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東明民或遮宰相馬訴助役錢，安石白帝曰：「知縣賈蕃乃范仲淹之婿，好附流俗，致民如是。」又曰：「治民當知其情偽利病，不可示姑息。若縱之使妄經省台，鳴鼓邀駕，恃眾僥倖，則非所以為政。」其強辯背理率類此。
帝用韓維為中丞，安石憾曩言，指為善附流俗以非上所建立，因維辭而止。歐陽修乞致仕，馮京請留之，安石曰：「修附麗韓琦，以琦為社稷臣。如此人，在一郡則壞一郡，在朝廷則壞朝廷，留之安用？」乃聽之。富弼以格青苗解使相，安石謂不足以阻奸，至比之共、鯀。靈台郎尤瑛言天久陰，星失度，宜退安石，即黥隷英州。唐坰本以安石引薦為諫官，因請對極論其罪，謫死。文彥博言市易與下爭利，致華岳山崩。安石曰：「華山之變，殆天意為小人發。市易之起，自為細民久困，以抑兼併爾，于官何利焉。」閼其奏，出彥博守魏。於是呂公著、韓維，安石藉以立聲譽者也；歐陽修、文彥博，薦己者也；富弼、韓琦，用為侍從者也；司馬光、范鎮，交友之善者也：悉排斥不遺力。
禮官議正太廟太祖東向之位，安石獨定議還僖祖于祧廟，議者合爭之，弗得。上元夕，從駕乘馬入宣德門，衛士訶止之，策其馬。安石怒，上章請逮治。御史蔡確言：「宿衛之士，拱扈至尊而已，宰相下馬非其處，所應訶止。」帝卒為杖衛士，斥內侍，安石猶不平。王韶開熙河奏功，帝以安石主議，解所服玉帶賜之。
七年春，天下久旱，饑民流離，帝憂形于色，對朝嗟嘆，欲盡罷法度之不善者。安石曰：「「水旱常數，堯、湯所不免，此不足招聖慮，但當修人事以應之。」帝曰：「此豈細事，朕所以恐懼者，正為人事之未修爾。今取免行錢太重，人情咨怨，至出不遜語。自近臣以至後族，無不言其害。兩宮泣下，憂京師亂起，以為天旱，更失人心。」安石曰：「近臣不知為誰，若兩宮有言，乃向經、曹佾所為爾。」馮京曰：「臣亦聞之。」安石曰：「士大夫不逞者以京為歸，故京獨聞其言，臣未之聞也。」監安上門鄭俠上疏，繪所見流民扶老攜幼困苦之狀，為圖以獻，曰：「旱由安石所致。去安石，天必雨。」俠又坐竄嶺南。慈聖、宣仁二太后流涕謂帝曰：「安石亂天下。」帝亦疑之，遂罷為觀文殿大學士、知江寧府，自禮部侍郎超九轉為吏部尚書。
呂惠卿服闋，安石朝夕汲引之，至是，白為參知政事，又乞召韓絳代己。二人守其成謨，不少失，時號絳為「傳法沙門」，惠卿為「護法善神」。而惠卿實欲自得政，忌安石復來，因鄭俠獄陷其弟安國，又起李士寧獄以傾安石。絳覺其意，密白帝請召之。八年二月，復拜相，安石承命，即倍道來。《三經義》成，加尚書左仆射兼門下侍郎，以子雱為龍圖閣直學士。雱辭，惠卿勸帝允其請，由是嫌隙愈著。惠卿為蔡承禧所擊，居家俟命。雱風御史中丞鄧綰，復彈惠卿與知華亭縣張若濟為奸利事，置獄鞫之，惠卿出守陳。
十月，彗出東方，詔求直言，及詢政事之未協於民者。安石率同列疏言：「晉武帝五年，彗出軫；十年，又有孛。而其在位二十八年，與《乙巳占》所期不合。蓋天道遠，先王雖有官占，而所信者人事而已。天文之變無窮，上下傅會，豈無偶合。周公、召公，豈欺成王哉。其言中宗享國日久，則曰‘嚴恭寅畏，天命自度，治民不敢荒寧’。其言夏、商多歷年所，亦曰‘德’而已。裨灶言火而驗，欲禳之，國僑不聽，則曰‘不用吾言，鄭又將火’。僑終不聽，鄭亦不火。有如裨灶，未免妄誕，況今星工哉？所傳占書，又世所禁，謄寫偽誤，尤不可知。陛下盛德至善，非特賢于中宗，周、召所言，則既閲而盡之矣，豈須愚瞽復有所陳。竊聞兩宮以此為憂，望以臣等所言，力行開慰。」帝曰：「聞民間殊苦新法。」安石曰：「祁寒暑雨，民猶怨咨，此無庸恤。」帝曰：「豈若並祁寒暑雨之怨亦無邪？」安石不悅，退而屬疾臥，帝慰勉起之。其黨謀曰：「今不取上素所不喜者暴進用之，則權輕，將有窺人間隙者。」安石是其策。帝喜其出，悉從之。時出師安南，諜得其露布，言：「中國作青苗、助役之法，窮困生民。我今出兵，欲相拯濟。」安石怒，自草敕榜詆之。
華亭獄久不成，雱以屬門下客呂嘉問、練亨甫共議，取鄧綰所列惠卿事，雜他書下制獄，安石不知也。省吏告惠卿于陳，惠卿以狀聞，且訟安石曰：「安石盡棄所學，隆尚縱橫之末數，方命矯令，罔上要君。此數惡力行于年歲之間，雖古之失志倒行而逆施者，殆不如此。」又發安石私書曰：「無使上知」者。帝以示安石，安石謝無有，歸以問雱，雱言其情，安石咎之。雱憤恚，疽發背死。安石暴綰罪，去「為臣子弟求官及薦臣婿蔡卞」，遂與亨甫皆得罪。綰始以附安石居言職，及安石與呂惠卿相傾，綰極力助攻惠卿。上頗厭安石所為，綰懼失勢，屢留之於上，其言無所顧忌；亨甫險薄，諂事雱以進，至是皆斥。
安石之再相也，屢謝病求去，及子雱死，尤悲傷不堪，力請解幾務。上益厭之，罷為鎮南軍節度使、同平章事、判江寧府。明年，改集禧觀使，封舒國公。屢乞還將相印。元豐二年，復拜左仆射、觀文殿大學士。換特進，改封荊。哲宗立，加司空。
元祐元年，卒，年六十六，贈太傅。紹聖中，謚曰文，配享神宗廟庭。崇寧三年，又配食文宣王廟，列于顏、孟之次，追封舒王。欽宗時，楊時以為言，詔停之。高宗用趙鼎、呂聰問言，停宗廟配享，削其王封。
初，安石訓釋《詩》、《書》、《周禮》，既成，頒之學官，天下號曰「新義」。晚居金陵，又作《字說》，多穿鑿傅會。其流入于佛、老。一時學者，無敢不傳習，主司純用以取士，士莫得自名一說，先儒傳注，一切廢不用。黜《春秋》之薯，不使列于學官，至戲目為「斷爛朝報」。
安石未貴時，名震京師，性不好華腴，自奉至儉，或衣垢不浣，面垢不洗，世多稱其賢。蜀人蘇洵獨曰：「是不近人情者，鮮不為大奸慝。」作《辯奸論》以刺之，謂王衍、盧杞合為一人。
安石性強忮，遇事無可否，自信所見，執意不回。至議變法，而在廷交執不可，安石傅經義，出己意，辯論輒數百言，眾不能詘。甚者謂「天變不足畏，祖宗不足法，人言不足恤。」罷黜中外老成人幾盡，多用門下儇慧少年。久之，以旱引去，洎復相，歲餘罷，終神宗世不復召，凡八年。子雱。
雱字元澤。為人慓悍陰刻，無所顧忌。性敏甚，未冠，已著書數萬言。年十三，得秦卒言洮、河事，嘆曰：「此可撫而有也。使西夏得之，則吾敵強而邊患博矣。」其後王韶開熙河，安石力主其議，蓋兆于此。舉進士，調旌德尉。
雱氣豪，睥睨一世，不能作小官。作策二十餘篇，極論天下事，又作《老子訓傳》及《佛書義解》，亦數萬言。時安石執政，所用多少年，雱亦欲預選，乃與父謀曰：「執政子雖不可預事，而經筵可處。」安石欲上知而自用，乃以雱所作策及注《道德經》鏤板鬻于市，遂傳達于上。鄧綰、曾布又力薦之，召見，除太子中允、崇政殿說書。神宗數留與語，受詔注《詩》、《書》義，擢天章閣待制兼侍講。書成，遷龍圖閣直學士，以病辭不拜。
