「啊！美麗的大雪山，你已經在我腳下啦！」達爾文高興地遙望着蒼茫的大地。忽然，他又掏出筆記本來，記錄著新的發現。原來，山脈的兩邊，植物的種類並不相同：即使是同一種類，樣子又相差很遠。它們為什麼會有明顯的差別呢？一個新的理論假設，倏忽躍進了達爾文的大腦：物種不是一成不變的，而是隨着客觀條件的不同而相應變異！
達爾文在通往基爾奧塔河谷的歸途中，翻過了契裡考崑山山脈，那裡溪水旁的溝壑上長着許多常綠植物，從山巔之上俯瞰基爾奧塔河谷，它坐落在一群光禿禿的高山之中，景緻美麗如畫，還有橙子樹和橄欖樹果園。達爾文翻過了契裡考崑山，就住在鐘山的山麓之下。
智利的海岸與科迪勒拉山脈間的地帶，被幾條與主脈相平行的小山脈分割開來。在這些山與山之間的一些窄狹平坦的盆地裡，也有一些重要城市，橫向的平坦的河谷原來都是海。這裡的盆地和河谷的外貌當時與火地島的地質相似，也有大量的海峽、河渠、海港和海灣。許多急流流入大海，使智利平原變得特別肥沃：那裡種植着小麥和玉米，果園裡栽培着桃樹、無花果和葡萄。
8月
16日，達爾文僱了一名嚮導和幾匹強壯的馬匹，登上了海拔約
1820米高的鐘山。鐘山南坡上長着一片竹林和一些與眾不同的棕櫚樹，樹身很粗，最粗的地方是樹高的一半。居民們經常取出這些棕櫚的樹汁作為糖漿食用。
晚上，在河旁的最高處宿營，天氣非常晴朗，空氣潔淨，在
13公里地之內，可以看見停泊在瓦爾帕萊索灣的船隻上的一根根桅杆，恰似一條條細線。翌日晨，他們到達山頂，在那裡獃了整整一天，往山巔之西眺望，便可看到智利，智利就像呈現在地圖上那樣清楚，往山巔之東眺望，便可看到安第斯山脈，該山脈有一相當平直的山脊，在雪線的左邊向前延伸，只是有時被一個個孤立的圓錐形的火山中斷。
8月
18日，達爾文下山，穿過靠近基爾奧塔和聖費利佩這兩個小城市的美麗如畫的河谷，繼續往前走。第二天晚上，他到達位於主要山脈側面的哈胡耶爾銅礦場，在那裡獃了五天。
以前智利開採銅礦的方法特別原始。在達爾文訪問之前，外國人曾作了兩項根本改進：一是從煉過礦的熔礦爐裡，把礦渣掏出來，再加以淘洗，這就可以得到大量的金屬；二是開採黃銅礦石，這種礦石當地礦工起初是把它扔掉的，儘管他們並不懷疑從中可以得到許多銅。達爾文在這裡考察了礦山的地質結構，可是積雪堆積和初起的暴風雪，使他不得不從考察途中提前返回，他本來打算上山去考察的。
11考凱納斯溫泉
8月
26日，他又上路到智利首都聖地亞哥去，一路之上盡情觀賞被大量的才落下不久的雪所覆蓋的阿空加瓜火山和科迪勒拉山脈。翌日，他又登上了一個比聖地亞哥所在的大平原稍高的矮山嶺。達爾文認為，這個平原是從前的內海的海底。
達爾文在聖地亞哥住了約一星期，決定繞彎道繼續往南走，到了波浪洶湧的馬伊普河河邊。河上架着一座吊橋，甚至連一個人牽着一匹馬的重量，都使它搖晃不已，要從這種橋上走過去是相當冒險的。但另一條小河卡察普阿爾河，卻連這種吊橋也沒有，所以不得不騎着馬渡過此河，這也是件很不愉快的事情。這條河的河谷裡有幾處考凱納斯溫泉，因為能治病而四方馳名。
達爾文得知，這些泉水夏季要比冬季更多更熱。但是夏季几乎是滴雨不下，所以這就使達爾文推測到，地下水源與在夏季裡由於山上積雪的融化而形成了的急流有關，雖然這些山離溫泉有
15或
20公里之遠。
這些雪水首先滲入高溫區，然後再流到考凱納斯地區的地面上。
12達爾文病了達爾文又渡過克拉羅河，來到距聖地亞哥以南
20公里左右的聖費爾南多。後又往西拐向大海，瀏覽了以浮島著稱的塔關塔關湖，這些浮島是由各種不同的植物莖幹彼此交織在一起而形成的，而在浮島上又茂密地長出其他植物。他着手勘查金礦，為此又花費了四天時間。金礦的工人都顯出疲憊不堪的樣子：他們必須把約五普特重的礦石從
130米深的地下背到地面上來。
他們把搬運來的這種礦石運到磨房，把它磨成細粉，然後再把礦泥排進礦池裡，礦泥在礦池裡沉澱。隨着礦泥硬化，各種鹽就在表面上晶化。一兩天後，再把它淘洗，於是就淘出黃金來。這一過程得重複好幾次。
礦工們乾著這樣繁重的工作，卻只吃一些煮熟的豆子和麵包。照達爾文所觀察到的情況來看，礦工們得到的工資就已經夠微薄的了，可是必須服勞役的農奴在這裡的生活卻比礦工們還要苦。
達爾文在回途中病得很厲害，回到瓦爾帕萊索就完全病倒了。他在科爾菲德家一直病到
10月底，在這期間，他得到這位同事的護理和無微不至的關懷。
繼達爾文患病之後，「比格爾」號上發生了一次嚴重的經濟危機。
費茨羅伊艦長為了加快海岸的測量工作，而于
1833年在加里松那裡租了兩隻縱帆船。他支付了
1650英鎊租金，稍後過了一段時間，他為同樣目的又花費了
1300左右英鎊，買下一隻洛烏船。指望海軍部同意核准這些開支，或許海軍部會補償他這筆錢。誰知海軍部不僅不補給他這筆錢，反而來信說它「不讚成」租船，命令「要儘快解僱所租的船隻」。
13辭職風波費茨羅伊除了碰上這些不愉快的事情外，又加上疲勞過度，他的情緒非常頽喪，他已不能決定任何事情了。醫生認為他應當停止任何工作。
