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萬曆元年，河決房村，築堤AH子頭至秦溝口。明年，給事中鄭岳言：「運道自茶城至淮安五百餘裡，自嘉靖四十四年河水大發，淮口出水之際，海沙漸淤，今且高與山等。自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。於是邳州淺，房村決，呂、梁二洪平，茶城倒流，皆坐此也。今不治海口之沙，乃日築徐、沛間堤岸，桃、宿而下，聽其所之。民之為魚，未有已時也。」因獻宋李公義、王令圖浚川爬法。命河臣勘奏，從其所言。而是年秋，淮、河並溢。明年八月河決碭山及邵家口、曹家莊、韓登家口而北，淮亦決高家堰而東，徐、邳、淮南北漂沒千里。自此桃、清上下河道淤塞，漕艘梗阻者數年，淮、揚多水患矣。總河都御史傅希摯改築碭山月堤，暫留三口為泄水之路。其冬，並塞之。
四年二月，督漕侍郎吳桂芒言：「淮、揚洪潦奔沖，蓋緣海賓汊港久堙，入海止雲梯一徑，致海擁橫沙，河流泛溢，而鹽、安、高、寶不可收拾。國家轉運，惟知急漕，而不暇急漕，而不暇急民，故朝廷設官，亦主治河，而不知治海。請設水利僉事一員，專疏海道，審度地利，如草灣及老黃河皆可趨海，何必專事雲梯哉？」帝優詔報可。
桂芳復言：「黃水抵清河與淮合流，經清江浦外河，東至草灣，又折而西南，過淮安、新城外河，轉入安東縣前，直下雲梯關入海。近年關口多壅，河流日淺，惟草灣地低下，黃河衝決，駸駸欲奪安東入海，以縣治所關，屢決屢塞。去歲，草灣迤東自決一口，宜於決口之西開挑新口，以迎埽灣之溜，而於金城至五港岸築堤束水。語云：「救一路哭，不當復計一家哭。」今淮、揚、鳳、泗、邳、徐不啻一路矣。安東自眾流匯圍，只文廟、縣署僅存椽瓦，其勢垂陷，不如委之，以拯全淮。」帝不欲棄安東，而命開草灣如所請。八月，工竣，長萬一千一百餘丈，塞決口二十二，役夫四萬四千。帝以海口開濬，水患漸平，賚桂芳等有差。
未幾，河決韋家樓，又決沛縣縷水堤，豐、曹二縣長堤，豐、沛、徐州、睢寧、金鄉、魚台、單、曹田廬漂溺無算，河流嚙宿遷城。帝從桂芳請，遷縣治、築土城避之。於是御史陳世寶請復老黃河故道，言：「河自桃源三義鎮歷清河縣北，至大河口會淮入海。運道自淮安天妃廟亂淮而下，十里至大河口，從三義鎮出口向桃源大河而去，凡七十餘裡，是為老黃河。至嘉靖初，三義鎮口淤，而黃河改趨清河縣南與淮會，自此運道不由大河口而徑由清河北上矣。近者，崔鎮屢決，河勢漸趨故道。若仍開三義鎮口引河入清河北，或令出大河口與淮流合，或從清河西別開一河，引淮出河上游，則運道無恐，而淮、泗之水不為黃流所漲。」部覆允行。
桂芳言：「淮水向經清河會黃河趨海。自去秋河決崔鎮，清江正河淤澱，淮口梗塞。於是淮弱河強，不能奪草灣入海之途，而全淮南徙，橫灌山陽、高、寶間，向來湖水不逾五尺，堤僅七尺，今堤加丈二，而水更過之。宜急護湖堤以殺水勢。」部議以為必淮有所歸，而後堤可保，請令桂芳等熟計。報可。
開河、護堤二說未定，而河複決崔鎮，宿、沛、清、桃兩岸多壞，黃河日淤墊，淮水為河所迫，徙而南，時五年八月也。希摯議塞決口，束水歸漕。桂芳欲沖刷成河，以為老黃河入海之路。帝令急塞決口，而俟水勢稍定，乃從桂芳言。時給事中湯聘尹議導淮入江以避黃，會桂芳言：「黃水向老黃河故道而去，下奔如駛，淮遂乘虛湧入清口故道，淮、揚水勢漸消。」部議行勘，以河、淮既合，乃寢其議。
管理南河工部郎中施天麟言：
“淮、泗之水不下清口而下山陽，從黃浦口入海。浦口不能盡泄，浸淫高、寶邵伯諸湖，而湖堤盡沒，則以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又緣清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又緣黃河淤塞日高，淮水不得不讓河而南徙也。蓋淮水併力敵黃，勝負或亦相半，自高家堰廢壞，而清口內通濟橋、硃家等口淮水內灌，於是淮、泗之力分，而黃河得以全力制其敝，此清口所以獨淤於今歲也。下流既淤，則上流不得不決。
每歲糧艘以四五月畢運，而堤以六七月壞。水發之時不能為力，水落之後方圖堵塞。甫及春初，運事又迫，僅完堤工，於河身無與。河身不挑則來年益高。上流之決，必及於徐、呂，而不止於邳、遷；下流之涸，將盡乎邳、遷，而不止於清、桃。須不惜一年糧運，不惜數萬帑藏，開挑正河，寬限責成，乃為一勞永逸。
至高家堰、硃家等口，宜及時築塞，使淮、泗併力足以敵黃，則淮水之故道可復，高、寶之大患可減。若興、鹽海口堙塞，亦宜大加疏濬。而湖堤多建減水大閘，堤下多開支河。要未有不先黃河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。”事下河漕諸臣會議。
淮之出清口也，以黃水由老黃河奔注，而老黃河久淤，未幾復塞，淮水仍漲溢。給事中劉鉉請亟開通海口，而簡大臣會同河漕諸臣往治。乃命桂芳為工部尚書兼理河漕，而裁總河都御史官。桂芳甫受命而卒。
六年夏，潘季馴代。時給事中李淶請多浚海口，以導眾水之歸。給事中王道成則請塞崔鎮決口，築桃、宿長堤，修理高家堰，開復老黃河。並下河臣議。季馴與督漕侍郎江一麟相度水勢，言：
“海口自雲梯關四套以下，闊七八里至十餘裡，深三四丈。欲別議開鑿，必須深闊相類，方可注放，工力甚難。且未至海口，乾地猶可施工，其將入海之地，潮汐往來，與舊口等耳。舊口皆系積沙，人力雖不可浚，水力自能沖刷，海無可浚之理。惟當導河歸海，則以水治水，即浚海之策也。河亦非可以人力導，惟當繕治堤防，俾無旁決，則水由地中，沙隨水去，即導河之策也。
頻年以來，日以繕堤為事，顧卑薄而不能支，迫近而不能容，雜以浮沙而不能久。是以河決崔鎮，水多北潰，為無堤也。淮決高家堰、黃浦口，水多東潰，堤弗固也。不咎制之未備，而咎築堤為下策，豈通論哉！上流既旁潰，又岐下流而分之，其趨雲梯入海口者，譬猶強弩之末耳。水勢益分則力益弱，安能導積沙以注海？
故今日浚海急務，必先塞決以導河，尤當固堤以杜決，而欲堤之不決，必真土而勿雜浮沙，高厚而勿惜鉅費，讓遠而勿與爭地，則堤乃可固也。沿河堤固，而崔鎮口塞，則黃不旁決而沖漕力專。高家堰築，硃家口塞，則淮不旁決而會黃力專。淮、黃既合，自有控海之勢。又懼其分而力弱也，必暫塞清江浦河，而嚴司啟閉以防其內奔。姑置草灣河，而專復雲梯以還其故道。仍接築淮安新城長堤，以防其末流。使黃、淮力全，涓滴悉趨於海，則力強且專，下流之積沙自去，海不浚而闢，河不挑而深，所謂固堤即以導河，導河即以浚海也。”
又言：“黃水入徐，歷邳、宿、桃、清，至清口會淮而東入海。淮水自洛及鳳，歷盱、泗，至清口會河而東入海。此兩河故道也。元漕江南粟，則由揚州直北廟灣入海，未嘗溯淮。陳瑄始堤管家諸湖，通淮為運道。慮淮水漲溢，則築高家堰堤以捍之，起武家墩，經大、小澗至阜寧湖，而淮不東侵。又慮黃河漲溢，則堤新城北以捍之，起清江浦，沿鉢池山、柳浦灣迤東，而黃不南侵。
