌，名曰轉廒，於是贈耗、使費、賠補、苛索諸弊日滋，運軍苦之。嗣裁船政同知，統歸糧道管理，令運軍支領料價赴廠成造，不敷，即於道庫減存漕項銀內動支。徐州衛、河南後幫漕船，向亦在清江船廠成造，駕赴河南水次兌糧，程途遼遠，易誤兌限。尋改在山東臨清設廠成造。遇滿號之年，令各軍於江、安道庫銀內領價成造。其濟南前幫，則在江南夏成鎮成造，嗣又改於臨清胡家灣設廠。
