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太湖水師，始於雍正間。太湖連跨蘇州、常州、湖州之境，為全吳巨浸。湖中風浪與江海異，故巡湖水師，船制亦殊。其衛所巡司則以巡船，水師則以哨船。雍正二年，設太湖營遊擊、千總、把總各一人。五年，以大錢汛口為浙江省瀕湖要道，增守備、千總各一人，把總三人，戰守水兵原額千人，歷年裁併，實存水戰兵一百八十六人，守兵四百七十二人，分防各處：甪頭汛兵一百八十五人，沙快船五艘；西山汛兵六十九人，沙快船二艘；浙江烏程汛兵一百九十七人，沙快船九艘；伍浦汛兵六十九人，快巡船九艘；南浦汛兵一百七人，快巡船九艘。七年，以沙船六艘為湖中大汛巡防，其餘改小號巡船二十艘，巡緝支河小港。九年，分水師為左右二營，左營守備駐簡村，列汛凡六，當震澤縣界。千總一人，駐鯰魚口，列汛十有二，當吳縣、吳江、震澤界。把總二人：一駐東山，列汛凡八，當吳縣界；一駐吳江，列汛凡八，當吳江、震澤界。右營守備駐周鐵橋，列汛凡六，當宜興、陽湖界。千總一人，駐馬山，列汛十有四，當常州、無錫、陽湖界。把總二人：一駐黿山，列汛凡七，當吳縣界；一駐鳳川，列汛凡七，當宜興、荊溪界。乾隆間，設副將以下各官，水師戰船，凡巴唬船十六艘，沙船三艘，大快船七艘，小快船三十二艘。至道光間，存巴唬船十六艘，沙船二艘，大快船六艘，小快船二十艘，槳船十艘。迨鹹豐年粵匪亂後，營伍船械全失。同治間，重整水師，盡易舊制，仿長江營制，設太湖協標二營，舢板戰船三十六艘。此江南水師之制也。
其長江水師之在江南省者，為瓜洲鎮標，轄瓜洲營、孟湖營、三江營、江陰營，戰船兵額，與各省長江水師同。
河道總督標營凡二十營，雍正七年，以漕標右營改隷河標設，巡船九艘。山清裡河上營，康熙十七年設，船六十八艘。裡河下營，雍正六年，由裡河營分設，船十三艘。外河上營，船一百十四艘。山安海防河營，雍正七年，由外河營分設，船五十四艘。高堰上營，康熙三十八年，由盱眙營分設，船三十四艘。山盱下營，雍正七年，由高堰營分設，船十七艘。桃源安清營，康熙三十八年設，船二十三艘。揚河上營，康熙十七年設，船八十二艘。揚河下營，雍正七年設，船十四艘。徐河南北營，雍正六年設，船三十艘。邳睢河營，順治初年設，船七十五艘。宿虹南北營，順治初年設，船百艘。桃源南北營，順治初年設，船六十八艘。宿遷運河營，雍正六年設，船十九艘。凡河防各營，設守備以下各官，大小各船，分浚船、柳船二類，修防河工，以營制部勒之。
漕運總督水師標營，分中營、左營、右營、城守四營，以中、左、右三營任護漕之責，以城守四營任地方之責，駐山陽境及漕運所經之地。其運輓漕糧，則以衛卒任之。
浙江水師，杭州協錢塘水師營，順治初年，設守備各官，兵一百十五人，鱉子門汛兵七十九人，新城汛兵三十一人，塘棲汛兵九十三人，錢江汛兵七十七人，富陽汛兵一百五十人，防守河莊山唬船四艘，運河內河快唬船十一艘，錢塘江渡馬船六艘。
乍浦水師營，雍正二年，以定海鎮右營改歸乍浦，設參將各官，水戰兵二百四十人，守兵二百七十六人，戰船十艘，內洋岑港轄洋面汛三十三，內洋瀝港轄洋面汛十五，內洋岱山轄洋面汛十九。
嘉興協營，設副將各官，駐防府城，兵四百三十二人，快唬船五艘。海鹽汛兵一百七十五人，快唬船三艘。乍浦汛兵二百十三人，快唬船二艘。澉浦汛兵百人，快唬船一艘。石門汛兵一百十人，快唬船四艘。桐鄉汛兵七十六人，快唬船二艘。濮院汛兵六十一人，快唬船三艘。新城汛兵四十人，快唬船一艘。平湖汛兵九十九人，快唬船三艘。嘉善汛兵七十人，快唬船二艘。嘉興汛兵六十九人，快唬船二艘。王江涇汛兵五十六人，快唬船二艘。雍正十年，裁撤快唬船二十艘，改造大號巡船二十艘，小號巡船二十艘，分配各汛。
湖州協營，設副將各官，駐防府城，兵四百七十六人，快巡船十三艘。左營分防雙林汛兵五十人，快巡船三艘，德清汛兵三十四人，快巡船四艘，新市汛兵四十二人，快巡船四艘，含山汛兵四十二人，快巡船四艘，菱湖汛兵三十九人，快巡船五艘。右營分防泗安汛兵五十人，快巡船三艘。長興汛兵四十四人，快巡船二艘。武康汛兵二十人，快巡船一艘。馬要汛兵二十人，快巡船一艘。烏鎮汛兵二十四人，快巡船一艘。南潯汛兵五十八人，快巡船六艘。菁山汛兵十六人，快巡船一艘。梅溪汛兵八十人，快巡船二艘。
紹興協營，設副將各官，水師一千八百七十二人，用衛所之制，設臨海、觀海二衛，瀝海、三江二所。雍正十年，設周家路水師汛，置紹字一、二號巡船二艘。
寧波府，順治三年，設水師營參將二人，分左右二營，水戰兵四百人，守兵四百人。十四年，設寧台溫水師總兵官及以下各官。康熙九年，設水師提督及左右二路總兵官，七年罷之。設總兵官一人，轄中左右水師三營，兵三千人。春秋二汛，率戰船出洋巡緝。其戰船之數，隨時增改。順治三年，水師左右二營，大小戰船五十二艘。九年，定海鎮左右二營，戰船四十九艘。十四年，水師左右前後四營，戰船二百二艘。康熙元年，水師前左右三營，戰船一百七十三艘。九年，定海鎮中左右三營，戰船八十艘，增設哨船二十艘。歷年裁汰，定為水艍船十二艘，犁繒船七號水艘中艍船一艘，中號犁繒船五艘，沙船七艘，雙篷艍船十三艘，唬船二艘，哨船二十艘。象山城守營，設副將各官，哨船四艘，海口汛兵一百五十人，哨船十艘。雍正四年，裁存四艘。昌石營，設都司等官，汛兵五百六十五人，戰船六艘。鎮海營，原設定海水師左右二營。雍正二年，改設鎮海營參將各官，汛兵二百三十五人，哨船八艘。
台州府，順治十四年，設寧台總鎮。十五年，改水師提督。尋改總兵。設黃岩鎮標三營，水師二千七百七十五人，戰哨船二十五艘。海門駐遊擊等官。前所駐都司等官。右營分防海洋七汛：玉環山、灨江、鷄齊山、標桃嶼、石塘、龍王堂、沙護。中營分防海洋六汛：郎幾山、黃礁門、深門、三山、老鼠嶼、川礁。左營分防海洋八汛：聖堂門、米篩門、白岱門、牛頭門、靖寇門、狗頭門山、茶盤山、迷江山。
溫州府，順治三年，設副將各官。十三年，改總兵官，設鎮標中左右水師三營，戰哨船二十二艘。中營水戰兵六十五人，守兵一百五十二人，戰船九艘，快哨船二艘，釣船三艘。分巡二處：一專防三盤口，水師百六十二人，戰船二艘；一專防長沙海洋，水師一百二十八人，沙戰船二艘。分防汛地凡七：曰霓嶴、黃大嶴、三盤、大門、長沙、鹿西、雙排。左營水戰兵六十八人，守兵一百七十三人，戰船九艘，快哨船二艘。分巡二處：一專防鳳山汛，一專防南龍海洋。分防汛地凡五：曰鳳皇山、銅盤山、南龍山、大瞿山、白腦門。右營轄陸地汛兵。瑞安水師營，設副將各官，水戰兵九十八人，守兵一百四十三人，內洋巡哨戰船四艘，外洋巡哨戰船五艘，快哨船四艘，釣船二艘。分巡二處：一專防北關洋，水師七十人，戰船一艘；一專防官山洋，水師五十人，戰船一艘。分防汛地凡六：曰北關、官山、金鄉嶴、琵琶山、南鹿山、四大嶼。玉環水師營，設參將等官，水戰兵一百四十五人，守兵二百五十四人，八槳船四艘，戰船四艘，快哨船四艘。左營轄陸地汛兵。右營水師一百八十四人，戰船四艘。分巡二處：一專防坎門，水師六十五人，戰船一艘；一專防長嶼，水師三十四人，戰船一艘。內洋凡三汛：曰烏洋、梁灣、黃門。外洋一汛，曰沙頭。左右營率水師一百八十四人，戰船一艘，輪巡洋面。又江口水師一百八十四人，戰船四艘。
雍正二年，額定四種戰船：曰水艍船，曰趕繒船，曰雙篷船，曰快哨船。其六槳船、八槳船，雍正七年後所增設也。
