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咸安元年冬十一月己酉，即皇帝位。桓溫出次中堂，令兵屯衛。乙卯，溫奏廢太宰、武陵王晞及子總。詔魏郡太守毛安之帥所領宿衛殿內，改元為咸安。庚戌，使兼太尉周頤告于太廟。辛亥，桓溫遣弟秘逼新蔡王晃詣西堂，自列與太宰、武陵王晞等謀反。帝對之流涕，溫皆收付廷尉。癸丑，殺東海二子及其母。初，帝以沖虛簡貴，歷宰三世，溫素所敬憚。及初即位，溫乃撰辭欲自陳述，帝引見，對之悲泣，溫懼不能言。至是，有司承其旨，奏誅武陵王晞，帝不許。溫固執至于再三，帝手詔報曰：「若晉祚靈長，公便宜奉行前詔。如其大運去矣，請避賢路。」溫覽之，流汗變色，不復敢言。乙卯，廢晞及其三子，徙于新安。丙辰，放新葵王晁于衡陽。戊午，詔曰：「王室多故，穆哀早世，皇胤夙遷，神器無主。東海王以母弟近屬，入纂大統，嗣位經年，昏暗亂常，人倫虧喪，大禍將及，則我祖宗之靈靡知所托。皇太后深懼皇基，時定大計。大司馬因順天人，協同神略，親帥群後，恭承明命。雲霧既除，皇極載清，乃顧朕躬，仰承弘緒。雖伊尹之寧殷朝，博陸之安漢室，無以尚也。朕以寡德，猥居元首，實懼眇然，不克負荷，戰戰兢兢，罔知攸濟。思與兆庶更始，其大赦天下，大酺五日，增文武位二等，孝順忠貞鰥寡孤獨米人五斛。」己未，賜溫軍三萬人，人布一匹，米一斛。庚申，加大司馬桓溫為丞相，不受。辛酉，溫旋自白石，因鎮姑孰。以冠軍將軍毛武生都督荊州之沔中、揚州之義城諸軍事。十二月戊子，詔以京都有經年之儲，權停一年之運。庚寅，廢東海王奕為海西公，食邑四千戶。辛卯，初薦酃淥酒于太廟。
二年春正月辛丑，百濟、林邑王各遣使貢方物。二月，苻堅伐慕容桓于遼東，滅之。三月丁酉，詔曰：「朕居阿衡三世，不能濟彼時雍，乃至海西失德，殆傾皇祚。賴祖宗靈祗之德，皇太后淑體應期，籓輔忠賢，百官戮力，用能蕩氣務于昊蒼，耀晨輝于宇宙。遂以眇身，托于王公之上，思賴群賢，以弼其闕。夫敦本息末，抑絶華競，使清濁異流，能否殊貫，官無秕政，士無謗讟，不有懲勸，則德禮焉施？且強寇未殄，勞役未息，自非軍國戎祀之耍，其華飾煩費之用皆省之。夫肥遁窮谷之賢，滑泥揚波之士，雖抗志玄霄，潛默幽岫，貪屈高尚之道，以隆協贊之美，孰與自足山水，棲遲丘壑，徇匹夫之潔，而忘兼濟之大邪？古人不借賢于曩代，朕所以虛想于今日。內外百官，各勤所司，使善無不達，惡無不聞，令詩人元素餐之刺，而吾獲虛心之求焉。」癸丑，詔曰：「吾承祖宗洪基，而昧於政道，懼不能允厘天工，克隆先業，夕惕惟憂，若涉泉冰。賴宰輔忠德，道濟伊望，群後竭誠，協契斷金，內外盡匡翼之規，文武致匪躬之節，冀因斯道，終克弘濟。每念干戈未戢，公私疲悴，籓鎮有疆理之務，征戍懷東山之勤，或白首戎陣，忠勞未敘，或行役彌久，擔石靡儲，何嘗不昧旦晨興，夜分忘寢。雖未能撫而巡之，且欲達其此心。可遣大使詣大司馬，並問方伯，逮于邊戍，宣詔大饗，求其所安。又籌量賜給，悉令周普。」乙卯，詔曰：「往事故之後，百度未充，群僚常俸，並皆寡約，蓋隨時之義也。然退食在朝，而祿不代耕，非經通之制。今資儲漸豐，可籌量增俸。」騶虞見豫章。夏四月，徙海西公于吳縣西柴裡。追貶庾後曰夫人。六月，遣使拜百濟王余句為鎮東將軍，領樂浪太守。戊子，前護軍將軍庚希舉兵反，自海陵入京口，晉陵太守卞眈奔于曲阿。秋七月壬辰，桓溫遣東海內史周少孫討希，擒之，斬于建康市。己未，立會稽王昌明為皇太子，皇子道子為琅邪王，領會稽內史。是日，帝崩于東堂，時年五十三。葬高平陵，廟號太宗。遺詔以桓溫輔政，依諸葛亮、王導故事。
帝少有風儀，善容止，留心典籍，不以居處為意，凝塵滿席，湛如也。嘗與桓溫及武陵王晞同載游版橋，溫遽令鳴鼓吹角，車馳卒奔，欲觀其所為。晞大恐，求下車，而帝安然無懼色，溫由此憚服。溫既仗文武之任，屢建大功，加以廢立，威振內外。帝雖處尊位，拱默守道而已，常懼廢黜。先是，熒惑入太微，尋而海西廢。及帝登阼，熒惑又入太微，帝甚惡焉。時中書郎郗超在直，帝乃引入，謂曰：「命之修短，本所不計，故當無復近日事邪！」超曰：「大司馬臣溫方內固社稷，外恢經略，非常之事，臣以百口保之。」及超請急省其父，帝謂之曰：「致意尊公，家國之事，遂至于此！由吾不能以道匡衛，愧嘆之深，言何能喻。」因詠庾闡詩云「志士痛朝危，忠臣哀主辱」，遂泣下沾襟。帝雖神識恬暢，而無濟世大略，故謝安稱為惠帝之流，清談差勝耳。沙門支道林嘗言「會嶴有遠體而無遠神」。謝靈運跡其行事，亦以為赧獻之輩雲。
