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後荊州大水，仲堪振恤饑者，倉廩空竭。玄乘其虛而伐之，先遣軍襲巴陵。梁州刺史郭銓當之所鎮，路經夏口，玄聲雲朝廷遣銓為己前鋒，乃授以江夏之眾，使督諸軍併進，密報兄偉令為內應。偉遑遽不知所為，乃自賫疏示仲堪。仲堪執偉為質，令與玄書，辭甚苦至。玄曰：「仲堪為人不得專決，常懷成敗之計，為兒子作慮，我兄必無憂矣。」
玄既至巴陵，仲堪遣眾距之，為玄所敗。玄進至楊口，又敗仲堪弟子道護，乘勝至零口，去江陵二十里，仲堪遣軍數道距之。佺期自襄陽來赴，與兄廣共擊玄，玄懼其鋭，乃退軍馬頭。佺期等方復追玄苦戰，佺期敗，走還襄陽，仲堪出奔酇城，玄遣將軍馮該躡佺期，獲之。廣為人所縛，送玄，並殺之。仲堪聞佺期死，乃將數百人奔姚興，至冠軍城，為該所得，玄令害之。
於是遂平荊雍，乃表求領江、荊二州。詔以玄都督荊司雍秦梁益寧七州、後將軍、荊州刺史、假節，以桓脩為江州刺史。玄上疏固爭江州，於是進督八州及楊豫八郡，復領江州刺史。玄又輒以偉為冠軍將軍、雍州刺史。時寇賊未平，朝廷難違其意，許之。玄於是樹用腹心，兵馬日盛，屢上疏求討孫恩，詔輒不許。其後恩逼京都，玄建牙聚眾，外托勤王，實欲觀釁而進，覆上疏請討之。會恩已走，玄又奉詔解嚴。以偉為江州，鎮夏口；司馬刁暢為輔國將軍，督八郡，鎮襄陽；遣桓振、皇甫敷、馮該等戍湓口。移沮漳蠻二千戶于江南，立武寧郡；更招集流人，立綏安郡。又置諸郡丞。詔征廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自謂三分有二，知勢運所歸，屢上禎祥以為己瑞。
初。庾楷既奔于玄，玄之求討孫恩也，以為右將軍。玄既解嚴，楷亦去職。楷以玄方與朝廷構怨，恐事不克，禍及於己，乃密結于後將軍元顯，許為內應。元興初，元顯稱詔伐玄，玄從兄石生時為太傅長史，密書報玄。玄本謂揚土饑饉，孫恩未滅，必未遑討己，可得蓄力養眾，觀釁而動。既聞元顯將伐之，甚懼，欲保江陵。長史卞范之說玄曰：「公英略威名振于天下，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若兵臨近畿，示以威賞，則土崩之勢可翹足而待，何有延敵入境自取蹙弱者乎！」玄大悅，乃留其兄偉守江陵，抗表率眾，下至尋陽，移檄京邑，罪狀元顯。檄至。元顯大懼，下船而不克發。玄既失人情，而興師犯順，慮眾不為用，恆有回旆之計。既過尋陽，不見王師，意甚悅，其將吏亦振。庾楷謀泄，收縶之。至姑孰，使其將馮該、苻宏、皇甫敷、索元等先攻譙王尚之。尚之敗。劉牢之遣子敬宣詣玄降。
玄至新亭，元顯自潰。玄入京師，矯詔曰：「義旗雲集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。」又矯詔加己總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，又加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長史、司馬、從事中郎四人，甲杖二百人上殿。玄表列太傅道子及元顯之惡，徙道子于安成郡，害元顯于市。於是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟游擊將軍邃，太傅參軍荀遜、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、譙王尚之等，流尚之弟丹陽尹恢之、廣晉伯允之、驃騎長史王誕、太傅主簿毛遁等於交廣諸郡，尋追害恢之、允之於道。以兄偉為安西將軍、荊州刺史，領南蠻校尉，從兄謙為左仆射、加中軍將軍、領選，脩為右將軍、徐兗二州刺史，石生為前將軍、江州刺史，長史為卞范之為建武將軍、丹陽尹、王謐為中書令、領軍將軍。大赦，改元為大亨。玄讓丞相，自署太尉、領平西將軍、豫州刺史。又加袞冕之服，綠糹戾綬，增班劍為六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名。
玄將出居姑孰，訪之於眾，王謐對曰：「《公羊》有言，周公何以不之魯？欲天下一乎周也。願靜根本，以公旦為心。」玄善其對而不能從。遂大築城府，台館山池莫不壯麗，乃出鎮焉。既至姑孰，固辭錄尚書事，詔許之，而大政皆諮焉，小事則決於桓謙、卞范之。
自禍難屢構，干戈不戢，百姓厭之。思歸一統。及玄初至也，黜凡佞，擢俊賢，君子之道粗備，京師欣然。後乃陵侮朝廷，幽擯宰輔，豪奢縱慾，眾務繁興，於是朝野失望，人不安業。時會稽饑荒，玄令賑貸之。百姓散在江湖采穭，內史王愉悉召之還。請米，米既不多，吏不時給，頓仆道路死者十八九焉。玄又害吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、謙之從兄高平相朗之、輔國將軍劉襲、襲弟彭城內史季武、冠軍將軍孫無終等，皆牢之之黨，北府舊將也。襲兄冀州刺史軌及寧朔將軍高雅之、牢之子敬宣並奔慕容德。玄諷朝廷以己平元顯功，封豫章公，食安成郡地方二百二十五里，邑七千五百戶；平仲堪、佺期功，封桂陽郡公，地方七十五里，邑二千五百戶；本封南郡如故。玄以豫章改封息升，桂陽郡公賜兄子浚，降為西道縣公。又發詔為桓溫諱，有姓名同者一皆改之，贈其母馬氏豫章公太夫人。元興二年，玄詐表請平姚興，又諷朝廷作詔，不許。玄本無資力，而好為大言，既不克行，乃雲奉詔故止。初欲飾裝，無他處分，先使作輕舸，載服玩及書畫等物。或諫之，玄曰：「書畫服玩既宜恆在左右，且兵凶戰危，脫有不意，當使輕而易運。」眾咸笑之。
