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六月甲寅，收系棄城諸將，數其罪。乙卯，禦殿宣阿敏十六罪。眾議當誅。上不忍致法，幽之。碩託、湯古代、那穆泰、巴布泰、圖爾格等各奪爵、革職有差。諸將中有力戰殺敵者釋之。先是阿敏既屠永平官民，以其妻子分給士卒。上曰：「彼既屠我歸順良民，又奴其妻子耶！」命編為民戶，以房舍衣食給之。
秋九月戊戌，申諭諸大臣滿、漢官各勤職業。
冬十月辛酉，諭編審各旗壯丁，隱匿者罰之。
十一月甲午，那堪泰部虎爾噶率家屬來歸，阿魯四子部諸貝勒來歸。壬寅，阿魯伊蘇忒部聞上善養民，留所部於西拉木輪河，而偕我使臣察漢喇嘛來朝。
十二月戊辰，科爾沁貝勒圖美衛徵來朝。
五年春正月庚辰，諭已故功臣無後者，家產給其妻自贍。壬午，鑄紅衣大砲成，釒雋曰「天祐助威大將軍」。軍中造砲自此始。乙未，以額駙佟養性總理漢人軍民事，漢官聽其節制。己亥，幸文館，入庫爾纏直房，問所修何書。對曰：「記註所行政事。」上曰：「如此，朕不宜觀。」又覽達海所譯武銓，見投醪飲河事，曰：「古良將體恤士卒，三軍之士樂為致死。若額駙顧三台對敵時，見戰士歿者，以繩曳之歸，安能得人死力乎！」庚子，朝鮮貢物不及額，卻之，以書責其罪。
二月庚申，敕邊臣謹斥堠。甲戌，孟阿圖征瓦爾喀，奏捷。
三月乙亥朔，鑲藍旗固山額真、額駙顧三台罷，以太祖弟之子篇古代之。書諭大貝勒代善、三貝勒莽古爾泰及貝勒諸大臣，求直言過失。丁亥，閲漢兵。甲午，誅劉興祚、興治家屬，赦其母。丁酉，朝鮮復遣使來貢。辛醜，遣滿達爾漢、董訥密遺朝鮮王書，索戰船助攻明。不許。
六月癸亥，定功臣襲職例。黑龍江伊劄訥、薩克提、伽期訥、俄力喀、康柱等五頭目來朝。
秋七月甲戌，黑龍江虎爾哈部四頭目來朝貢。庚辰，始設六部，以墨勒根戴青貝勒多爾袞，貝勒德格類、薩哈廉、嶽託、濟爾哈朗、阿巴泰等管六部事。每部滿、漢、蒙古分設承政官，其下設參政各八員，啟心郎各一員，改巴克什為筆帖式，其尚稱巴克什者仍其舊。更定訐告諸貝勒者準其離主例，其以細事訐訴者禁之。諭貝勒審事冤抑不公者坐罪。除職官有罪概行削職律，嗣後有罪者，分別輕重降罰有差。並禁官民同族嫁娶，犯者男婦以奸論。又諭貝勒諸大臣省過改行，求極諫。甲申，閙雷虎爾哈部四頭目來朝貢。癸巳，定小事賞罰例，令牛錄額真審理，大者送部。明總兵祖大壽等築大淩河。檄諸蒙古各率所部來會征之。己亥，大軍西發，命貝勒杜度、薩哈廉、豪格留守。庚子，渡遼河，申誡諸將恤士卒。
八月壬寅朔，次舊遼河而營，蒙古諸部率兵來會。癸卯，集蒙古諸貝勒，申前令，無擅殺掠。於是分兵兩路，貝勒德格類、嶽託、阿濟格以兵二萬由義州入屯錦州、大淩河之間，上自白土場入廣寧。丁未，會於大淩河，乘夜攻城。令曰：「攻城恐傷士卒，當掘壕築壘困之。彼若出，與之戰，外援至，迎擊之。」乃分八旗兵合圍，令蒙古兵承其隙。辛亥，明馬步兵五百人出城，達爾哈擊敗之。壬子，射書城中，招蒙古人出降。癸醜，明兵出城誘戰。圖賴先入，達爾哈繼之，四面環攻，貝勒多爾袞亦率兵入。城內砲矢俱發，圖賴被創，副將孟坦、屯布祿、備禦多貝、侍衛戈裡戰歿。上以圖賴等輕進，切責之。以紅衣砲攻明台，兵降者相繼。乙卯，遺祖大壽書曰：「往者我欲和，爾國君臣以宋為鑒，不我應。爾國非宋，我亦非金，何不達若此。朕今厭兵革，更以書往，惟將軍裁之。」大壽不答。丁巳，明松山兵二千來援，阿山、勞薩、土魯什擊敗之。甲子，貝勒阿濟格、碩托遮擊明援兵。丁卯，明錦州兵六千來攻阿濟格營。會大霧，覿面不相識。忽有青氣沖敵營，闢若門，我軍乘霧進，大戰，敗之，擒遊擊一，盡獲其甲仗馬匹。辛未，上詣貝勒阿濟格營，酌金卮勞諸將。明兵突出，師夾擊，又大敗之。
九月丁亥，上以兵趨錦州，見塵起，上命諸軍勿行，自率擺牙喇兵二百，與貝勒多鐸緣山潛進。明錦州兵七千突出進上前。上甫擐甲，從者不及二百人，渡河沖敵軍。敵不能當，潰走。諸軍繼至，又大敗之，斬一副將而還。己醜，復以書招祖大壽。庚寅，上設伏山內，誘大壽出，將擒之，大壽驚遁，自是閉城不出。時城中穀止百石，馬死盡，煮馬肉為食，以鞍代爨。乙未，明太仆寺卿監軍道張春，總兵吳襄、鍾緯等，以馬步兵四萬來援，壁小淩河。戊戌，明援兵趨大淩河，距城十五里。上率兩翼騎兵衝擊之，不動。右翼兵猝入張春營，敵遂敗，吳襄及副將桑阿爾寨先奔。張春等復集潰兵立營，會大風，敵乘風縱火，將及我軍，天忽雨，反風，復戰，遂大破之，生擒張春及副將三十三人。春不屈，乞死，上赦不殺。是役也，祖大壽仍以我為誘敵，故城中無應者。是夕黑雲龍遁去。
冬十月丁未，以書招祖大壽、何可剛、張存仁。己酉，再遺大壽書。壬子，以紅衣砲攻於子章台。台最固，三日台毀，守台將王景降，於是遠近百餘台俱下。甲寅，遣降將姜新招祖大壽。大壽亦遣遊擊韓棟來會。癸亥，議三貝勒莽古爾泰上前持刃罪，降貝勒，奪所屬五牛錄。乙醜，祖大壽約我副將石廷柱議降。丙寅，大壽遣其子可法為質。戊辰，大淩河舉城降，獨副將何可剛不從。大壽掖可剛至軍前殺之，夜至禦營，上優遇之，大壽遂獻取錦州策。己巳，遣兵隨大壽夜襲錦州，會大霧，失伍，還。
十一月庚午朔，縱大壽還錦州。戊寅，毀大淩河城。己卯，班師。乙酉，上還瀋陽。丙戌，察哈爾侵阿魯西拉木輪地，貝勒薩哈廉、豪格移師征之，會察哈爾已去，乃還。
閏十一月庚子朔，諭曰：「我兵之棄永平四城，皆貝勒等不學無術所致。頃大淩河之役，城中人相食，明人猶死守，及援盡城降，而錦州、松、杏猶不下，豈非其人讀書明理盡忠其主乎？自今凡子弟年十五歲以下、八歲以上，皆令讀書。」遣庫爾纏等責朝鮮違約罪。庚戌，禁國中不得私立廟寺，喇嘛僧違律者還俗，巫覡星士並禁止之。
十二月壬辰，參將寧完我請設言官，定服制。上嘉納之。丙申，用禮部參政李伯龍言，更定元旦朝賀行禮班次。
六年春正月癸亥，閲漢兵。
二月壬申，定儀仗制。丁醜，謁太祖陵，行時享禮。戊子，諭海州等處城守官三年一赴瀋陽考察。丁酉，諭戶部貝勒德格類以大淩河漢人分隷副將以下，給配撫養。給還貝勒莽古爾泰所罰人口。
三月戊戌，賚大淩河諸降將有差。命達海分析國書音義。庚戌，定訐告諸貝勒者輕重虛實坐罪例，禁子弟告父兄、妻告夫者，定貝勒大臣賜祭葬例。丁巳，征察哈爾，徵蒙古兵，頒軍令。
夏四月戊辰朔，上率大軍西發，阿巴泰、杜度、揚古利、伊爾登、佟養性留守。己巳，次遼河。丙子，次西拉木輪河。己卯，次劄滾烏達，諸蒙古部兵以次來會。乙酉，次哈納崖。察哈爾汗林丹聞我師至，大懼，驅歸化城富民牲畜渡河西奔，盡委輜重而去。庚寅，次都勒河，聞察哈爾林丹遠遁，上趨歸化城。丙申，大軍自阿濟格和爾戈還趨察哈爾。
五月癸卯，諭諸部貝勒大臣勿輕進，勿退縮，勿殺降，勿分散人妻子，勿奪人衣服財物。甲辰，次布龍圖布喇克。丁未，勞薩奏報察哈爾遁去已久，逐北三日無所見。上自布龍圖旋師。戊申，定議征明。丙辰，次硃兒格土。時糧盡，忽逢黃羊遍野，遂合圍殺數萬，脯而食之。無水，以一羊易杯水而飲。上命各牛錄持水迎給之。庚申，次木魯哈喇克沁，貝勒阿濟格率左翼略宣府、大同，貝勒濟爾哈朗率右翼略歸化城，上與大貝勒代善、貝勒莽古爾泰統大軍繼進。甲子，上至歸化城，兩翼兵來會。是日，大軍馳七百里，西至黃河木訥漢山，東至宣府，自歸化城南至明邊境，所在察哈爾部民悉俘之。
