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初，帝愛琅邪王裒，將有奪嫡之議，以問導。導曰：「夫立子以長，且紹又賢，不宜改革。」帝猶疑之。導日夕陳諫，故太子卒定。及明帝即位，導受遺詔輔政，解揚州，遷司徒，一依陳群輔魏故事。王敦又舉兵內向。時敦始寢疾，導便率子弟發哀，眾聞，謂敦死，咸有奮志。及帝伐敦，假導節，都督諸軍，領揚州刺史。敦平，進封始興郡公，邑三千戶，賜絹九千匹，進位太保，司徒如故，劍履上殿，入朝不趨，贊拜不名。固讓。帝崩，導復與庾亮等同受遺詔，共輔幼主，是為成帝。加羽葆鼓吹，班劍二十人。及石勒侵阜陵，詔加導大司馬、假黃鉞，出討之。軍次江寧，帝親餞于郊。俄而賊退，解大司馬。
庾亮將征蘇峻，訪之於導。導曰：「峻猜阻，必不奉詔。且山藪藏疾，宜包容之。」固爭不從，亮遂召峻。既而難作，六軍敗績，導入宮侍帝。峻以導德望，不敢加害，猶以本官居己之右。峻又逼乘輿幸石頭，導爭之不得。峻日來帝前肆醜言，導深懼有不測之禍。時路永、匡術、賈寧並說峻，令殺導，盡誅大臣，更樹腹心。峻敬導，不納，故永等貳于峻。導使參軍袁耽潛諷誘永等，謀奉帝出奔義軍。而峻衙禦甚嚴，事遂不果。導乃攜二子隨永奔于白石。
及賊平，宗廟宮室併為灰燼，溫嶠議遷都豫章，三吳之豪請都會稽，二論紛紜，未有所適。導曰：「建康，古之金陵，舊為帝裡，又孫仲謀、劉玄德俱言王者之宅。古之帝王不必以豐儉移都，苟弘衛文大帛之冠，則無往不可。若不績其麻，則樂土為虛矣。且北寇遊魂，伺我之隙，一旦示弱，竄于蠻越，求之望實，懼非良計。今特宜鎮之以靜，群情自安。」由是嶠等謀並不行。
導善於因事，雖無日用之益，而歲計有餘。時帑藏空竭，庫中惟有練數千端，鬻之不售，而國用不給。導患之，乃與朝賢俱制練布單衣，於是士人翕然競服之，練遂踴貴。乃令主者出賣，端至一金。其為時所慕如此
六年冬，烝，詔歸胙于導，曰：「無下拜。」導辭疾不敢當。初，帝幼沖，見導，每拜。又嘗與導書手詔，則雲「惶恐言」，中書作詔，則曰「敬問」，於是以為定製。自後元正，導入，帝猶為之興焉。
時大旱，導上疏遜位。詔曰：「夫聖王禦世，動合至道，運無不周，故能人倫攸敘，萬物獲宜。朕荷祖宗之重，托于王公之上，不能仰陶玄風，俯洽宇宙，亢陽逾時，兆庶胥怨，邦之不臧，惟予一人。公體道明哲，弘猶深遠，勛格四海，翼亮三世，國典之不墜，實仲山甫補之。而猥崇謙光，引咎克讓，元道之愆，寄責宰輔，只增其闕。博綜萬機，不可一日有曠。公宜遺履謙之近節，遵經國之遠略。門下速遣侍中以下敦喻。」導固讓。詔累逼之，然後視事。
導簡素寡慾，倉無儲谷，衣不重帛。帝知之，給布萬匹，以供私費。導有羸疾，不堪朝會，帝幸其府，縱酒作樂，後令輿車入殿，其見敬如此。
石季龍掠騎至歷陽，導請出討之。加大司馬、假黃鉞、中外諸軍事，置左右長史、司馬，給布萬匹。俄而賊退，解大司馬，復轉中外大都督，進位太傅，又拜丞相，依漢制罷司徒官以並之。冊曰：「朕夙罹不造，肆陟帝位，未堪多難，禍亂旁興。公文貫九功，武經七德，外緝四海，內齊八政，天地以平，人神以和，業同伊尹，道隆姬旦。仰思唐虞，登庸雋乂，申命群官，允釐庶績。朕思憑高謨，弘濟遠獻，維稽古建爾于上公，永為晉輔。往踐厥職，敬敷道訓，以亮天工。不亦休哉！公其戒之！」
是歲，妻曹氏卒，贈金章紫綬。初，曹氏性妒，導甚憚之，乃密營別館，以處眾妾。曹氏知，將往焉。導恐妾被辱，遽令命駕，猶恐遲之，以所執麈尾柄驅牛而進。司徒蔡謨聞之，戲導曰：「朝廷欲加公九錫。」導弗之覺，但謙退而已。謨曰：「不聞餘物，惟有短轅犢車，長柄麈尾。」導大怒，謂人曰：「吾往與群賢共游洛中，何曾聞有蔡克兒也。」
于時庾亮以望重地逼，出鎮于外。南蠻校尉陶稱間說亮當舉兵內向，或勸導密為之防。導曰：「吾與元規休戚是同，悠悠之談，宜絶智者之口。則如君言，元規若來，吾便角巾還第，復何懼哉！」又與稱書，以為庾公帝之元舅，宜善事之。於是讒間遂息。時亮雖居外鎮，而執朝廷之權，既據上流，擁強兵，趣向者多歸之。導內不能平，常遇西風塵起，舉扇自蔽，徐曰：「元規塵污人。」
自漢魏以來，群臣不拜山陵。導以元帝睠同布衣，匪惟君臣而已，每一崇進，皆就拜，不勝哀戚。由是詔百官拜陵，自導始也。
