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獨刑部尚書嚴清，與馮保毫無往來，且素不黨附居正，因得神宗器重，名曰嚴清，果足副實。乃調任為吏部尚書，代了梁夢龍遺缺。清搜討故實，辯論官材，自丞佐以下，都量能授職，無一幸進，把從前夤緣干托的情弊，盡行掃除。可惜天不假年，在任僅閲半載，得病假歸，未幾即歿。
還有薊鎮總兵戚繼光，從前由居正委任，每事輒與商榷，動無掣肘，所向有功。及是居正已歿，給事中張鼎思，上言繼光不宜北方，不管人材可否，專務揣摩迎合，這等人亦屬可殺。閣臣擬旨，即命他調至廣東，繼光不免怏怏，赴粵踰年，即謝病回裡，越三年乃歿。繼光與兵部尚書譚綸，都督府僉事俞大猷，統為當時名將。
譚綸卒於萬曆五年，俞大猷卒於萬曆八年，一謚襄敏，一謚武襄。繼光至十一年乞歸，十四年病終原籍，萬曆末追諡武毅，著有《練兵實紀》，《紀效新書》，所談兵法，均關窾要，至今猶膾炙人口，奉為秘傳，這也不消絮敘。已足與史傳揚名不朽，且隨筆敘結譚、俞兩人，尤為一帶兩便。
且說馮保得罪，以後新進諸臣，又交攻居正，陸續不絶。有旨奪上柱國太師官銜，並將賜謚一併鎸去。大學士張四維，見中外積怨居正，意欲改弦易轍，收服人心，何不述馮保語，質之曰：「你的官職，從何處得來？」因上疏言事，請蕩滌煩苛，宏敷惠澤，一面請召還吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝、余懋學等，奏複原官。神宗頗加採納，朝政為之稍變。
已而四維以父喪歸葬，服將闋而卒。朝旨贈官太師，賜謚文毅。結果比居正為勝，足為四維之幸。嗣是申時行進為首輔，申時行見前回。
引薦禮部尚書許國，兼任東閣大學士。許本是時行好友，同心辦事，閣臣始沆瀣相投，不復生嫌，無如言路一開，台官競奮，彼此爭礪鋒鋭，搏擊當路，於是閣臣一幟，台官一幟，分豎明廷。嗣復為了張居正一案，閙得不可開交，遂致朝臣水火，又惹出一種爭執的弊端。明臣好爭，統是意氣用事。
先是居正當國，曾搆陷遼王憲，廢為庶人。憲系太祖十五子植七世孫，植初封衛王，尋改封遼，建文時又徙封荊州，七傳至憲，嘗希旨奉道，得世宗歡心，加封真人，敕賜金印。穆宗改元，御史陳省劾他不法，奪去真人名號及所賜金印。居正家居荊州，故隷遼王尺籍，至憲驕酗貪虐，多所凌轢，以此為居正所憾。
且因憲府第壯麗，暗思攘奪，可巧巡按御史郜光，奏劾憲淫虐僭擬諸罪狀，居正遂奏遣刑部侍郎洪朝選，親往勘驗，且囑令坐以謀逆，好教他一命嗚呼。待至朝選歸京，只說他淫酗是實，謀反無據。朝旨雖廢黜憲，禁錮高牆，居正意尚未慊，密囑湖廣巡撫勞堪，上言朝選得賄，代為憲掩飾。朝選遂因此獲罪，覊死獄中。
那時遼王府第，當然為居正所奪，遂了心願。至居正死後，遼府次妃王氏，運動言官，代為訟冤。當有御史羊可立，追論居正構害遼王事，正在頒下部議，王妃覆上書訴訟，大略言：「居正貪鄙，謀奪遼王府第，因此設計誣陷。既將遼府據去，復將所有金寶，悉數沒入他家。」神宗覽奏，即欲傳旨籍沒，但尚恐太后意旨未以為然，一時不便驟行。可巧潞王翊釴，將屆婚期，需用珠寶，無從采備。恐由神宗故意為此。太后召神宗入內，向他問道：「名為天府，難道這些些珠寶，竟湊辦不齊麼？」神宗道：「近年以來，廷臣沒有廉恥，都把這外方貢品，私獻馮、張二家，所以天府藏珍，很是寥寥了。」太后道：「馮保家已經抄沒，想可盡輸入庫。」神宗道：「馮保狡猾，預將珍寶偷運去了，名雖查抄，所得有限。」太后慨然道：「馮保是個閹奴，原不足責，但張居正身為首輔，親受先皇遺命，乃亦這般藏私，真是人心難料呢！」太后雖明，亦為所愚。神宗複述及遼府訟冤，歸罪居正等情，太后默然。
嗣是張先生張太師的稱號，宮中一律諱言，神宗知太后意轉，亟命司禮監張誠等，南下荊州，籍居正家。張誠先遣急足，潛投江陵守令，命他速往查封，休使逃匿。守令得了此信，自然格外巴結，即召集全班人役，圍住張氏府第，自己親入府內，把他閤家人口，悉數點查，驅入一室，令衙役在室外守着。頓時反賓為主，一切服食，統須由衙役作主，可憐張氏婦女，多半畏憤，寧自絶粒，竟餓死了十數人。
及張誠一到，尤覺凶橫，飭役搜查，倒篋傾箱，並沒有甚麼巨寶，就是金銀財帛，也是很少，較諸當日嚴相府中，竟不及二十分之一。張誠怒道：「十年宰相，所蓄私囊，寧止此數？此必暗中隱匿，或寄存親族家內，別人或被他瞞過，我豈由他誑騙麼？」遂召居正長子禮部主事敬修，迫令和盤獻出。敬修答言，只有此數。張誠不信，竟飭虎狼衛役，把敬修褫去衣冠，拷掠數次；並將張氏親族，一一傳訊，硬說他有寄藏，不容剖白。
敬修熬不住痛苦，尋了短見，投繯畢命。親族等無從呼籲，沒奈何各傾家產，湊出黃金一萬兩，白銀十萬兩，不是查抄，竟是搶劫。張誠方纔罷手。大學士申時行得悉此狀，因與六卿大臣，聯名上疏，奏請從寬。
刑部尚書潘季馴，又特奏居正母年過八旬，朝不保暮，請皇上錫類推恩，全他母命云云。乃許留空宅一所，田十頃，贍養居正母。惟盡削居正官階，奪還璽書詔命，並謫戍居正子弟，揭示罪狀。有詔云：
