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三年春正月辛酉，封宗室藴為淮陵王。二月甲辰，河間王國鎮薨。林邑范胡達陷日南、九真，遂寇交址，太守杜瑗討破之。段業自稱涼王。仇池公楊盛遣使稱籓，獻方物。三月己卯，追尊所生陳夫人為德皇太后。夏四月乙未，加尚書令王珣衛將軍，以會稽王世子元顯為揚州刺史。六月戊子，以琅邪王德文為司徒。慕容德陷青州，害龍驤將軍闢閭渾，遂僭即皇帝位於廣固。秋八月，禿髮烏孤死，其弟利鹿孤嗣偽位。冬十月，姚興陷洛陽，執河南太守辛恭靖。十一月甲寅，妖賊孫恩陷會稽，內史王凝之死之，吳國內史桓謙、臨海太守新蔡王崇、義興太守魏隱並委官而遁，吳興太守謝邈、永嘉太守司馬逸皆遇害。遣衛將軍謝琰、輔國將軍劉牢之逆擊，走之。十二月，桓玄襲江陵，荊州刺史殷仲堪、南蠻校尉楊佺期並遇害。呂光立其太子紹為天王，自號太上皇。是日，光死，呂纂弒紹而自立。是歲，荊州大水，平地三丈。
四年春正月乙亥，大赦。二月己丑，有星孛于奎婁，進至紫微。三月，彗星見于太微。夏四月，地震。孫恩寇浹口。五月丙寅，散騎常侍、衛將軍、東亭侯王珣卒。己卯，會稽內史謝琰為孫恩所敗，死之。恩轉寇臨海。六月庚辰朔，日有蝕之。旱。輔國司馬劉裕破恩于南山。恩將盧循陷廣陵，死者三千餘人。以琅邪王師何澄為尚書左仆射。秋七月壬子，太皇太后李氏崩。丁卯，大赦。是月，姚興伐乞伏乾歸，降之。八月丁亥，尚書右仆射王雅卒。壬寅，葬文太后于修平陵。九月癸丑，地震。“冬十一月，寧朔將軍高雅之及孫恩戰于餘姚，王師敗績。以揚州刺史元顯為後將軍、開府儀同三司、都督揚豫徐兗青幽冀並荊江司雍梁益交廣十六州諸軍事，前將軍劉牢之為鎮北將軍，封元顯子彥璋為東海王。十二月戊寅，有星孛于天市。是歲，河右諸郡奉涼武昭王李玄盛為秦涼二州牧、涼公，年號庚子。
五年春二月丙子，孫恩復寇浹口。呂超殺呂纂，以其兄隆僭即偽位。三月甲寅，眾星西流，歷太微。夏五月，孫恩寇吳國，內史袁山松死之。沮渠蒙遜殺段業，自號大都督、北涼州牧。六月甲戌，孫恩至丹徒。乙亥，內外戒嚴，百官入居于省。冠軍將軍高素、右衛將軍張崇之守石頭，輔國將軍劉襲柵斷淮口，丹陽尹司馬恢之戍南岸，冠軍將軍桓謙、輔國將軍司馬允之、游擊將軍毛邃備白石，左衛將軍王嘏、領軍將軍孔安國屯中皇堂。征豫州刺史、譙王尚之衛京師。寧朔將軍高雅之擊孫恩于廣陵之鬱洲，為賊所執。秋七月，段璣殺慕容盛，盛叔父熙盡誅段氏，因僭稱尊號。九月，呂隆降于姚興。冬十月，姚興帥侵魏，大敗而旋。是歲，饑，禁酒。
元興元年春正月庚午朔，大赦，改元。以後將軍元顯為驃騎大將軍、征討大都督，鎮北將軍劉牢之為元顯前鋒，前將軍、譙王尚之為後部，以討桓玄。二月丙午，帝戎服餞元顯于西池。丁巳，遣兼侍中、齊王柔之以騶虞幡宣告荊、江二州。丁卯，桓玄敗王師于姑孰，譙王尚之、齊王柔之並死之。以右將軍吳隱之為都督交廣二州諸軍事、廣州刺史。三月己巳，劉牢之叛降于桓玄。辛未，王師敗績于新亭，驃騎大將軍、會稽王世子元顯，東海王彥璋，冠軍將軍毛泰，游擊將軍毛邃並遇害。壬申，桓玄自為侍中、丞相、錄尚書事，以桓謙為尚書仆射，遷太傅、會稽王道子于安城。玄俄又自稱太尉、揚州牧，總百揆，以琅邪王德文為太宰。臨海太守辛景擊孫恩，斬之。是月，禿髮利鹿孤死，弟辱檀嗣偽位。秋七月乙亥，新蔡王崇為其奴所害。八月庚子，尚書下舍災。冬十月，冀州刺史劉軌叛奔于慕容德。十二月庚申，會稽王道子為桓玄所害。曲赦廣陵、彭城大逆以下。
二年春二月辛丑，建威將軍劉裕破徐道覆于東陽。乙卯，桓玄自稱大將軍。丁巳，冀州刺史孫無終為桓玄所害。夏四月癸巳朔，日有蝕之。秋八月，玄又自號相國、楚王。九月，南陽太守庾仄起義兵，為玄所敗。冬十一月壬午，玄遷帝于永安宮。癸未，移太廟神主于琅邪國。十二月壬辰，玄篡位，以帝為平固王。辛亥，帝蒙塵于尋陽。
