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代宗即位，以射生軍入禁中清難，皆賜名「寶應功臣」，故射生軍又號「寶應軍」。廣德元年，代宗避吐蕃幸陝，朝恩舉在陝兵與神策軍迎扈，悉號「神策軍」。天子幸其營。及京師平，朝恩遂以軍歸禁中，自將之，然尚未與北軍齒也。永泰元年，吐蕃復入寇，朝恩又以神策軍屯苑中，自是浸盛，分為左、右廂，勢居北軍右，遂為天子禁軍，非它軍比。朝恩乃以觀軍容宣慰處置使知神策軍兵馬使。大曆四年，請以京兆之好畤，鳳翔之麟游、普潤，皆隷神策軍。明年，復以興平、武功、扶風、天興隷之，朝廷不能遏。又用愛將劉希暹為神策虞候，主不法，遂置北軍獄，募坊市不逞，誣捕大姓，沒產為賞，至有選舉旅寓而挾厚貲多橫死者。朝恩得罪死，以希暹代為神策軍使。是歲，希暹復得罪，以朝恩舊校王駕鶴代將。十數歲，德宗即位，以白志貞代之。是時，神策兵雖處內，而多以裨將將兵征伐，往往有功。
及李希烈反，河北盜且起，數出禁軍征伐，神策之士多斗死者。建中四年下詔募兵，以志貞為使，搜補峻切。郭子儀之婿端王傅吳仲孺殖貲累巨萬，以國家有急不自安，請以子率奴馬從軍。德宗喜甚，為官其子五品。志貞乃請節度、都團練、觀察使與世嘗任者家，皆出子弟馬奴裝鎧助征，授官如仲孺子。於是豪富者緣為幸，而貧者苦之。神策兵既發殆盡，志貞陰以市人補之，名隷籍而身居市肆。及涇卒潰變，皆戢伏不出，帝遂出奔。初，段秀實見禁兵寡弱，不足備非常，上疏曰：「天子萬乘，諸侯千，大夫百，蓋以大制小，十制一也，尊君卑臣強干弱支之道。今外有不廷之虜，內有梗命之臣，而禁兵不精，其數削少，後有猝故，何以待之？猛虎所以百獸畏者，爪牙也，爪牙廢，則孤豚特犬悉能為敵。願少留意。」至是方以秀實言為然。
及志貞等流貶，神策都虞候李晟與其軍之它將，皆自飛狐道西兵赴難，遂為神策行營節度，屯渭北，軍遂振。貞元二年，改神策左右廂為左右神策軍，特置監句當左右神策軍，以寵中官，而益置大將軍以下。又改殿前射生左右廂曰殿前左右射生軍，亦置大將軍以下。三年，詔射生、神策、六軍將士，府縣以事辦治，先奏乃移軍，勿輒逮捕。京兆尹鄭叔則建言：「京劇輕猾所聚，慝作不常，俟奏報，將失罪人，請非昏田，皆以時捕。」乃可之。俄改殿前左右射生軍曰左右神威軍，置監左右神威軍使。左右神策軍皆加將軍二員，左右龍武軍加將軍一員，以待諸道大將有功者。
自肅宗以後，北軍增置威武、長興等軍，名類頗多，而廢置不一。惟羽林、龍武、神武、神策、神威最盛，總曰左右十軍矣。其後京畿之西，多以神策軍鎮之，皆有屯營。軍司之人，散處甸內，皆恃勢凌暴，民間苦之。自德宗幸梁還，以神策兵有勞，皆號「興元元從奉天定難功臣」，恕死罪。中書、御史府、兵部乃不能歲比其籍，京兆又不敢總舉名實。三輔人假比于軍，一牒至十數。長安奸人多寓占兩軍，身不宿衛，以錢代行，謂之納課戶。益肆為暴，吏稍禁之，輒先得罪，故當時京尹、赤令皆為之斂屈。十年，京兆尹楊于陵請置挾名敕，五丁許二丁居軍，余差以條限，繇是豪強少畏。
十二年，以監句當左神策軍、左監門衛大將軍、知內侍省事竇文場為左神策軍護軍中尉，監句當右神策軍、右監門衛將軍、知內侍省事霍仙鳴為右神策軍護軍中尉，監右神威軍使、內侍兼內謁者臨張尚進為右神威軍中護軍，監左神威軍使、內侍兼內謁者監焦希望為左神威軍中護軍。護軍中尉、中護軍皆古官，帝既以禁衛假宦官，又以此寵之。十四年，又詔左右神策置統軍，以崇親衛，如六軍。時邊兵衣饟多不贍，而戍卒屯防，藥茗蔬醬之給最厚。諸將務為詭辭，請遙隷神策軍，稟賜遂贏舊三倍，繇是塞上往往稱神策行營，皆內統于中人矣，其軍乃至十五萬。
故事，京城諸司、諸使、府、縣，皆季以御史巡囚。後以北軍地密，未嘗至。十九年，監察御史崔薳不知近事，遂入右神策，中尉奏之，帝怒，杖薳四十，流崖州。
順宗即位，王叔文用事，欲取神策兵柄，乃用故將范希朝為左右神策、京西諸城鎮行營兵馬節度使，以奪宦者權，而不克。元和二年，省神武軍。明年，又廢左右神威軍，合為一，曰「天威軍」。八年，廢天威軍，以其兵騎分隷左右神策軍。及僖宗幸蜀，田令孜募神策新軍為五十四都，離為十軍，令孜自為左右神策十軍兼十二衛觀軍容使，以左右神策大將軍為左右神策諸都指揮使，諸都又領以都將，亦曰「都頭」。
景福二年，昭宗以籓臣跋扈、天子孤弱，議以宗室典禁兵。及伐李茂貞，乃用嗣覃王允為京西招討使，神策諸都指揮使李釒歲副之，悉發五十四軍屯興平，已而兵自潰。茂貞逼京師，昭宗為斬神策中尉西門重遂、李周訁童，乃引去。乾寧元年，王行瑜、韓建及茂貞連兵犯闕，天子又殺宰相韋昭度、李磎，乃去。太原李克用以其兵伐行瑜等，同州節度使王行實入迫神策中尉駱全瓘、劉景宣請天子幸邠州，全瓘、景宣及子繼晟與行實縱火東市，帝禦承天門，敕諸王率禁軍扞之。捧日都頭李筠以其軍衛樓下，茂貞將閻圭攻筠，矢及樓扉，帝乃與親王、公主幸筠軍，扈蹕都頭李君實亦以兵至，侍帝出幸莎城、石門。詔嗣薛王知柔入長安收禁軍、清宮室，月餘乃還。又詔諸王閲親軍，收拾神策亡散，得數萬。益置安聖、捧宸、保寧、安化軍，曰「殿後四軍」，嗣覃王允與嗣延王戒丕將之。三年，茂貞再犯闕，嗣覃王戰敗，昭宗幸華州。明年，韓建畏諸王有兵，請皆歸十六宅，留殿後兵三十人，為控鶴排馬官，隷飛龍坊，餘悉散之，且列甲圍行宮，於是四軍二萬餘人皆罷。又請誅都頭李筠，帝恐，為斬于大雲橋。俄遂殺十一王。
及還長安，左右神策軍復稍置之，以六千人為定。是歲，左右神策中尉劉季述、王仲先以其兵千人廢帝，幽之。季述等誅。已而昭宗召硃全忠兵入誅宦官，宦官覺，劫天子幸鳳翔。全忠圍之歲餘，天子乃誅中尉韓全誨、張弘彥等二十餘人，以解梁兵，乃還長安。於是悉誅宦官，而神策左右軍繇此廢矣。諸司悉歸尚書省郎官，兩軍兵皆隷六軍者，而以崔胤判六軍十二衛事。六軍者，左右龍武、神武、羽林，其名存而已。自是軍司以宰相領。
