但是，這位亞歷山大里亞的主教，雖能發出天神般的雷霆，卻同時暴露出凡人的過失和意氣；他的
12個最可厭的人至今仍然折磨着一些正統基督教的奴隷，他們崇拜一個聖徒的英靈，而並沒有失去對卡爾西頓宗教會議的忠誠。這些大膽的論斷不免不可磨滅地染上了阿波利拉里斯的異端邪說的污點；但聶斯脫利的嚴肅的、也許還是真誠的表白，卻使現代的一些更明智、不那麼偏心的神學家深感滿意。
然而，不論是皇帝或東部的大主教都不會樂意服從一個意大利教士的命令；一致要求召開一次正統基督教會議，或無寧說希臘教會的宗教會議，並認為這是平息或決定宗教爭端的唯一辦法。
水陸交通四通八達的以弗所被選為開會會址，並以聖靈降臨節作為開會的日期；一份開會通知送到了每一個大都城，一隊衛兵被派來保衛並迫使這些神父非得在解決這有關上天的神秘和人世的信念問題之後不得離開。聶斯脫利並非作為一名罪犯，倒像是作為一名法官出面的；他依靠的不是追隨他的高級教士的人數，而是他們的聲望和影響，他的來自賽克西普斯浴場的強健的奴隷全副武裝，具有一切攻守能力。
但他的對手西里爾在肉體和精神的武器裝備方面卻都更為強大。他被
50位埃及主教簇擁着，對皇帝的詔書的文字，或至少在精神方面，完全不予理睬，而那些主教們則都靜等着他們的教長點點頭，表明他已獲得聖靈的啟示。他早已和以弗所大主教門農結下親密的同盟。專橫的大主教處置了三四十個隨時準備支持主教派的投票人：一大批農民、教堂裡的奴隷，被調進城中以便用拳頭和呼聲支持一個形而上學的論爭；人民群眾則熱情地肯定其身軀已躺臥在以弗所城牆之內的聖母的光輝。從亞歷山大里亞運走西里爾的船隊滿載着埃及的財富；他還隨船帶來一大批盲目追隨聖馬可和上帝的母親的旗幟的水手、奴隷和狂熱分子。
教會的神父，甚至一些衛兵，都對這種軍事部署感到驚愕；西里爾和瑪麗的反對派在街頭遭到侮辱，或在他們的住房中受到威脅；他的花言巧語和大量施捨使得追隨他的人數與日俱增；這個埃及人很快發現在他的指揮下，已足有
200名主教聽從他的呼喚，任他驅使。但是，將
12人驅逐出教的主謀者看到反對他的安條克的約翰，帶領着數量雖不多卻頗有威望的一些大主教和聖職人員正緩緩從遙遠的東方首都趕來，不免有些擔心。
對被他斥為敵意和犯罪的拖延十分不耐煩，西里爾宣佈在聖靈降臨節後的第
16天就開始開會。以有東部朋友在場為自己希望的寄託的聶斯脫利則和他的前任克利孛斯托姆一樣，拒不承認他的敵人的權威，也不聽從他們所發出的召喚：他們匆忙安排對他的審判，那控告他的人就坐在審判席上。
68位主教，其中
22位具有大主教的地位，通過謙虛、溫和的抗辯為他進行了辯護：他們被同教的弟兄們趕出了會場。
坎狄狄安以皇帝的名義，要術推遲
4天；這位世俗的行政官員被憤怒地並帶有侮辱性的從聖徒們的會議中轟了出去。
整個這一重大的事件全都集中在夏季中的一天辦完了：主教們各人發表了各自的意見；但它們的統一的風格透露出其背後的主謀的影響或在暗中操縱，這主謀至今仍一直被指責為使公開作證的證人的行為和親筆簽名不可信的罪魁禍首。沒有任何異議，他們在西里爾的信中一致承認了尼斯信條和那些神父的學說：但從聶斯脫利的書信中和演說辭中摘出的部分段落中卻夾雜着許多詛咒和怨恨之詞；而且這個異端分子被剝奪掉了主教和聖職人員的榮譽。被惡意簽送給新猶大的判決書，被在以弗所街頭張貼和宣讀：那些從上帝的母親的教堂裡走出的疲憊的高級教士被看作是她的保衛者受到人們的歡呼；她的勝利得到徹夜燈火通明、歌聲不斷和人群的激動的紀念。
到第
5天這個慶賀由於東部主教的來臨和憤怒表現而大為減色。在一間旅店的房間裡，約翰來不及撣去鞋上的塵土，便接見了皇帝的使臣，他向他敘述了他企圖阻止或取消那埃及人匆促中胡亂作下安排的無效努力。
於是同樣匆忙和無理地由
50名主教參加的東部宗教會議撤消了西里爾和門農的主教頭銜；在那
12條罪名中，譴責阿波利納裡斯的異端是百分之百的毒汁；並把亞歷山大里亞的大主教說成是個惡魔，生來、育來便是為了徹底將教堂毀滅。他的寶座是遠不可及的；但他們馬上決定賜福以弗所的羊群，為他們安排一位牧人。
由於門農的警惕，教堂的門對他們關閉起來，一支強大的守兵駐進了大教堂。在坎狄狄安指揮下的軍隊當即發動進攻；外圍的守兵很快被擊敗、被殺死，但那核心地點卻牢不可破；圍攻的部隊撤退了；但他們的撤走卻受到猛烈的追擊；他們失去了馬匹，許多士兵受到嚴重的棒傷或被石頭砸傷。聖母之城以弗所陷入瘋狂和騷亂、反叛和一片血泊之中；敵對的宗教會議從各自的精神機構向對方發出詛咒和開除教籍的命令；提奧多西烏斯的朝廷在敘利亞和埃及兩派的互相敵對和矛盾的咒罵聲中已弄不清孰是孰非了。
在那繁忙的
3個月的時間中，皇帝，除了最有效的置之不理、加以蔑視的辦法之外，使盡一切招數企圖調解這一神學的爭端。他試圖使用普通的宣判無罪或有罪的辦法去掉或嚇唬住一些領導人；他賜給他派駐以弗所的代表以重大的權力和大批軍隊；他從兩派中各挑選了
8名代表，讓他們一起來到首都附近的遠離開為群眾狂熱情緒所感染的某個地方，自由地、開誠佈公地進行討論。但是，東方派拒不屈服，而正統基督教派鑒於自己人數眾多，而且有拉丁同盟者，因而拒絶接受一切聯合或和解的條款。溫和的提奧多西烏斯終於忍無可忍，他憤怒地驅散了這次主教們的騷亂，直到事隔
13個世紀之後，第三次全世界宗教會議中又有所表現。「上帝為我作證，」那位虔誠的君王說，“這一片混亂的局面可不是我引起的。
上天明鑒，一定能看清誰是罪犯，並對他加以懲罰。你們都回到各自的省城去吧，願你們各自的私德將能補救你們這次集會所造成的禍害和醜聞。”他們回到了各自的省城；但同樣那種擾亂了以弗所會議的情緒現在卻瀰漫了整個東部世界。在經過三次頑固的、勢均力敵的戰役之後，安條克的約翰和亞歷山大里亞的西里爾終於握手言和，互相擁抱了：但他們這種僅限于外貌的重新結合只能歸之於都願謹慎從事，而並非出於理性的認識；歸之於彼此都感到疲憊不堪了，而並非主教們的基督仁慈精神的勝利。
拜占廷大主教早已在皇帝的禦耳邊散佈下詆毀他的埃及對手的人格和行為的帶有偏見的言詞。隨同開會通知的一封充滿威脅和咒詛的書信，指責他是一個不安分、十分傲慢和心懷忌妒的教士，他攪亂了人們簡樸的信仰，破壞了教會和國家的安寧，並通過詭計多端地分別給提奧多西的妻子和妹妹寫信，以肯定皇室內部的分裂，或散播不和的種子。
