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明初，設四部于中書省，分掌錢谷禮儀、刑名、營造之務。洪武元年始置吏、戶、禮、兵、刑 、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，尚書正三品，侍郎正四品，郎中正五品，員外郎正六品，主事正七品。仍隷中書省。六年，部設尚書二人，侍郎二人。吏部設總部、司勛、考功三屬部，部設郎中、員外郎各一人，主事各二人。十三年，罷中書省，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各設尚書、侍郎一人。惟戶部侍郎二人。每部分四屬部，吏部屬部加司封。每屬部設郎中、員外郎、主事各一人，尋增侍郎一人。二十二年，改總部為選部。二十九年，定為文選、驗封、稽勛、考功四司並五部屬，皆稱清吏司。建文中，改六部尚書為正一品，設左、右侍中，正二品位侍郎上，除去諸司清吏字。成祖初，悉複舊制。
永樂元年，以北平為北京，置北京行部尚書二人，侍郎四人，其屬置六曹清吏司。吏、戶、禮、兵、工五曹，郎中、員外郎、主事各一人。刑曹，郎中一人，員外郎一人，主事四人，照磨、檢校各一人，司獄一人。尋戶曹亦增設主事三人。後又分置六部，各稱行在某部。十八年定都北京，罷行部及六曹，以六部官屬移之北，不稱行在。其留南京者，加「南京」字。洪熙元年，復置各部官屬於南京，去「南京」字，而以在北京者加「行在」字，仍置行部。宣德三年復罷行部。正統六年，于北京去「行在」字，于南京仍加「南京」字，遂為定製。景泰中，吏部嘗設二尚書。天順初，復罷其一。
按吏部尚書，表率百僚，進退庶官，銓衡重地，其禮數殊異，無與並者。永樂初，選翰林官入直內閣。其後大學士楊士奇等加至三孤，兼尚書銜，然品敘列尚書蹇義、夏原吉下。景泰中，左都御史王文升吏部尚書，兼學士，入內閣，其班位猶以原銜為序次。自弘治六年二月，內宴，大學士丘濬遂以太子太保、禮部尚書，居太子太保、吏部尚書王恕之上。其後由侍郎、詹事入閣者，班皆列六部上矣。
戶部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人，正三品其屬，司務廳，司務二人，從九品浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司，各郎中一人。正五品。宣德以後增設山西司郎中三人，陝西、貴州、雲南三司郎中各二人，山東司郎中一人。員外郎一人，從五品。宣德七年增設四川、雲南二司員外郎各一人，後仍革。主事二人，正六品宣德以後增設雲南司主事七人，浙江、江西、湖廣、陝西、福建、河南、山西七司主事各二人，山東、四川、貴州三司主事各一人。照磨所，照磨一人，正八品檢校一人，正九品。所轄，寶鈔提舉司，提舉一人，正八品，副提舉一人。正九品典史一人，後副提舉、典史俱革。鈔紙局，大使、副使各一人，後革副使。印鈔局，大使、副使各一人，後俱革。寶鈔廣惠庫，大使一人，正九品，副使二人，從九品，嘉靖中革。廣積庫，大使一人，正九品，副使一人，從九品，典史一人，嘉靖中，副使、典史俱革。臓罰庫，大使一人，正九品，副使二人，從九品，嘉靖中革。甲字、乙字、丙字、丁字、戊字型檔，大使五人，正九品，副使六人，從九品，丁字型檔二人，嘉靖中革一人，並革乙字、戊字二庫副使。廣盈庫，大使一人，從九品副使二人。嘉靖中革。外承運庫，大使二人，正九品副使二人，從九品。後大使、副使俱革。承運庫，大使一人，正九品副使一人。從九品。嘉靖中革。行用庫，大使、副使各一人，後俱革。太倉銀庫，大使、副使各一人。嘉靖中，革副使。禦馬倉，大使一人，從九品副使一人。軍儲倉，大使一人，從九品副使一人，後大使、副使俱革。長安、東安、西安、北安門倉，各副使一人，東安門倉舊二人，萬曆八年革一人。張家灣鹽倉檢校批驗所，大使、副使各一人。隆慶六年並革。
尚書，掌天下戶口、田賦之政令。侍郎貳之。稽版籍、歲會、賦役實征之數，以下所司。十年攢黃冊，差其戶上下畸零之等，以周知其登耗。凡田土之侵佔、投獻、詭寄、影射有禁，人戶之隱漏、逃亡、朋充、花分有禁，繼嗣、婚姻不如令有禁。皆綜核而糾正之。天子耕耤，則尚書進耒耜。以墾荒業貧民，以占籍附流民，以限田裁異端之民，以圖帳抑兼併之民，以樹藝課農官，以芻地給馬牧，以召佃盡地利，以銷豁清賠累，以撥給廣恩澤，以給除差優復，以鈔錠節賞賚，以讀法訓吏民，以權量和市糴，以時估平物價，以積貯之政恤民困，以山澤、陂池、關市、坑冶之政佐邦國，贍軍輸，以支兌、改兌之規利漕運，以蠲減、振貸、均糴、捕蝗之令憫災荒，以輸轉、屯種、糴買、召納之法實邊儲，以祿廩之制馭貴賤。洪武二十五年，重定內外文武官歲給祿俸之制。正一品，一千四十四石。從一品，八百八十八石。正二品，七百三十二石。從二品，五百七十六石。正三品，四百二十石。從三品，三百一十二石。正四品，二百八十八石。從四品，二百五十二石。正五品，一百九十二石。從五品，一百六十八石。正六品，一百二十石。從六品，九十六石。正七品 ，九十石。從七品，八十四石。正八品，七十八石。從八品，七十二石。正九品，六十六石。從九品，六十石。未入流，三十六石。俱米鈔本折兼支。
