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眾所周知，許多古生物學者們是根據何等微小的差異來區別他們的物種的。如果這些標本得自同一個地質層的不同層次，他們就會更不猶豫地把它們排列為不同的物種。某些有經驗的貝類學者，現在已把多比內（D'Orbigny）和其他學者所定的許多極完全的物種降為變種了；並且根據這種觀點，我們確能看到按照這一學說所應當看到的那類變化的證據。再看一看第三紀末期的沉積物、大多數博物學者都相信那裡所含有的許多貝殼和現今生存的物種是相同的；但是某些卓越的博物學者，如阿加西斯和匹克推特（Pictet），卻主張所有這等第三紀的物種和現今生存的物種都是明確不同的，雖然它們的差別甚微；所以，除非我們相信這些著名的博物學者被他們的空想所誤，而承認第三紀後期的物種確與它們的現今生存的代表並沒有任何不同，或者除非我們與大多數博物學者的判斷相反，承認這等第三紀的物種確與近代的物種完全不同，我們就能在這裡獲得所需要的那類微細變異屢屢發生的證據。
如果我們觀察一下稍微廣闊一些的間隔時期，就是說觀察一下同一個巨大地質層中的不同而連續的層次，我們就會看到其中埋藏的化石，雖然普通被列為不同的物種，但彼此之間的關係比起相隔更遠的地質層中的物種，要密切得多；所以，關於朝着這個學說所需要的方向的那種變化，我們在這裡又得了無疑的證據；但是關於這個問題，我將留待下章再加討論。
關於繁殖快而移動不大的動物和植物，像前面已經看到的那樣，我們有理由來推測，它們的變種最初一般是地方性的；這等地方性的變種，非到它們相當程度地被改變了和完成了，不會廣為分佈和排除它們的親類型的。按照這種觀點，在任何地方的一個地質層中要想發見任何兩個類型之間的一切早期過渡階段的機會是很小的，因為連續的變化被假定是地方性的，即侷限于某一地點的。大多數海產動物的分佈範圍都是廣大的；並且我們看到，在植物裡，分佈範圍最廣的，最常呈現變種；所以，關於貝類以及其他海產動物，那些具有最廣大分佈範圍的，遠遠超過已知的歐洲地質層界限以外的，最常先產生地方變種，終於產生新物種；因此，我們在任何一個地質層中查出過渡諸階段的機會又大大地被減少了。
近來福爾克納博士（Dr.Falconer）所主張的一種更重要的議論，引致了同樣的結果，即各個物種進行變化的時期，雖然用年代計算是長久的，但比起它們沒有進行任何變化的時期，大概還是短的。
不應忘記，在今日能用中間變種把兩個類型連接起來的完全標本是很稀少的，這樣，除非從許多地方採集到許多標本以後，很少能證明它們是同一個物種。而在化石物種方面很少能夠做到這樣。我們只要問問，例如，地質學者在某一未來時代能否證明我們的牛、綿羊、馬和狗的各品種是從一個或幾個原始祖先傳下來的，又如，棲息在北美洲海岸的某些海貝實際上是變種呢，還是所謂的不同物種呢？——它們被某些貝類學者列為物種，不同於它們的歐洲代表種，而被其他一些貝類學者僅僅列為變種，這樣問了之後，我們恐怕就能最好地瞭解用無數的、微細的、中間的化石連鎖來連接物種是不可能的。未來的地質學者只有發見了化石狀態的無數中間級進之後，才能證明這一點，而這種成功是極其不可能的。
相信物種的不變性的作者們反覆地主張地質學沒有提供任何連鎖的類型。我們在下章將會看到這種主張肯定是錯誤的。正如盧伯克爵士說過的，「各個物種都是其他近似類型之間的連鎖」。如果我們以一個具有二十個現存的和絶滅的物種的屬為例，假定五分之四被毀滅了，那麼沒有人會懷疑殘餘的物種彼此之間將會顯得格外不同。
如果這個屬的兩極端類型偶然這樣被毀滅了，那麼這個屬將和其他的近似屬更不相同。地質學研究所沒有揭發的是，以前曾經有無限數目的中間級進存在過，它們就像現存變種那樣地微細，並且把几乎所有現存的和絶滅的物種連結在一起。但不應期望可以做到這樣；然而這卻被反覆地提出，作為反對我的觀點的一個最重大的異議。
用一個想像的例證把上述地質記錄不完全的諸原因總結一下，還是值得的。馬來群島的面積大約相當於從北角（NorthCape）到地中海以及從英國到俄羅斯的歐洲面積；所以，除去美國的地質層之外，它的面積與和一切多少精確調查過的地質層的全部面積不相上下。我完全同意戈德溫-奧斯汀先生（Mr.Godwin-Austen）的意見，他認為馬來群島的現狀（它的無數大島嶼已被廣闊的淺海所隔開），大概可以代表以前歐洲的大多數地質層正在進行堆積的當時狀況。馬來群島在生物方面是最豐富的區域之一;然而，如果把一切曾經生活在那裡的物種都蒐集起來，就會看出它們在代表世界自然史上將是何等地不完全！
但是我們有各種理由可以相信，馬來群島的陸棲生物在我們假定堆積在那裡的地質層中，一定被保存得極不完全。嚴格的海岸動物，或生活在海底裸露岩石上的動物，被埋藏在那裡的，不會很多；而且那些被埋藏在礫石和沙中的生物也不會保存到久遠的時代。在海底沒有沉積物堆積的地方，或者在堆積的速率不足以保護生物體腐敗的地方，生物的遺骸便不能被保存下來。
