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鄭俠見國事日非，輔臣益壞，更加激動忠憤，取唐朝宰相數人，分為兩編，匯呈進去。如魏徵、姚崇、宋璟，稱為正人君子；李林甫、盧杞等，稱為邪曲小人；又以馮京比君子，呂惠卿比小人。那呂惠卿得了消息，如何不氣，遂參劾鄭俠，訕謗朝廷，以大不敬論。御史張璪，也迎合呂惠卿，刻奏馮京與鄭俠交通有跡。
鄭俠因此獲罪，罷謫英州；馮京亦罷參政，出知毫州。安石弟安國，任秘閣校理，素與安石意見不合，亦斥呂惠卿為佞人，也坐與鄭俠交結，放歸田裡。
呂惠卿本是個狡猾小人，與韓絳在中書處，互相嫉妒，時常因事爭執，又因自己已為輔臣，地位穩固，惟恐安石再來，處處想謀害安石，凡可以杜絶他來路的法兒，莫不做到。卻巧蜀人李士寧，自言能知人休咎，且與安石有舊交，竟要藉此興獄。幸賴韓絳暗裡維護安石，從中阻撓，將士寧杖流永州，連坐頗眾。韓絳恐呂惠卿先發制人，連忙密請神宗，再用安石。
神宗亦復記念安石，即召他入朝。安石奉詔倍道前進，七日入京，晉見神宗。神宗見面，便問一年來卿有何著？安石忙將註釋的《詩經》、《書經》、《周禮》，呈上奏道：「臣奉命設經義局，督同呂惠卿及臣子王雱，加緊撰述，現在先成了三部，請陛下禦覽。」神宗略看了一看，下詔頒佈天下學宮，名為「三經新義」，以後士子應試，都要以此為主，不許再有雜說；又獎敘著述之功，加安石左仆射，呂惠卿給事中，王雱龍圖閣直學士。
王雱因是現任首相之子，不得不假意推辭，奏章上去，呂惠卿在旁勸神宗批准。
原來王雱為人，陰險刻薄，比安石更甚，卻很有才氣，十幾歲上，已是著書立說，動筆萬言。因見父親所用的都是少年新進，屢次想出來做官。安石因為是自己的兒子，不便推薦，想把名氣弄大，由神宗召用。王雱急於出仕，如何耐得，求着父親，說是經筵一職，與政治無關，可以做得。
安石便薦為崇政殿說書，後來又兼了經義局修撰，好容易修成了書，滿擬可以青雲直上，豈知又為惠卿所阻。安石父子，直氣得一佛出世，二佛涅槃，把個呂惠卿恨如切骨，沒有一刻不圖報復。恰巧御史蔡承禧，參劾惠卿，欺君玩法，立黨行奸。惠卿居家等候消息。
王雱趁此機會，暗唆中丞鄧綰，再上一本，把惠卿擠倒。
那鄧綰因為安石罷職的時候，曾經附和惠卿，深恐安石懷恨，正要找件事情見好於他。遂即想出一個貪臓枉法的大題目上了一本，說惠卿之弟，強借秀州華亭富民錢五百萬緡，與知華亭縣張若濟，買田均分。這本一上，立刻拿交刑部審訊，一時卻找不出什麼真實證據，先將惠卿出知陳州。三司使章惇，也由鄧綰劾他與惠卿同惡相濟，出知潮州。
那華亭縣張若濟與惠卿之弟押在監獄。過了一年，王雱深恐日久生變，瞞着安石，與門客呂嘉問、練亨甫商了一計，將這案件，夾雜在安石劃過行的別樣公事內，送到刑獄裡去。安石還困在鼓裡，衙門中的書吏，有和惠卿聯絡的，忙寫信知照惠卿。惠卿捏着這個錯處，如何還肯放過？上書直達朝廷，說安石一件事如此，其餘可知，請治以矯命罔上之罪。
次日早朝，神宗將這道奏疏遞與觀看，安石力陳冤枉，退朝回家，心內總有些疑惑。便叫王雱前來細問，王雱不能隱瞞，才將實情吐出。安石不免埋怨他一番，並說我一世的名譽，為你喪盡了。王雱盛年負氣，性子甚是躁急，受了安石的埋怨，這一氣如何禁受得住！因此終日爵悶，不久生了背疽，醫治不癒而死。
從此，神宗也覺得安石行為不甚正當，恩眷漸衰。還有個不識起倒的鄧綰，深恐安石去了自己沒有靠山，上言安石功高，朝廷應該錄用他的兒子女婿，並賜
第京師。神宗就將這奏章，交于安石觀看。安石一時下不來台，只得奏道：「鄧綰身為風憲大臣，反替宰相乞求恩典，未免有傷國體，請陛下重治其罪，以肅官箴。」神宗遂將鄧綰貶知虢州。安石經此一事，心內愈覺不安，又因悲痛兒子，舉動改常，連疏求去。神宗亦即準奏，以使相判江寧府，尋改集禧觀使。安石到了江寧，往往寫「福建子」三字。
「福建子」乃是指呂惠卿的，有時且直言惠卿誤我。惠卿再訐告安石，並附呈安石私書，有「無令上知」、「無令齊年知」等語。神宗察知「齊年」二字，乃指馮京而言。京與安石同年，故稱齊年。
神宗遂以馮京為賢，召知樞密院事。又因安石女夫吳充，素來中立，不附安石，擢同平章事，王圭亦由參政同升。吳充請召司馬光、呂公著、韓維，又薦孫覺、李常、程顯，神宗依奏召用，獨知湖州蘇軾，為中丞李定、御史舒亶所劾，有詔逮蘇軾入都，下付台獄。那蘇軾因何得罪呢？原來他自杭徙徐，由徐徙湖，平居無事，常常藉著吟詩，諷刺朝政。
嘗《詠青苗》道：
贏得兒童語音好，一年強半在城中。《詠課吏》道：
讀書萬卷不讀律，致君堯舜終無術。《詠水利》道：
東海若知明主意，應教斥鹵變桑田。《詠鹽禁》道：
豈是聞韶解忘味，邇來三月食無鹽。
