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起訴狀中說，蘇格拉底「不承認國家所規定的眾神」。實際上，古希臘的先哲們，個個都不相信國神，甚至有人否認神的存在；而蘇格拉底則是惟一沒否定神的存在的一位，他還常常勸人們信神，按禮節膜拜神明。關於指控蘇格拉底「引入其他的神」，則更是無稽之談！這些指控人所依據的，則是蘇格拉底自己宣稱的受某種內在無形的神秘的聲音所指引。如果這就算是「僭立新神」的話，也未免太牽強了一些吧！另外還有一條罪名是「蠱惑青年犯罪」，關於這一點，勉勉強強可以引為依據的是他的弟子阿爾喀比阿得斯背叛雅典。
至于說蘇格拉底對雅典青年有不好的影響，其實那是人們對他的誤解。
以現在的視角來反觀，蘇格拉底的地位早已確定，而在當時則不然。但他對自己堅信不移，認為自己的言論是絶對真實的，是不違背真理的。蘇格拉底從來沒有刻意鼓動過風潮，所有跟隨他的人都是實實在在、心甘情願自動聚集在他身邊的。蘇格拉底無論在市場、在家裡或在其他別的地方與弟子或青年們討論，都能提出精確的理論，並有新意，以此來闡釋真實。
但偏偏卻有些人認為蘇格拉底虛偽、有罪，於是着手調查他所謂不正當的言論，並對他所謂的罪行進行公開的討伐。由於那三個人的指控，使蘇格拉底含冤背上了莫須有的罪名。這些人說蘇格拉底費了不少工夫，用了不少時間致力於天文學、地質學的研究；說他歪曲事實，蠱惑青年，使他們不明事理，誤入歧途。以上這些蜚短流長在各處流傳，而且越傳越廣，越傳越奇。
這樣，使蘇格拉底本人都感到芒刺在背，十分不安，繼而自己也因此感到可怕了。因為這在當時，研究天文學、地質學，就等於不相信神的存在，正是誣陷他不信神的口實。蘇格拉底本人感到迷惑，是誰在那裡製造與散佈流言蜚語呢？
他只知道其中的一個人，這就是舊喜劇詩人阿里斯多芬，他所撰寫的喜劇《雲》，對蘇格拉底盡諷刺之能事。
以下簡要介紹一下《雲》這出喜劇的主要情節：在伯羅奔尼撒戰爭中阿提卡的農夫斯瑞西阿得斯全家流落在雅典城內，窮困潦倒。他的兒子又染上了賽馬賭博等惡習，於是全家債台高築。如何才能賴債擺脫困境呢？斯瑞西阿得斯想出了一個招，要他的兒子到蘇格拉底所主持的「思想所」去取經。
因為這個「思想所」聚集了一批智者，他們所傳授的論辯術，藉此可以顛倒黑白，好把討債的支走。兒子對這幫智者不以為然，不願意和他們為伍。於是行動遲緩的父親斯瑞西阿得斯只得親自出馬去拜會蘇格拉底了。前來開門的是蘇格拉底一位弟子，他抱怨這位來訪者使他正思考的某一問題受到干擾。
農夫斯瑞西阿得斯問這位弟子在思考什麼問題時，他卻賣關子，不予回答，但他卻透露了某些蘇格拉底所謂精深的研究：如剛纔有隻跳蚤咬了開瑞豐又跳到蘇格拉底頭上。於是，蘇格拉底問開瑞豐跳蚤跳的距離是它的腳長的多少倍？蚊子發出的嗡嗡聲是出自口還是尾？又如月亮的軌道是如何測定等等。農夫斯瑞西阿得斯十分迫切希望要馬上會見這位智士——蘇格拉底。
他蟄居在屋頂低矮的「思想所」裡，這時門開了，裡面放著天文觀察儀器、世界地圖及別的一些稀奇古怪的東西。蘇格拉底的眾弟子正在進行着奇特的研究：有一些人趴在地面上試圖窺測到地獄的秘密，而有的臀部朝天，旨在研究天象。這時，蘇格拉底本人則坐在一隻懸空的弔籃裡，宣稱他在「逼視太陽」，他說：因為「我若不將心思懸在空中，如果不將我的輕巧思想溶入同樣輕飄飄的空氣裡，就不能窺測天體」；若是佇立在地面上就什麼也看不到了，這是因為地面的「濁氣」會吸走他思想的精液。
隨後，農夫斯瑞西阿得斯請求蘇格拉底收他為徒，讓他學會「嘮叨頂嘴的本領」，以便裝聾賣傻來拒絶償還債款，他還憑神發誓，願意交學費。蘇格拉底告訴他，入學是要通過一種儀式的。這時，蘇格拉底好像神靈附體，手舞足蹈地呼喚三位神靈：其一是無垠無涯的「氣」，其二是光明燦爛的「以太」，其三是莊嚴神聖的「雲」。響起了一陣雷，隨繼身着女衣的雲神合唱隊入場。
蘇格拉底這時告訴農夫斯瑞西阿得斯，說這些女神養育着「一些先知、智者、天文學家、江湖郎中、蓄輕飄長髮戴碧玉戒指的花花公子和寫酒神頌的假詩人」，由於他們歌頌「雲」，而「天上的雲是有閒人至高無上的神，我們的聰明才智、詭辯胡謅以及欺詐奸邪全都是他們付予的」。雲神歌隊長對蘇格拉底說道：「除了你和普羅狄科斯倆人，我從不聽別人的誓言；因為普羅狄科斯很聰明，很有思想，而你則是大模大樣地走，乜斜眼，赤着腳，吃得苦，依靠你和我們的關係，裝得那樣驕傲莊嚴。」這時，蘇格拉底又告訴老農夫斯瑞西阿得斯，新神「漩渦」是一種自然的動力，宙斯的王位已由其替代，它能呼風喚雨，鳴雷閃電。蘇格拉底這時對自然的規律作了一番解釋：雷系由含雨的雲下降時互相撞擊產生的；在雲中封閉有干風，它猛力衝擊雲層發生了火花，這是閃電。
