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太祖初起大軍北伐，開蹋場口、耐牢坡，通漕以餉梁、晉。定都應天，運道通利：江西、湖廣之粟，浮江直下；浙西、吳中之粟，由轉運河；鳳、泗之粟，浮淮；河南、山東之粟，下黃河。嘗由開封運粟，溯河達渭，以給陝西，用海運以餉遼卒，有事於西北者甚鮮。淮、揚之間，築高郵湖堤二十餘裡，開寶應倚湖直渠四十里，築堤護之。他小修築，無大利害也。
永樂四年，成祖命平江伯陳瑄督轉運，一仍由海，而一則浮淮入河，至陽武，陸輓百七十里抵衛輝，浮於衛，所謂陸海兼運者也。海運多險，陸輓亦艱。九年二月乃用濟寧州同知潘叔正言，命尚書宋禮、侍郎金純、都督周長浚會通河。會通河者，元轉漕故道也，元末已廢不用。洪武二十四年，河決原武，漫安山湖而東，會通盡淤，至是復之。由濟寧至臨清三百八十五里，引汶、泗入其中。泗出泗水陪尾山，四泉並發，西流至兗州城東，合於沂。汶河有二：小汶河出新泰宮山下；大汶河出泰安仙台嶺南，又出萊蕪原山陰及寨子村。俱至靜豐鎮合流，饒徂徠山陽，而小汶河來會。經寧陽北堈城，西南流百餘裡，至汶上。其支流曰洸河，出堈城西南，流三十里，會寧陽諸泉，經濟寧東，與泗合。元初，畢輔國始於堈城左汶水陰作斗門，導汶入洸。至元中，又分流北入濟，由壽張至臨清，通漳、禦入海。
南旺者，南北之脊也。自左而南，距濟寧九十里，合沂、泗以濟；自右而北，距臨清三百餘裡，無他水，獨賴汶。禮用汶上老人白英策，築壩東平之戴村，遏汶使無入洸，而盡出南旺，南北置閘三十八。又開新河，自汶上袁家口左徙五十里至壽張之沙灣，以接舊河。其秋，禮還，又請疏東平東境沙河淤沙三里，築堰障之，合馬常泊之流入會通濟運。又於汶上、東平、濟寧、沛縣並湖地設水櫃、陡門。在漕河西者曰水櫃，東者曰陡門，櫃以蓄泉，門以泄漲。純復浚賈魯河故道，引黃水至塌場口會汶，經徐、呂入淮。運道以定。
其後宣宗時，嘗發軍民十二萬，浚濟寧以北自長溝至棗林閘百二十里，置閘諸淺，浚湖塘以引山泉。正統時，浚滕、沛淤河，又於濟寧、勝三州縣疏泉置閘，易金口堰土壩為石，蓄水以資會通。景帝時，增置濟寧抵臨清減水閘。天順時，拓臨清舊閘，移五十丈。憲宗時，築汶上、濟寧決堤百餘裡，增南旺上、下及安山三閘。命工部侍郎杜謙勘治汶、泗、洸諸泉。武宗時，增置汶上袁家口及寺前鋪石閘，浚南旺淤八十里，而閘漕之治詳。惟河決則挾漕而去，為大害。
陳瑄之督運也，於湖廣、江西造平底淺般三千艘。二省及江、浙之米皆由江以入，至淮安新城，盤五壩過淮。仁、義二壩在東門外東北，禮、智、信三壩在西門外西北，皆自城南引水抵壩口，其外即淮河。清江浦者，直淮城西，永樂二年嘗一修閘。其口淤塞，則漕船由二壩，官民商船由三壩入淮，輓輸甚勞苦。瑄訪之故老，言：「淮城西管家湖西北，距淮河鴨陳口僅二十里，與清江口相值，宜鑿為河，引湖水通漕，宋喬維岳所開沙河舊渠也。」瑄乃鑿清江浦，導水由管家湖入鴨陳口達淮。十三年五月，工成。緣西湖築堤亙十里以引舟。淮口置四閘，曰移風、清江、福興、新莊。以時啟閉，嚴其禁。並浚儀真、瓜洲河以通江湖，鑿呂梁、百步二洪石以平水勢，開泰州白塔河以達大江。築高郵河堤，堤內鑿渠四十里。久之，復置呂梁石閘，並築寶應、汜光、白馬諸湖堤，堤皆置涵洞，互相灌注。是時淮上、徐州、濟寧、臨清、德州皆建倉轉輸。濱河置舍五百六十八所，舍置淺夫。水澀舟膠，俾之導行。增置淺船三千餘艘。設徐、沛、沽頭、金溝、山東、谷亭、魯橋等閘。自是漕運直達通州，而海陸運俱廢。
宣德六年用御史白圭言，浚金龍口，引河水達徐州以便漕。末年至英宗初再浚，並及鳳池口水，徐、呂二洪，西小河，而會通安流，自永、宣至正統間凡數十載。至十三年，河決滎陽，東衝張秋，潰沙灣，運道始壞。命廷臣塞之。
景泰三年五月，堤工乃完。未匝月而北馬頭複決，掣漕流以東。清河訓導唐學成言：「河決沙灣，臨清告涸。地卑堤薄，黃河勢急，故甫完堤而複決也。臨清至沙灣十二閘，有水之日，其勢甚陡。請於臨清以南浚月河通舟，直抵沙灣，不復由閘，則水勢緩而漕運通矣。」帝即命學成與山東巡撫洪英相度。工部侍郎趙榮則言：「沙灣抵張秋岸薄，故數決。請於決處置減水石壩，使東入鹽河，則運河之水可蓄。然後厚堤岸，填決口，庶無後患。」
明年四月，決口方畢工，而減水壩及南分水墩先敗，已，復盡沖墩岸橋樑，決北馬頭，掣漕水入鹽河，運舟悉阻。教諭彭塤請立閘以制水勢，開河以分上流。御史練綱上其策。詔下尚書石璞。璞乃鑿河三里，以避決口，上下與運河通。是歲，漕舟不前者，命漕運總兵官徐恭姑輸東昌、濟寧倉。及明年，運河膠淺如故。恭與都御史王竑言：「漕舟蟻聚臨清上下，請亟敕都御史徐有貞築塞沙灣決河。」有貞不可，而獻上三策，請置水閘，開分水河，挑運河。
六年三月，詔群臣集議方略。工部尚書江淵等請用官軍五萬以浚運。有貞恐役軍費重，請復陳瑄舊制，置撈淺夫，用沿河州縣民，免其役。
五月，浚漕工竣。七月，沙灣決口工亦竣，會通復安。都御史陳泰一浚淮、揚漕河，築口置壩。黃河嘗灌新莊閘至清江浦三十餘裡，淤淺阻漕，稍稍浚治，即復其舊。英宗初，命官督漕，分濟寧南北為二，侍郎鄭辰治其南，副都御史賈諒治其北。
成化七年，又因廷議，分漕河沛縣以南、德州以北及山東為三道，各委曹郎及監司專理，且請簡風力大臣總理其事。始命侍郎王恕為總河。二十一年敕工部侍郎杜謙浚運道，自通州至淮、揚，會山東、河南撫按相度經理。
弘治二年，河複決張秋，沖會通河，命戶部侍郎白昂相治。昂奏金龍口決口已淤，河併為一大支，由祥符合沁下徐州而去。其間河道淺隘，宜於所經七縣，築堤岸以衛張秋。下工部議，從其請。昂又以漕船經高郵甓社湖多溺，請於堤東開衤復河西四十里以通舟。越四年，河複決數道入運河，壞張秋東堤，奪汶水入海，漕流絶。時工部侍郎陳政總理河道，集夫十五萬，治未效而卒。
六年春，副都御史劉大夏奉敕往治決河。夏半，漕舟鱗集，乃先自決口西岸鑿月河以通漕。經營二年，張秋決口就塞，復築黃陵岡上流。於是河復南下，運道無阻。乃改張秋曰安平鎮，建廟賜額曰顯惠神祠，命大學士王鏊紀其事，勒於石。而白昂所開高郵衤復河亦成，賜名康濟，其西岸以石甃之。又甃高郵堤，自杭家閘至張家鎮凡三十里。高郵堤者，洪武時所築也。陳瑄因舊增築，延及寶應，土人相沿謂之老堤。正統三年易土以石。成化時，遣官築重堤於高郵、邵伯、寶應、白馬四湖老堤之東。而王恕為總河，修淮安以南諸決堤，且浚淮、揚漕河。重湖需民盜決溉田之罰，造閘達以儲湖水。及大夏塞張秋，而昂又開康濟，漕河上下無大患者二十餘年。
