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明初，即置太史監，設太史令，通判太史監事，僉判太史監事，校事郎，五官正，靈台郎，保章正、副，挈壺正，掌歷，管勾等官。以劉基為太史令。吳元年，改監為院，秩正三品。院使，正三品，同知，正四品，院判，正五品，五官正，正六品，典簿、雨暘司、時敘郎、紀候郎，正七品，靈台郎、保章正，正八品，副，從八品，掌歷、管勾，從九品。洪武元年，征元太史張佑、張沂等十四人，改太史院為司天監，設監令一人，正三品少監二人，正四品監丞一人，正六品主簿一人，正七品主事一人，正八品五官正五人，正五品五官副五人，正六品靈台郎二人，正七品保章正二人，從七品監候三人，正八品司辰八人，正九品漏刻博士六人。從九品又置回回司天監，設監令一人，正四品少監二人，正五品監丞二人。正六品征元回回司天監鄭阿里等議歷。三年，改司天監為欽天監。四年，詔監官職專司天，非特旨不得升調。又定監官散官。監令，正儀大夫；少監，分朔大夫；五官司，司玄大夫；監丞，靈台郎；五官保章正，平秩郎；五官靈台郎，司正郎；五官挈壺正，挈壺郎。十四年，改欽天監為正五品，設令一人，丞一人，屬官五官正以下，員數如前所列。俱從品級授以文職散官。二十二年，改令為監正，丞為監副。三十一年，罷回回欽天監，以其曆法隷本監。明初，又置稽疑司，以掌卜筮，未幾罷。洪武十七年，置稽疑司，設司令一人，正六品，左、右丞各一人，從六品，屬官司筮，正九品，無定員。尋罷。
太醫院。院使一人，正五品院判二人。正六品其屬，禦醫四人，正八品，後增至十八人，隆慶五年定設十人。生藥庫、惠民藥局，各大使一人，副使一人。
太醫院掌醫療之法。凡醫術十三科，醫官、醫生、醫士，專科肄業：曰大方脈，曰小方脈，曰婦人，曰瘡瘍，曰針灸，曰眼，曰口齒，曰接骨，曰傷寒，曰咽喉，曰金鏃，曰按摩，曰祝由。凡醫家子弟，擇師而教之。三年、五年一試、再試、三試，乃黜陟之。凡藥，辨其土宜，擇其良楛，慎其條制而用之。四方解納藥品，院官收貯生藥庫，時其燥濕，禮部委官一員稽察之。診視禦脈，使、判、禦醫參看校同，會內臣就內局選藥，連名封記藥劑，具本開寫藥性、證治之法以奏。烹調禦藥，院官與內臣監視。每二劑合為一，候熟，分二器，一禦醫、內臣先嘗，一進禦。仍置歷簿，用內印鈐記，細載年月緣由，以憑考察。王府請醫，本院奉旨遣官或醫士往。文武大臣及外國君長有疾，亦奉旨往視。其治療可否，皆具本覆奏。外府州縣置惠民藥局。邊關衛所及人聚處，各設醫生、醫士或醫官，俱由本院試遣。歲終，會察其功過而殿最之，以憑黜陟。
太祖初，置醫學提舉司，設提舉，從五品同提舉，從六品副提舉，從七品醫學教授，正九品學正、官醫、提領。從九品尋改為太醫監，設少監，正四品監丞。正六品吳元年，改監為院，設院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民藥局，府設提領，州縣設官醫。凡軍民之貧病者，給之醫藥。六年，置禦藥局于內府，始設禦醫。禦醫局，秩正六品，設尚藥、奉禦二人，直長二人，藥童十人，俱以內官、內使充之。設禦醫四人，以太醫院醫士充之。凡收受四方貢獻名藥及儲蓄藥品，奉禦一人掌之。凡供禦藥餌，醫官就內局修制,太醫院官診視。十四年， 改太醫院為正五品，設令一人，丞一人，吏目一人。屬官禦醫四人，俱如文職授散官。二十二年，復改令為院使，丞為院判。嘉靖十五年，改禦藥房為聖濟殿，又設禦藥庫，詔禦醫輪直供事。
上林苑監。左、右監正各一人，正五品左、右監副各一人，正六品，監正、監副後不常設，以監丞署職。左、右監丞各一人。正七品其屬，典簿廳，典簿一人。正九品良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，正七品署丞一人，正八品錄事一人。正九品
監正掌苑囿、園池、牧畜、樹種之事。凡禽獸、草木、蔬果，率其屬督其養戶、栽戶，以時經理其養地、栽地而畜植之，以供祭祀、賓客、宮府之膳羞。凡苑地，東至白河，西至西山，南至武清，北至居庸關，西南至渾河，並禁圍獵。良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鵝鴨鷄，皆籍其牝牡之數，而課孳卵焉。林衡，典果實、花木，嘉蔬，典蒔藝瓜菜，皆計其町畦、樹植之數，而以時苞進焉。
洪武二十五年，議開上林院，度地城南。自牛首山接方山，西並河涯。比圖上，太祖謂有妨民業，遂止。永樂五年，始置上林苑監，設良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鑒及典察左右前後十屬署。洪熙中，併為蕃育、嘉蔬二署。以良牧、川衡並蕃育，冰鑒、林衡並嘉蔬，典察四署分併入。宣德十年，始定四署。正德間，增設監督內臣共九十九員。嘉靖元年，裁汰八十員，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署錄事。
中、東、西、南、北五城兵馬指揮司。各指揮一人，正六品副指揮四人，正七品吏目一人。
指揮，巡捕盜賊，疏理街道溝渠及囚犯、火禁之事。凡京城內外，各畫境而分領之。境內有游民、奸民則逮治。若車駕親郊，則率夫裡供事。凡親、郡王妃父無官者，親王授兵馬指揮，郡王授副指揮，不管事。
明初，置兵馬指揮司，設都指揮、副都指揮、知事。後改設指揮使、副指揮使，各城門設兵馬。洪武元年，命在京兵馬指揮司並管市司，每三日一次校勘街市觔斗、秤尺，稽考牙儈姓名，時其物價。五年，又設兵馬指揮司分司于中都。十年，定京城及中都兵馬指揮司秩俱正六品。先是秩正四品。改為指揮、副指揮，職專京城巡捕等事，革知事。二十三年，定設五城兵馬指揮司，惟中城止稱中兵馬指揮司。俱增設吏目。建文中，改為兵馬司，改指揮、副指揮為兵馬、副兵馬。永樂元年複舊。二年，設北京兵馬指揮司。嘉靖四十一年，詔巡視五城御史，每年終，將各城兵馬指揮會本舉劾。隆慶間，御史趙可懷言：「五城兵馬司官，宜取科貢正途，職檢驗死傷，理刑名盜賊，如兩京知縣。不職者，巡城御史糾劾之。」
順天府。府尹一人，正三品府丞一人，正四品治中一人，正五品通判六人，正六品，嘉靖後革三人。推官一人，從六品儒學教授一人，從九品訓導一人。其屬，經歷司，經歷一人，從七品知事一人。從八品照磨所，照磨一人，從九品檢校一人。所轄，宛平、大興二縣，各知縣一人，正六品縣丞二人，正七品主簿無定員，正八品典史一人。司獄司，司獄一人。從九品都稅司，大使一人，從九品副使一人。宣課司，凡四，正陽門外、正陽門、張家灣、盧溝橋。稅課司，凡二，安定門外、安定門。各大使一人。從九品稅課分司，凡二，崇文門、德勝門。各副使一人。遞軍所、批驗所，各大使一人。
