一路上，達爾文把各樣的石頭敲下來放進背包，這裡有黑色的，白色結晶的，還有中間夾着一束花紋的……岩石的花色可多呢！
助手好奇地問達爾文，這些亂七八糟的石頭，到底有什麼作用。
達爾文耐心地告訴助手：石頭是有層次的。他指給助手看每層石頭裡不同的貝殼和海生動物的遺骨。這些能告訴我們不同年代的生物，它們都是有價值的地質資料。
助手很佩服達爾文的鑽研精神，他高興地替達爾文收集各種動物化石。每天夜裡，達爾文都要把收集的石塊貼上標籤，寫下收集的經過。
搞清楚聖地亞哥島的地質情況並非那麼困難。達爾文說：「一股熔岩在海底奔流，海底上面佈滿了一層貝殼和珊瑚的碎片，這些貝類和珊瑚凝結成堅硬的白色岩石。而後，整個島便隆起在海面上。但是這個白色岩石綫使我看到了一個重要的事實，這就是噴火口周圍的土地後來都沉沒了。
這些噴火口當時都是起作用的，不斷噴射出一股股新的熔岩。」
5聖地亞哥島的地質考察達爾文把賴爾《地質學原理》的基本思想運用於聖地亞哥的地質考察上後，他認為賴爾的基本思想要比當時流行于美國的災變論者們的地質學思想更為優越。當時他想，他將對他所要訪問的各國地質情況都要加以分類整理，他將能夠收集到夠他寫整整一部地質書的大量資料。這個想法「使他高興得手舞足蹈」。
接着達爾文在這個島光禿禿的平原上，一連遊覽了
3天。這裡到處都佈滿了一堆堆曬焦的岩石。
3天的遊覽使達爾文得到了極其豐富的收穫。他已經被這新穎的熱帶大自然完全吸引住了，以致這
3天的時間使他覺得無限的長，給他留下了很多的印象。
「比格爾」號在這裡停泊了
3個星期。達爾文懷着巨大的興趣進行了自然史考察。除了地質學之外，使他同樣感興趣的還有：熱帶植物，即棕櫚樹、非常粗的波巴布樹、香蕉樹、甘蔗、咖啡樹和大量的鮮花；各種鳥，其中許多鳥色彩非常鮮艷；各種各樣的昆蟲；色彩也很鮮艷的海生動物，如海綿和珊瑚；還有其他一些海生動物，如海兔和章魚。他常沿著海岸觀察這些動物的習性並細心加以收集。
有時候，他一連幾天坐在船艙裡研究所有這些生物。群島上的居民也使他很感興趣。每逢人們談起黑人時，他總是充滿好感，他特別注意黑人兒童或混血兒童的智力和很愛穿戴、生性愉快的黑人姑娘。
達爾文寫信告訴父親說：「日子過得愉快極了，確實沒有比這更愉快的了；我忙得很，這種忙既是一種職責，又是一件很大的樂事。自從我們離開特內裡費島以後，我認為沒有閒過半小時。」
6根本不怕人的鳥「比格爾」號在大西洋之中的一個不為人知的小島——聖保羅島的岩礁旁停下來。從艦上放下來了兩隻小船。一隻由斯托克斯駕駛去調查岩礁，以便把岩礁準確地畫到地圖上；另一隻由韋爾姆和達爾文駕駛；韋爾姆是去打鳥的，達爾文則是去研究地質和自然史的。達爾文在研究由岩礁上的鳥糞層形成的特別稠密的浮渣過程中，他發現該島有兩種根本不怕人的鳥。
這兩種鳥就是管鼻鸌和燕鷗，用地質錘就可以輕易地打到它們。達爾文認定，這些荒無人煙的島嶼上的第一批移民，是一些寄生昆蟲和靠吃鳥的羽毛為生的壁虱。他在觀察管鼻鸌時，發現了一個很有趣的現象：在每個管鼻鸌的巢旁都放著一條小魚，似乎是雄管鼻鸌銜來給雌管鼻鸌吃的，只要把雌管鼻鸌從巢中嚇跑，馬上就會有幾隻大蟹來把小魚偷走。而有時甚至把小鳥從巢中偷走。
7迎「海神」儀式「比格爾」號在繼續前進的航程中越過了赤道，按當時的習慣舉行了迎海神的儀式。早晨，快到
9點鐘時，艦上所有的
32名新手，一起被集合在下甲板上。艙口被關起來，艙裡一片漆黑，十分悶熱。這時，有四個扮海神將軍的人向大家走來。
他們把這些新手一個一個地帶到甲板上去。達爾文是第一次被帶上去的。甲板上放了一個盛滿了水的大浴盆，邊上擱着一塊大木板。達爾文剛走上甲板，就有一個「海將」用布矇住他的雙眼。
接着，「海將們」用一桶桶水從四面八方嘩嘩地倒在他的身上，然後把他放在浴盆邊的木板上。「海將」們用柏油和顏料抹在他的臉上和嘴上，並且用一個粗糙的鐵環颳去他臉上的一部分塗料。一聲令下：「海將」們就把他一個倒栽蔥翻進浴盆裡，兩個人按住他的身體，把他浸在水裡。至此，達爾文算是過了迎海神的儀式。
其他人卻沒有達爾文這麼「幸運」了，往他們臉上涂的那些髒東西也塞進了他們嘴裡。
這時間，整個軍艦全都變成了澡堂，水像小河一樣向四面八方流開來。
艦上的所有人員，甚至連艦長在內，全身都濕透了。這所謂迎海神，簡直就是老海員捉弄新手的一場惡作劇。
「比格爾」號走到費爾南多迪諾羅尼亞小島旁。這是一個火山島，有一些大約一千英呎高的山。島上覆蓋着一片几乎無法通行的密林，林中各種樹木，使達爾文感到十分驚異。輕巧的椰子樹是任何一種歐洲樹所不能比擬的；香蕉樹和芭蕉樹簡直同暖房中的完全一樣；金合歡和羅望子以其藍色葉子而讓人吃驚；而那壯麗的柑桔樹，無論是用語言描述，還是用畫筆彩繪，都不能表達其中之美。
