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道光八年，以阿克蘇為南路適中之地，增兵一千，移柯爾坪防兵五百歸阿克蘇，裁拜城參將以下弁兵，共新舊防兵二千二百人，守卡借差兵外，得練兵一千三百人，控制各路。九年，於喀什噶爾邊增八卡倫弁兵。尋以八卡倫內喀浪圭、圖舒克塔、烏拍拉特三處通霍罕要路，於明約洛建堡，設都司一人，綠營兵二百人駐守。阿爾瑚馬廠三處建堡，置兵二百或六十人。葉爾羌屬卡倫七，以亮葛爾、庫庫雅爾為通夷要隘，英吉沙爾屬卡倫五，惟烏魯克為要路，皆建土堡兵房，設千總官，其次設把總、外委，駐守兵多者六十人，少者十五或十人。
鹹豐三年，以新疆南北兩路駐兵四萬餘人，歲餉一百四十五萬，軍興後饋飠軍艱難，諭陝、甘赴口外駐防官自是年始，即行停止。其喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐八城防兵，由烏魯木齊駐防滿洲兵、綠旗兵酌撥。四年，改定新疆南路換防兵制。增伊犁滿洲兵二百人，烏魯木齊綠營兵千二百人，滿洲兵三百人。裁葉爾羌、喀什噶爾、烏什、阿克蘇四城防兵一千人。七年，以喀城肅清，撤回土爾扈特蒙兵，留伊犁官兵防守。八年，令南路換防官兵自是年始，分六年抽換，以節繁費。天山以南，為回部所居，自設台站、卡倫，無俟重兵防守。烏什、葉爾羌、喀什噶爾、英阿薩爾鹹以滿、漢兵協力守邊。他如和闐、阿克蘇、庫車、哈喇沙爾、闢展則守以綠旗兵。凡滿洲營駐防兵，以三年更換，綠旗營駐防兵，以五年更換。此南路之制也。
同治以來，回疆不靖，欽差大臣左宗棠次第殄平之，新疆漸歸版籍。光緒初年，改省議起。左宗棠擬令將軍率旗營駐伊犁，塔爾巴哈台改設都統，並統綠、旗各營。迨八年收復伊犁，從譚鍾麟、劉錦棠言，於南北兩路增設額兵，其舊有參贊、辦事、領隊各大臣悉予裁汰。即自哈密至伊犁都統暨諸大臣名額亦酌撤之。巴裡坤、古城、烏魯木齊、庫爾喀拉烏蘇等處所餘旗丁，歸併伊犁滿營，均改從各省駐防將軍營制。十一年，行省製成。伊犁旗營實存勇七千，留其精壯，改馬隊九旗，步隊十三旗，以提督、總兵分領之。伊犁開屯由此始，而旗屯居其一焉。蓋新疆自籓部迄於設行省，綜其駐防旗兵制度，約略如此。
其籓部兵制，曰內外蒙古，曰青海，曰西藏。內外蒙古之兵，設旗編次，略同內八旗。每旗設劄薩克一人，汗、王、貝勒、貝子、公、台吉為之。協理旗務二或四人，亦台吉以上充任。按丁數編為佐領。設佐領一，驍騎校六。每六佐領設參領一人。佐領較多者，設章京、副章京。各率所屬以聽於劄薩克。內劄薩克蒙古凡二十四部、四十九旗。科爾沁六旗，分左右二翼，二翼又各分前後旗。崇德元年，設左翼旗、左翼前旗、右翼旗、右翼前後旗。順治六年，設左翼後旗。郭爾羅斯前後二旗，杜爾伯特一旗，紮賚特一旗，皆順治五年設。紮魯特二旗，左翼崇德元年設，右翼順治五年設。喀爾喀左翼一旗，康熙三年設。奈曼一旗，敖漢一旗，皆崇德元年設。土默特二旗，左翼崇德元年設，右翼順治二年設。喀喇沁三旗，右翼崇德元年設，左翼順治五年設，康熙中增設一旗。翁牛特左右二旗，阿魯科爾沁一旗，皆崇德元年設。巴林左右二旗，順治五年設。克什克騰一旗，順治三年設。烏珠穆沁二旗，右翼崇德六年設，左翼順治三年設。浩齊特二旗，順治三年設左翼，十年設右翼。阿巴哈納爾二旗，康熙四年設左翼，六年設右翼。阿巴噶二旗，崇德六年設右翼，順治八年設左翼。蘇尼特二旗，崇德六年設左翼，七年設右翼。四子部落一旗，順治八年設。烏喇特右翼一旗，順治十年設。茂明安一旗，順治元年設。烏喇特前中後三旗，順治五年設。鄂爾多斯七旗，兩翼、中旗、前旗、後旗皆順治六年設，雍正九年，增設一旗。歸化城土默特左右二旗，崇德元年設，後置副都統，隷綏遠城將軍轄之。是為內蒙古兵制。
外劄薩克蒙古，喀爾喀四部，凡八十六旗。喀爾喀土謝圖汗部二十旗為中路。康熙三十年，設十七旗。逮雍正間，遞增至三十八旗。尋分二十旗屬三音諾顏部，存十八旗。乾隆初，復增二旗，於本旗外分十九劄薩克掌之，仍統於土謝圖汗部。車臣汗部二十三旗為東路。康熙三十年，設十二旗。其後增至二十一旗。乾隆間，遞增二旗，於本旗外分二十二劄薩克掌之，仍統於車臣汗。劄薩克圖汗部十七旗為西路。康熙三十年，設八旗。逮雍正間，遞增至十五旗。乾隆時，遞增二旗，於本旗外分十六劄薩克掌之，仍統於劄薩克圖汗。三音諾顏親王部二十二旗，雍正十年設，即於土謝圖汗部內分轄二十旗。乾隆初，增二旗，於本旗外分二十一劄薩克掌之，仍統於三音諾顏劄薩克親王。烏蘭烏蘇厄魯特部二旗，康熙二十五年分設。乾隆間，隷移烏蘭烏蘇並隷三音諾顏部。賀蘭山厄魯特一旗，康熙三十六年設。青海厄魯特部二十一旗，雍正三年設二十旗，乾隆十一年增設一旗。青海遊牧綽羅斯部二旗，輝特部一旗，土爾扈特部一旗，喀爾喀部一旗，皆雍正三年設。哈密一旗，康熙三十六年設。吐魯番一旗，雍正十年設。都爾伯特十四旗，乾隆十八年編設。土爾扈特部，乾隆三十六年編設。康熙十三年，定每年春季，王、貝勒以各旗下台吉兵丁合操。乾隆元年，諭內劄薩克六會，防秋兵丁各備牧馬器械，分二班，錫林郭勒、烏蘭察布、伊克昭三會為一班，哲裡木、昭烏達、卓索圖三會為一班，以大劄薩克為盟長，每年遣大臣會同盟長，按旗察閲兵丁。其喀爾喀四部遊牧防守兵萬人，遣參贊大臣同喀爾喀將軍、貝勒、公等分年簡稽軍實。三年，命賞六會防秋牧馬之兵，視康熙間成例，分給弓矢、衣服、銀兩有差。五十一年，諭蒙古兵丁應習圍場者，車臣汗、土謝圖汗二部，由庫倫辦事王、大臣，三音諾顏、劄薩克圖汗二部，由烏里雅蘇台將軍、大臣等分領練習，並令各部落汗、王、公選大台吉各四人，小台吉十人，赴木蘭圍場。道光三年，從陝甘總督那彥成言，以青海二十四旗分左右二翼，每翼設盟長、副盟長，每六旗設霍碩紮爾噶齊，每三旗設一梅勒，每旗設一甲喇，各旗兵按人數之多寡，隨官兵番值巡防。十一年，允楊遇春請，以蒙古兵五百人析為二班，分防八卡。十五年，諭令察哈爾兵丁選補缺額，與劄薩克遊牧共衛北邊。同治十年，諭邊外各路台站，都統或盟長分任管轄。每台額定駱駝百頭，馬五十匹，戈壁地備駱駝百五十頭。此內外蒙古及青海兵制也。
蒙古各盟，當雍、乾時，征討準、回，資其兵力以集事。自俄人闌入，烏蘭海南北並受覊牽，喀魯倫東西侵為田牧，雜居無限，卡倫鄂博，蓋同虛設矣。
西藏旗兵，自乾隆五十七年始。前後藏各設番兵千。定日、江孜各設五百。前藏領兵者曰戴琫，其下如琫，又下甲琫、定琫。原置戴琫三人，二駐後藏，一駐定日，復增戴琫一人駐江孜。前藏番兵，遊擊統之。後藏及江孜、定日，都司統之。原有唐古特兵，歸戴琫督練。初制，每番兵千，弓箭三之，鳥槍七之。嗣選唐古特兵三千，鳥槍、刀矛各半。至是新設額兵三千，每千人五成鳥槍，三成弓矢，二成刀矛。其唐古特兵，由駐防將領督同番目教練。前藏駐遊擊、守備各一，千總二，把總三，外委五。後藏駐遊擊、都司各一，守備三，千總二，把總七，外委九。是年，以福康安疏請江孜增守備一，外委一，兵三十人，定日增守備一，把總一，外委一，兵四十人。尋用和琳疏言，定日要隘曰轄爾多，曰察木達杏嶺，曰古喇噶木洞，曰宗喀，每處各設定琫一人，番兵二十五人。此西藏兵制大略也。
當乾隆十五年，始除西藏王爵，設駐藏大臣，以達賴喇嘛統前藏，班禪統後藏。前後藏凡設四汛，遊擊、都司、守備、千把總、外委十六人，兵丁六百六十人，戴琫、如琫、甲琫、定琫百六十六人，番兵三千人，騎兵五百人，駐藏大臣與達賴、班禪參制之。鹹、同以後，廓爾喀崛強於西，英吉利侵軼於南，中朝威力覊縻而已。
