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同治二年，諭沿海督臣舉水師將才。又令曾國籓所部內江水師，都興阿所部揚防水師，有勝外海水師之任者，各舉以聞。四年，在山東省仿長江戰船之式，造長龍、舢板船，於黃河水性駕駛合宜。以水師泊黃、運二河，防堵逸寇，必須分段扼守，而地勢綿長，不敷調遣。復由山東增造長龍船，並增舢板船十艘，以武職大員督領巡防。五年，改造江南海口之紅單廣艇三十艘，合原有廣艇凡四十艘，分防海口。六年，整頓福建台灣海防，增置龍艚等船。
七年，曾國籓議改水師之制，以江南水師，向分外海、內河二支，外海水師六千七百七十六名，武員一百十八人，內河水師八千二十一名，武員一百三十三人。船數則近稽道光二十四年江南舊例，水師船二百七十五艘，朽壞居多，別造舢板船一百三十五艘，大船十二艘，約計各船不過載兵二千數百人，而額定之兵數，尚有萬餘人。徒費餉項，有水師之名，無舟楫之實，宜大為變通，講求實際。江蘇水師，其營制餉章，悉仿長江水師之例，外海之紅單廣艇，亦略增其餉，與李鴻章、丁日昌諸臣協力籌辦，期於外防與內盜並謀，舊制與新章兼顧。俟章程既定，沿海福建、廣東各省水師，均可酌改行之。
八年，部臣定議，從曾國籓所陳，改江蘇水師為內洋、外海、裡河三大支，以資控禦。裡河水師，以原設提標右營，太湖左營、右營及增設淞北、淞南二營為五營，隷提督統轄。舢板船每營船數不等，一律興修，不得缺額。所有太湖七營，改為裡河五營，其裁員歸併提標序補。馬新貽等續議，九江水師營改城守營，設陸汛四處。鄱陽營改陸汛二處。洞庭水師營改龍陽城守營。嶽州水師營酌留水兵，隷陸路管轄。荊州水師營酌留弁兵有差。九年，諭定安等以寧靈各軍，運餉艱難，增造砲船，由黃河運送。所有大小戰船三十二艘，編為一營，設統帶等官。
十年，沈葆楨以外海兵船製成，應簡知兵大員督率操練。尋以福建水師提督李成謀為兵船統領。是年，曾國籓以江南水師章程初議十四條，嗣由馬新貽等增為二十五條，乃刪減歸併定為二十一條。外海六營，以次巡哨。內洋五營，分定汛界。裡河五營，分定汛界。淞南營、淞北營、太湖左營、太湖右營酌增戰船。水師營所遺陸汛，移並留防。京口三營陸汛砲堤，分別管轄。改定轄營，及留設守備，要汛多留陸兵。定將弁處分則例。規定各營船數。酌定外委員數。酌定裁缺薪糧。營官建衙署地方，各營座船之數，官兵額定數目，書吏名數，雨蓬旗幟等費，官兵糧額，各船酌用槍砲數目，各船酌用火藥槍砲彈，綜計餉項之數，下所司核議行之。十一年，丁寶楨調撥福建省所制安瀾兵輪赴山東洋面巡緝。瑞麟調撥福建省小號兵輪赴奉天海口巡緝。
光緒四年，裁去廣東輪拖巡船水勇二千三百餘人。五年，以各省舉辦水師，奉天、直隷、山東、江蘇、浙江、福建、廣東次第駐泊兵輪，編製水師，而沿海各省形勢不同，操法未能一律，吳淞口為南北海疆適中之地，乃命江南提督李朝斌為外海兵輪統領，督率各省大小兵輪，定期在吳淞口會操。六年，以新置蚊砲船便利合用，續向外洋購置數十艘，募福建、廣東沿海精壯之民為水師，分屯北洋各海口。七年，以奉天旅順口原有旗營，艇船朽壞，弁兵疲弱，悉行裁汰，歸陸師巡防，別以快砲防海。時丁汝昌由英國率戰艦回國，為中國水軍航外海之始，乃擢丁汝昌為水師提督。
八年，以江南形勢，先海後江，朝議擬以長江水師提督駐吳淞口，狼山、福山、崇明三鎮標隷之，以江南提督移駐淮、徐，改福建水師提督為閩浙水師提督。尋左宗棠、彭玉麟議覆，以海防不外戰守二端，戰宜厚集兵力，守宜因勢設險，仍循舊製為宜。福建水師自裁兵加餉後，實存水師六千九百餘人，旗營水師三百餘人，各營拖罾、龍艚、快艇等大小戰船實存四十艘，台灣、澎湖戰船六艘，大小兵輪十艘，宜聯合浙江省水師會操，官制則仍循其舊。
九年，以廣東內河之肇慶河面縣長六百餘裡，僅有小巡船二十餘艘，不敷分佈，九龍洋面水淺，大船難於行駛，乃於二處各增設淺水兵輪船。十年，試造尖底舢板船，分佈海口。旋以船質弱小，罷之。十一年，彭玉麟以海防日亟，議設水師總統於吳淞，分設二鎮：一駐直隷大沽，凡盛京、直隷、山東、江南各海口戰船隷之；一駐福建廈門，凡浙江、福建、台灣、廣東各海口戰船隷之。兩鎮每年周巡海口，會哨於吳淞。是為南北洋水師建議之始。十二年，議裁減浙江沿海水師。旋浙撫劉秉璋以舊額戰船二百五十餘艘，粵寇亂後，購造不及半數。光緒八年，裁水師船十三艘，停修舊船三艘，已符裁兵三成之數。惟巡洋之紅單船十一艘，不在額設裁減之例。十四年，因台灣疆土日闢，改安平水師副將為台東陸路副將，改鹿港遊擊為安平水師遊擊，任新設地方鎮守之職。十五年，以福建內河水師砲船舊額共九十八艘，頻年裁撤，實存三十艘。每船配置水師六人，專任巡緝內洋。十六年，調撥福建海壇水師駐防福清縣屬，以靖海盜。十七年，於湖南選鋒水師中、前、後、左、右營內，撥一千六百餘人，分防省城及嶽州等處，撥長勝、毅安水師四百餘人，分防辰州、沅州、常德等處，撥澄湘水師三百餘人，分防衡州等處，以專責成。是年，因奉天遼河下遊舊有巡船，上遊則僅有陸隊兼巡，未有水師。乃增置長龍砲船一艘，舢板船八艘，於練軍內選撥弁勇，梭巡遼河上下及省南之洋河。
十九年，令提督黃翼升校閲長江提標五營，上江十三營，下江四營，定訓誡之規，禁陸居，戒嗜好，勤練藝，屏虛文，不得蹈綠營之習，日久玩生。閩、浙疆臣會議，以浙江省有元凱、超武二兵輪，福建省有伏波、琛航、靖遠三兵輪，與沿海水師協力緝捕。而浙省水師船自裁減後，僅存五十餘艘，閩省自馬江戰後，僅存艇船二十九艘，乃在寧波海口賃用紅單等船八艘，酌撥弁兵，以靖海盜。二十四年，令江蘇省之外海、內洋、裡河、太湖四支水師，一律酌裁水勇。二十五年，以安徽省江防在下遊者為東西梁山，建有砲堤砲台，在上遊者為闌江磯前江口及省城之江心洲，鹹有砲台，而缺乏水師，乃撥澄清營砲船二十五艘，及長江水師之蕪湖、裕溪、大通、安慶、華陽各營，聯絡防守。又令長江五省督撫，各派將領，不分畛域，嚴密設防。二十六年，以奉天鳳凰沿海一帶，素稱盜藪，曾由北洋撥兵輪巡洋，其支港各處，宜屯泊水師，乃於大孤山、太平溝、沙河三口岸，各造兵船三艘，酌配水師巡緝。三十四年，因浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵單，於原有水師中，抽練遊擊一隊，駐嘉興府，增練遊擊三隊，分佈嘉興、湖州各河港，以遊擊小隊駐杭州省城，賃用上海商人之小輪船十艘，曳帶兵梭船巡水道，以期迅捷。在南洋船塢造淺水兵輪船四艘，配快砲八尊，江蘇亦制淺水兵輪船四艘，協同內河水師，仿歐西各國章程，編為聯隊，以資防剿。此整治水師之概略也。
其兵額之增減，船械之配置，各省隨時編定。外海水師，北自盛京，南訖閩、廣，凡拖繒、紅單等船隷焉。內河水師，各省巡哨舢板等船隷焉。奉天、直隷、山東、福建水師船均屬外海。江西、湖廣水師船均屬內河。江南、浙江、廣東水師船分屬外海、內河。其別練之師，有巡湖水師、巡鹽水師、親兵營、練軍營。同治以後，增定長江水師、太湖水師之制，視舊制加詳矣。
其巡防之規，外海水師巡防盛京，以協領為總巡，佐領、防禦、驍騎校為分巡。直隷等沿海各省，以總兵官為總巡，副將以下為分巡。各於所治界內，率水師沿海上下，更番往來，詰奸禁暴，兩界相交之處，戒期會哨，以巡緝情形，申報所屬將軍、總督、提督，委員稽察。若因風阻滯，各廠到界之日具報。其每歲定期，以二月、四月、五月為始，至九月事竣回營。有引避不巡，或巡而不周遍者，論如軍律。其內河水師巡防之制，長江自四川巫山而東，出三江口，至湖廣界，經嶽州、武昌、興國至江西界，經九江、江寧、京口等處，東至於海，各省將軍、總督、提、鎮分委旗標弁兵，沿江遊巡，及界而還。
