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後吉為車騎將軍軍市令，遷大將軍長史，霍光甚重之，入為光祿大夫給事中。昭帝崩，無嗣，大將軍光遣吉迎昌邑王賀。賀即位，以行瀅亂廢，光與車騎將軍張安世諸大臣議所立，未定。吉奏記光曰：“將軍事孝武皇帝，受襁褓之屬，任天下之寄，孝昭皇帝早崩亡嗣，海內憂懼，欲亟聞嗣主，發喪之日以大誼立後，所立非其人，復以大誼廢之，天下莫不服焉。方今社稷宗廟群生之命在將軍之一舉。竊伏聽于眾庶，察其所言，諸侯宗室在位列者，未有所聞於民間也。
而遺詔所養武帝曾孫名病已在掖庭外家者，吉前使居郡邸時見其幼少，至今十八九矣，通經術，有美材，行安而節和。願將軍詳大議，參以蓍龜，豈宜褒顯，先使入侍，令天下昭然知之，然後決定大策，天下幸甚！”光覽其議，遂尊立皇曾孫，遣宗正劉德與吉迎曾孫于掖庭。宣帝初即位，賜吉爵關內侯。
吉為人深厚，不伐善。自曾孫遭遇，吉絶口不道前恩，故朝廷莫能明其功也。
地節三年，立皇太子，吉為太子太傅，數月，遷御史大夫。及霍氏誅，上躬親政，省尚書事。是時，掖庭宮婢則令民夫上書，自陳嘗有阿保之功。章下掖庭令考問，則辭引使者丙吉知狀。掖庭令將則詣御史府以視吉。吉識，謂則曰：「汝嘗坐養皇曾孫不謹督笞，汝安得有功？獨渭城胡組、淮陽郭徵卿有恩耳。」分別奏組等共養勞苦狀。詔吉求組、征卿，已死，有子孫，皆受厚賞。詔免則為庶人，賜錢十萬。上親見問，然後知吉有舊恩，而終不言。上大賢之，制詔丞相：「朕微眇時，御史大夫吉與朕有舊恩，厥德茂焉。《詩》不雲乎？『亡德不報』。其封吉為博陽侯，邑千三百戶。」臨當封，吉疾病，上將使人加紳而封之，及其生存也。
上憂吉疾不起，太子太傅夏侯勝曰：“此未死也。
臣聞有陰德者，必饗其樂以及子孫。今吉未獲報而疾甚，非其死疾也。”
後病果愈。吉上書固辭，自陳不宜以空名受賞。上報曰：“朕之封君，非空名也，而君上書歸侯印，是顯朕不德也。
方今天下少事，君其專津神，省思慮，近醫藥，以自持。”後五歲，代魏相為丞相。
吉本起獄法小吏，後學《詩》、《禮》，皆通大義。及居相位，上寬大，好禮讓。掾史有罪臧，不稱職，輒予長休告，終無所案驗。客或謂吉曰：「君侯為漢相，堅吏成其私，然無所懲艾。」吉曰：「夫以三公之府有案吏之名，吾竊陋焉。」後人代吉，因以為故事，公府不案吏，自吉始。
于官屬掾史，務掩過揚善。吉馭吏耆酒，數逋蕩，嘗從吉出，醉嘔丞相車上。西曹主吏白欲斥之，吉曰：「以醉飽之失去士，使此人將復何所容？西曹地忍之，此不過污丞相車茵耳。」遂不去也。
此馭吏邊郡人，習知邊塞發奔命警備事，嘗出，適見驛騎持赤白囊，邊郡發奔命書馳來至。馭吏因隨驛騎至公車刺取，知虜入雲中、代郡，遽歸府見吉白狀，因曰：「恐虜所入邊郡，二千石長吏有老病不任兵馬者，宜可豫視。」吉善其言，召東曹案邊長吏，瑣科條其人。未已，詔召丞相、御史，問以虜所入郡吏，吉具對。御史大夫卒遽不能詳知，以得譴讓。而吉見謂憂邊思職，馭吏力也。
吉乃嘆曰：「士亡不可容，能各有所長。向使丞相不先聞馭吏言，何見勞勉之有？」掾史繇是益賢吉。
吉又嘗出，逢清道群鬥者，死傷橫道，吉過之不問，掾史獨怪之。吉前行，逢人逐牛，牛喘吐舌，吉止駐，使騎吏問：「逐牛行幾里矣？」掾史獨謂丞相前後失問，或以譏吉，吉曰：“民鬥相殺傷，長安令、京兆尹職所當禁備逐捕，歲竟丞相課其殿最，奏行賞罰而已。宰相不親小事，非所當於道路問也。
方春少陽用事，未可大爇，恐牛近行，用暑故喘，此時氣失節，恐有所傷害也。
三公典調和陰陽，職當憂，是以問之。”掾史乃服，以吉知大體。
五鳳三年春，吉病篤。上自臨問吉，曰：「君即有不諱，誰可以自代者？」吉辭謝曰：「群臣行能，明主所知，愚臣無所能識。」上固問，吉頓首曰：「西河太守杜延年明於法度，曉國家故事，前為九卿十餘年，今在郡治有能名。廷尉于定國執憲詳平，天下自以不冤。太仆陳萬年事後母孝，-厚備於行止。此三人能皆在臣右，唯上察之。」上以吉言皆是而許焉。及吉薨，御史大夫黃霸為丞相，征西河太守杜延年為御史大夫，會其年老，乞骸骨。病免。以廷尉于定國代為御史大夫。黃霸薨，而定國為丞相，太仆陳萬年代定國為御史大夫，居位皆稱職，上稱吉為知人。
吉薨，謚曰定侯。子顯嗣，甘露中有罪削爵為關內侯，官至衛尉、太仆。始顯少為諸曹，嘗從祠高廟，至夕牲日，乃使出取齋衣。丞相吉大怒，謂其夫人曰：「宗廟至重，而顯不敬慎，亡吾爵者必顯也。」
夫人為言，然後乃已。吉中子禹為水衡都尉，少子高為中壘校尉。
