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世宗立，久之，從廷臣言，設文臣知兵者一人領京營。是時額兵十萬七千餘人，而存者僅半。專理京營兵部尚書李承勛請足十二萬之數。部議遵弘治中例，老者補以壯丁，逃、故者清軍官依期解補。從之。十五年，都御史王廷相提督團營，條上三弊：一，軍士多雜派，工作終歲，不得入操。雖名團營聽征，實與田夫無異。二，軍士替代，吏胥需索重賄，貧軍不能辦，老羸苟且應役，而精壯子弟不得收練。三，富軍憚營操徵調，率賄將弁置老家數中，貧者雖老疲，亦常操練。語頗切中。既而兩郊九廟諸宮殿之工起，役軍益多。兵部請分番為二，半團操，半放歸，而收其月廩僱役。詔行一年。自後邊警急，團營見兵少，僅選騎卒三萬，仍號東西官廳。餘者悉老弱，仍為營帥、中官私役。
二十九年，俺答入寇，兵部尚書丁汝夔核營伍不及五六萬人。驅出城門，皆流涕不敢前，諸將領亦相顧變色。汝夔坐誅。大學士嚴嵩乃請振刷以圖善後。吏部侍郎王邦瑞攝兵部，因言：「國初，京營勁旅不減七八十萬，元戎宿將常不乏人。自三大營變為十二團營，又變為兩官廳，雖浸不如初，然額軍尚三十八萬有奇。今武備積馳，見籍止十四萬餘，而操練者不過五六萬，支糧則有，調遣則無。比敵騎深入，戰守俱稱無軍。即見在兵，率老弱疲憊、市井游販之徒，衣甲器械取給臨時。此其弊不在逃亡，而在占役；不在軍士，而在將領。蓋提督、坐營、號頭、把總諸官，多世冑紈袴，平時占役營軍，以空名支餉，臨操則肆集市人，呼舞博笑而已。先年，尚書王瓊、毛伯溫、劉天和常有意振飭。然將領惡其害己，陰謀阻撓，軍士又習于驕惰，競倡流言，事復中止，釀害至今。乞大振乾綱，遣官精核。」帝是其言，命兵部議興革。
於是悉罷團營、兩官廳，復三大營舊制。更三千曰神樞。罷提督、監槍等內臣。設武臣一，曰總督京營戎政，以咸寧侯仇鸞為之；文臣一，曰協理京營戎政，即以邦瑞充之。其下設副參等官二十六員。已，又從部議，以四武營歸五軍營中軍，四勇營歸左右哨，四威營歸左右掖。各設坐營官一員，為正兵，備城守；參將二員，備征討。帝以營制新定，告于太廟行之。又遣四御史募兵畿輔、山東、山西、河南，得四萬人，分隷神樞、神機。各設副將一，而增能戰將六員，分領操練。大將所統三營之兵，居常名曰練勇，有事更定職名。五軍營：大將一員，統軍一萬，總主三營副、參、游擊、佐擊及坐營等官；副將二員，各統軍七千；左右前後參將四員，各六千；游擊四員，各三千。外備兵六萬六千六百六十人。神樞營：副將二員，各統軍六千；佐擊六員，各三千。外備兵四萬人。神機營亦如之。已，又定三大營官數：五軍營一百九十六員，神樞營二百八員，神機營一百八十二員，共五百八十六員。在京各衛軍，俱分隷三營。分之為三十營，合之為三大營。終帝世，其制屢更，最後中軍哨掖之名亦罷，但稱戰守兵兼立車營。
故事，五軍府皆開府給印，主兵籍而不與營操，營操官不給印，戎政之有府與印，自仇鸞始。鸞方貴幸，言于帝，選各邊兵六萬八千人，分番入衛，與京軍雜練，復令京營將領分練邊兵，於是邊軍盡隷京師。塞上有警，邊將不得徵集，邊事益壞。鸞死，乃罷其所置戎政廳首領官之屬，而入衛軍則惟罷甘肅者。
隆慶四年，大學士趙貞吉請收將權，更營制。極言戎政之設府鑄印，以數十萬眾統于一人，非太祖、成祖分府分營本意。請以官軍九萬分五營，營擇一將，分統訓練。詔下廷臣議。尚書霍冀言：「營制，世宗熟慮而後定，不宜更。惟大將不當專設，戎政不宜有印，請如貞吉言。」制曰「可」。於是三大營各設總兵一，副將二。其參佐等官，互有增損，各均為十人。而五軍營兵，均配二營，營十枝，屬二副將分統。以侯伯充總兵，尋改曰提督。又用三文臣，亦稱提督。自設六提督後，各持意見，遇事旬月不決。給事中溫純言其弊，乃罷，仍設總督、協理二臣。
萬曆二年，從給事中歐陽柏請，復給戎政印，汰坐營官二員。五年，巡視京營科臣林景暘請廣召募，立選鋒。是時，張居正當國，綜核名實，群臣多條上兵事，大旨在足兵、選將，營務頗飭。久之，帝厭政，廷臣漸爭門戶，習于偷惰，遂日廢弛。三十六年，尚書李化龍理戎政，條上京營積弊。敕下部議，卒無所振作。及兵事起，總督京營趙世新請改設教場城內，便演習。太常少卿胡來朝請調京軍戍邊，可變弱為強。皆無濟于用。
天啟三年，協理侍郎硃光祚奏革老家軍，補以少壯。老家怨，以瓦礫投光祚，遂不果革。是時，魏忠賢用事，立內操，又增內臣為監視及把牌諸小內監，益募健丁，諸營軍多附之。
莊烈帝即位，撤內臣，已而復用。戎政侍郎李邦華憤京營弊壞，請汰老弱虛冒，而擇材力者為天子親軍。營卒素驕，有疑其為變者。勛戚中官亦惡邦華害己，蜚語日聞。帝為罷邦華，代以陸完學，盡更其法。京營自監督外，總理捕務者二員，提督禁門、巡視點軍者三員，帝皆以禦馬監、司禮、文書房內臣為之，於是營務盡領于中官矣。十年八月，車駕閲城，鎧甲旌旗甚盛，群臣悉鸞帶策馬從。六軍望見乘輿，皆呼萬歲。帝大悅，召完學入禦幄獎勞，酌以金卮，然徒為容觀而已。
時兵事益亟。帝命京軍出防剿，皆監以中官。廩給優渥，挾勢而驕，多奪人俘獲以為功，輕折辱諸將士，將士益解體。周延儒再入閣，勸罷內操，撤諸監軍。京兵班師還。時營將率內臣私人，不知兵。兵惟注名支糧，買替紛紜，朝甲暮乙，雖有尺籍，莫得而識也。帝屢旨訓練，然日不過二三百人，未昏遂散。營兵十萬幸抽驗不及，玩愒佚罰者無算。帝嘗問戎政侍郎王家彥，家彥曰：「今日惟嚴買替之禁，改操練之法，庶可救萬一，然勢已晚。」帝不懌而罷。十六年，襄城伯李國禎總戎政，內臣王承恩監督京營。明年，流賊入居庸關，至沙河。京軍出禦，聞砲聲潰而歸。賊長驅犯闕，守陴者僅內操之三千人，京師遂陷。
大率京軍積弱，由於占役買閒。其弊實起於紈袴之營帥，監視之中官，竟以亡國雲。
京營之在南者，永樂北遷，始命中府掌府事官守備南京，節制在南諸衛所。洪熙初，以內臣司守備。宣德末，設參贊機務官。景泰間，增協同守備官。成化末，命南京兵部尚書參贊機務，視五部特重。先是，京師立神機營，南京亦增設，與大小二教場同練。軍士常操不息，風雨方免。有逃籍者，憲宗命南給事御史時至二場點閲。成國公硃儀及太監安寧不便，詭言軍機密務，御史詰問名數非宜。帝為罪御史，仍令守備參贊官閲視，著為令。
嘉靖中，言者數奏南營耗亡之弊。二十四年冬，詔立振武營，簡諸營鋭卒充之，益以淮揚趫〗捷者。江北舊有池河營，專城守，護陵寢。二營兵各三千，領以勛臣，別設場訓練。然振武營卒多無賴子。督儲侍郎黃懋官抑削之，遂嘩，毆懋官至死。詔誅首惡，以戶部尚書江東為參贊。東多所寬假，眾益驕，無復法紀。給事中魏元吉以為言，因舉浙直副總兵劉顯往提督。未至，池河兵再變，毆千戶吳欽。詔顯亟往，許以川兵五百自隨，事始定。隆慶改元，罷振武營，以其卒千餘仍隷二場及神機營。
