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因此，儘管日本從中國輸入了各種文化，但這些新的文明只不過為此後幾百年間世襲領主與家臣之間的衝突，即爭奪統治權開闢了道路。八世紀末葉，貴族藤原氏掌握了大權，把天皇趕到後台。後來，封建領主們反對藤原氏的統治，整個日本陷入內戰。群雄之中，著名的源賴朝征服了所有的對手，在「將軍」這個古老的軍事頭銜下成了全國的實際統治者。「將軍」的全稱是「征夷大將軍」， 像日本的通例一樣，只要源賴朝的子孫能夠控制其他封建領主，這個稱號就由源氏家族世襲。天皇已徒具虛名，他的重要性僅在於將軍必須接受他的象徵性的封賜。他沒有絲毫行政權力。實際權力掌握在幕府手中，它以武力來對付不肯服從的各地領國，以保持自己的統治。每個封建領主，即「大名」，都有自己的武裝家臣，即「武士」。這些武士完全聽從大名，在動亂的年代中，他們時刻準備著向敵對的大名或最高統治者將軍的「地位」挑戰。
公元十六世紀時，內亂成了流行病。經過幾十年的動亂之後，偉大的武將德川家康擊敗所有敵手，於
1603年成了德川家族的第一代將軍。德川家族世襲將軍職位約二百六十年，直到
1868年，天皇與將軍的「雙重統治」被廢除，近代時期開始，德川政權才宣告結束。漫長的德川時代在許多方面都是日本歷史上最值得重視的時期之一。它在日本國內維持了一種武裝和平，直到最後崩潰，有效地實施了為德川氏政治目的服務的中央集權制。
德川家康曾面臨一個非常棘手的難題，也未找出一個容易解決的辦法。一些強藩的藩主曾在內戰中反對他，直到最後慘敗才歸順。這就是所謂「外樣」（即旁系大名）。他允許這些大名繼續控制自己的領地和家臣。在日本的封建領主中，這些大名在其領地上也確實繼續享有最高的自治權。但是，他卻不讓他們享有德川家臣的榮譽，不准他們在幕府擔任任何重要職務。重要職務全保留在「譜代」（嫡系大名），即內戰中擁護德川者的手中。為了維持這一困難的政局，德川家康的策略是防止藩主（即大名）積蓄力量，防止任何可能威脅將軍統治的聯合。德川氏不僅沒有廢除封建體制，而且，為了維持日本的和平和德川氏的統治，還極力加強這一體制，使之更加鞏固。
