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萊布尼茲堅信邏輯不僅在它本門範圍內重要，當作形而上學的基礎也是重要的。他對數理邏輯有研究，研究成績他當初假使發表了，會重要之至；那麼，他就會成為數理邏輯的始祖，而這門科學也就比實際上提早一個半世紀問世。他所以不發表的原因是，他不断發現證據，表明亞里士多德的三段論之說在某些點上是錯誤的；他對亞里士多德的尊崇使他難以相信這件事，於是他誤認為錯處必定在自己。儘管如此，他畢生仍舊懷着希望，想發現一種普遍化的數學，他稱之為「CharacteristicaUniversalis」（萬能算學），能用來以計算代替思考。他說：「有了這種東西，我們對形而上學和道德問題就能夠几乎像在幾何學和數學分析中一樣進行推論。」
「萬一發生爭執，正好像兩個會計員之間無須乎有辯論，兩個哲學家也不需要辯論。因為他們只要拿起石筆，在石板前坐下來，彼此說一聲（假如願意，有朋友作證）：我們來算算，也就行了。」
萊布尼茲拿「矛盾律」和「充足理由律」這兩個邏輯前提作為他的哲學的基礎。二定律都依據「分析」命題這個概念。所謂「分析命題」就是謂語包含在主語中的命題，例如「所有白種人是人」。矛盾律說一切分析命題皆真。充足理由律（限于秘傳體系中的充足理由律）說，所有真命題是分析命題。這話甚至對必須看成是關於事實問題的經驗命題也適用。如果我作一次旅行，「我」的概念必定自永久的往昔已經包含這次旅行的概念，後者是「我」的謂語。「我們可以說，一個具有個體性的實體即完全的有，它的本性就是有一個這樣完全的概念：它足以包含這概唸作為屬性而歸的那個主語的所有謂語，並且足以使這些謂語由它推得出來。例如，『國王』這個性質是屬於亞歷山大大帝的，如果把它從主語抽離開，對錶示某個人來講不夠確定，而且不包含同一主語的其它性質，也並不包含這位君王的概念所含有的一切；然而神由於看到亞歷山大這個個體概念即個體性，同時就在其中看到能夠真正歸之於他的一切謂語的根據和理由，例如他是否要征服大流士和鮑盧斯，甚至先驗地（不是憑經驗）知道他的死是老病善終或是被毒殺，這些事我們只能從史書知道。」
關於他的形而上學的基礎，在給阿爾諾的一封信裡有一段最明確的申述：
「考察我對一切真命題所持的概念，我發現一切謂語，不管是必然的或偶然的，不論是過去、現在、或未來的，全包含在主語的概念中，於是我更不多求。……這命題非常重要，值得完全確立，因為由此可知每一個靈魂自成一個世界，與神以外的其他一切事物隔絶獨立；它不僅是永生的，還可說是無感覺的，但它在自己的實體中保留下它所遭的所有事情的痕跡。」
他然後說明實體彼此不起作用，但是通過各從自己的立足點反映宇宙而取得一致。所以無從有相互作用，是因為關於各個主語發生的一切事情是它自己的概念的一部分，只要這實體存在便永久決定了。
這個體系顯然和斯賓諾莎的體系同樣帶決定論性質。阿爾諾對（萊布尼茲曾說過的）這句話表示憎惡：「關於各人的個體概念，把凡是對此人會發生的一切事情一舉包括無遺。」
這種見解與基督教的有關罪和自由意志的教義分明不能相容。萊布尼茲發覺它遭到阿爾諾的白眼對待，於是小心避免讓它公開。
確實，對於人類來講，由邏輯認識到的真理和由經驗認識到的真理是有區別的。這種區別出在兩方面。第一，儘管亞當遭遇的一切事情可以由他的概念推出來，但是‧假‧如‧亞‧當‧存‧在，我們憑經驗才能夠發現他存在。第二，任何個體實體的概念都無限地複雜，為演繹他的謂語而必需作的分析，唯有神辦得到。然而這兩點區別只不過由於我們人的無知和智力上的限制；對神來講是不存在的。神就「亞當」這個概念的全部無限複雜性把握住這概念。因此神能明瞭關於亞當的所有真命題，明瞭它們是分析命題。神還能夠先驗地確知亞當是否存在。因為神知道他自己的善性，由此可知他要創造最好的可能的世界；而神又知道亞當構成或不構成這個世界的一部分。所以，並不因為我們人類無知，就可以真正逃脫決定論。
不過，此外還有一點，奇妙得很。萊布尼茲在大多場合下把創世這件事描敘成神需要行使意志的自由行為。按照這一說，要決定現實存在什麼，憑觀察是決定不成的，必須通過神的善性進行。神的善性促使他創造最好的可能的世界，除開神的善性之外，為什麼某個事物存在而另一個事物不存在，並沒有先驗的理由。
但是在未披露給任何人的文稿中，關於為什麼有些事物存在，而另一些同樣可能的事物不存在，往往又有一種完全不同的理論。據這個見解，一切不存在的東西都為存在而奮鬥，但並非所有可能的東西能夠存在，因為它們不都是「共可能的」（compossible）。或許，A存在是可能的，B存在也是可能的，但是A和B雙方存在就不可能；在這種着況，A 和B不是「共可能的」。兩個或多個事物在它們全都可能存在的情況下才是「共可能的」。看樣子萊布尼茲好像懸想了有着許多皆力求存在的本質棲居的「地獄邊土」裡的一種鬥爭；
