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萬曆十一年，參贊尚書潘季馴言：「操軍原額十有二萬，今僅二萬餘。祖軍與選充參半，選充例不補，營伍由是虛。請如祖軍收補。」已而王遴代季馴，言：「大小二場，新舊官軍二萬三千有餘。請如北京各邊，三千一百二十人為一枝，每枝分中、左、右哨，得兵七枝。餘置旗鼓下，備各營缺。」從之。巡視科臣阮子孝極論南營耗弊，言頗切中，然卒無振飭之者。已，從尚書吳文華請，增參贊旗牌，得以軍法從事，兼聽便宜調遣。三十一年，添設南中軍標營，選大教場卒千餘，設中軍參將統練。規制雖具，而時狃苟安，闒茸一如北京。及崇禎中，流寇陷廬、鳳，踞上流，有窺留都意。南中將士日夜惴惴，以護陵寢、守京城為名，幸賊不東下而已。最後，史可法為參贊尚書，思振積弊，未久而失，蓋無可言焉。
侍衛上直軍之制。太祖即吳王位，其年十二月設拱衛司，領校尉，隷都督府。洪武二年，改親軍都尉府，統中、左、右、前、後五衛軍，而儀鑾司隷焉。六年，造守衛金牌，銅涂金為之。長一尺，闊三寸。以仁、義、禮、智、信為號。二面俱篆文：一曰「守衛」，一曰「隨駕」。掌于尚寶司，衛士佩以上直，下直納之。十五年，罷府及司，置錦衣衛。所屬有南北鎮撫司十四所，所隷有將軍、力士、校尉，掌直駕侍衛、巡察緝捕。已又擇公、侯、伯、都督、指揮之嫡次子，置勛衛散騎舍人，而府軍前衛及旗手等十二衛，各有帶刀官。錦衣所隷將軍，初名天武，後改稱大漢將軍，凡千五百人。設千、百戶，總旗七員。其眾自為一軍，下直操練如制，缺至五十人方補。月糈二石，積勞試補千、百戶，亡者許以親子弟魁梧材勇者代，無則選民戶充之。
永樂中，置五軍、三千營。增紅盔、明甲二將軍及叉刀圍子手之屬，備宿衛。校尉、力士僉民間丁壯無惡疾、過犯者。力士先隷旗手衛，後改隷錦衣及騰驤四衛，專領隨駕金鼓、旗幟及守衛四門。校尉原隷儀鑾司，司改錦衣衛，仍隷焉。掌擎執鹵簿儀仗，曰鑒輿，曰擎蓋，曰扇手，曰旌節，曰旗幢，曰班劍，曰斧鉞，曰戈戟，曰弓矢，曰馴馬，凡十司，及駕前宣召差遣，三日一更直。設總旗、小旗，而領以勛戚官。官凡六：管大漢將軍及散騎舍人、府軍前衛帶刀官者一，管五軍營叉刀圍子手者一，管神樞營紅盔將軍者四。聖節、正旦、冬至及大祀、誓戒、冊封、遣祭、傳制用全直，直三千人，余則更番，器仗衣服位列亦稍殊焉。凡郊祀、經筵、巡幸侍從各有定製，詳《禮志》中。居常，當直將軍朝夕分候午門外，夜則司更，共百人。而五軍叉刀官軍，悉于皇城直宿。掌侍衛官輸直，日一員。惟掌錦衣衛將軍及叉刀手者，每日侍。尤嚴收捕之令，及諸脫更離直者。共計錦衣衛大漢將軍一千五百七人，府軍前衛帶刀官四十，神樞營紅盔將軍二千五百，把總指揮十六，明甲將軍五百二，把總指揮二，大漢將軍八，五軍營叉刀圍子手三千，把總指揮八，勛衛散騎舍人無定員，旗手等衛帶刀官一百八十，此侍衛親軍大較也。
正統後，妃、主、公、侯、中貴子弟授官者，多寄祿錦衣中。正德時，奏帶傳升冒銜者，又不下數百人。武宗好養勇士，嘗以千、把總四十七人，注錦衣衛帶俸舍、余千一百人充禦馬監家將勇士，食糧騎操。又令大漢將軍試百戶，五年實授，著為令。幸竇開而恩澤濫，宿衛稍輕矣。至萬曆間，衛士多占役、買閒，其弊亦與三大營等。雖定離直者奪月糈之例，然不能革。
太祖之設錦衣也，專司鹵簿。是時方用重刑，有罪者往往下錦衣衛鞫實，本衛參刑獄自此始。文皇入立，倚錦衣為心腹。所屬南北兩鎮撫司，南理本衛刑名及軍匠，而北專治詔獄。凡問刑、奏請皆自達，不關白衛帥。用法深刻，為禍甚烈，詳《刑法志》。又錦衣緝民間情偽，以印官奉敕領官校。東廠太監緝事，別領官校，亦從本衛撥給，因是恆與中官相表裡。皇城守衛，用二十二衛卒，不獨錦衣軍，而門禁亦上直中事。京城巡捕有專官，然每令錦衣官協同。地親權要，遂終明之世雲。初，太祖取婺州，選富民子弟充宿衛，曰禦中軍。已，置帳前總制親兵都指揮使。後復省，置都鎮撫司，隷都督府，總牙兵巡徼。而金吾前後、羽林左右、虎賁左右、府軍左右前後十衛，以時番上，號親軍。有請，得自行部，不關都督府。及定天下，改都鎮撫司為留守，設左右前後中五衛，關領內府銅符，日遣二人點閲，夜亦如之，所謂皇城守衛官軍也。
二十七年，申定皇城門禁約。凡朝參，門始啟，直日都督、將軍及帶刀、指揮、千百戶、鎮撫、舍人入後，百官始以次入。上直軍三日一更番，內臣出入必合符嚴索，以金幣出者驗視勘合，以兵器雜藥入門者擒治，失察者重罪之。民有事陳奏，不許固遏。帝念衛士勞苦，令家有婚喪、疾病、產子諸不得已事，得自言情，家無餘丁，父母俱病者，許假侍養，愈乃復。
先是，新宮成，詔中書省曰：「軍士戰鬥傷殘，難備行伍，可于宮牆外造舍以居之，晝則治生，夜則巡警。」其後，定十二衛隨駕軍上直者，人給錢三百。二十八年，復于四門置舍，使恩軍為衛士執爨。恩軍者，得罪免死及諸降卒也。
永樂中，定製，諸衛各有分地。自午門達承天門左右，逮長安左右門，至皇城東西，屬旗手、濟陽、濟川、府軍及虎賁右、金吾前、燕山前、羽林前八衛。東華門左右至東安門左右，屬金吾、羽林、府軍、燕山四左衛。西華門左右至西安門左右，屬四右衛。玄武門左右至北安門左右，屬金吾、府軍後及通州、大興四衛。衛有銅符，頒自太祖。曰承，曰東，曰西，曰北，各以其門名也。巡者左半，守者右半。守官遇巡官至，合契而從事。各門守衛官，夜各領銅令申字牌巡警，自一至十六。內皇城衛舍四十，外皇城衛舍七十二，俱設銅鐸，次第循環。內皇城左右坐更將軍百，每更二十人，四門走更官八，交互往來，鈐印于籍以為驗。都督及帶刀、千百戶日各一人，領申字牌直宿，及點各門軍士。後更定都督府，改命侯、伯僉書焉。
洪熙初，更造衛士懸牌。時親軍缺伍，衛士不獲代。帝命選他衛軍守端、直諸門，尚書李慶謂不可。帝曰：「人主在布德以屬人心，苟心相屬，雖非親幸，何患焉。」宣德三年，命御史點閲衛卒。天順中，復增給事中一人。成化十年，尚書馬文升言：「太祖置親軍指揮使司，不隷五府。文皇帝復設親軍十二衛，又增勇士數千員，屬禦馬監，上直，而以腹心臣領之。比者日廢弛，勇士與諸營無異，皇城之內，兵衛無幾，諸監門卒尤疲羸，至不任受甲。宜敕禦馬監官，即見軍選練。仍敕守衛官常嚴步伍，譏察出入，以防微銷萌。」帝然其言，亦未能有所整飭。
