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至元改元，召為西夏中興等路行省郎中。中興自渾都海之亂，民間相恐動，竄匿山谷。文用至，鎮之以靜，乃為書置通衢諭之，民乃安。始開唐來、漢延、秦家等渠，墾中興、西涼、甘、肅、瓜、沙等州之土為水田若干，於是民之歸者戶四五萬，悉授田種，頒農具。更造舟置黃河中，受諸部落及潰叛之來降者。時諸王只必鐵木兒鎮西方，其下縱橫，需索無算，省臣不能支，文用坐幕府，輒面折以法。其徒積忿，譖文用於王，王怒，召文用，使左右雜問之，意叵測。文用曰：「我天子命史，非汝等所當問，請得與天子所遣為王傅者辨之。」王即遣其傅訊文用。其傅中朝舊臣，不肯順王意。文用謂之曰：「我漢人，生死不足計。所恨者，仁慈寬厚如王，以重戚鎮遠方，而其下毒虐百姓，凌暴官府，傷王威名，於事體不便。」因歷指其不法者數十事。其傅驚起，去白王，王即召文用謝之曰：「非郎中，我殆不知。郎中持此心事朝廷，宜勿怠。」自是譖不行而省府事頗立。二年，入奏經略事宜還，以上旨行之，中興遂定。
八年，立司農司，授山東東西道巡行勸農使。山東自更叛亂，野多曠土，文用巡行勸勵，無問幽僻。入登州境，見其墾闢有方，以郡守移剌某為能，作詩表異之。於是列郡咸勸，地利畢興，五年之間，政績為天下勸農使之最。十二年，丞相安童奏文用為工部侍郎，代紇石裡。紇石裡，阿合馬私人也。其徒既讒間安童罷相，即使鷹監奏曰：「自紇石裡去，工部侍郎不給鷹食，鷹且瘦死。」帝怒，促召治之，因急捕文用入見。帝望見曰：「董文用乃為爾治鷹食者耶！」置不問，別令取給有司。十三年，出文用為衛輝路總管，佩金虎符。郡當衝要，民為兵者十之九，余皆單弱貧病，不堪力役。會初得江南，圖籍、金玉、財帛之運，日夜不絶于道，警衛輸輓，日役數千夫。文用憂之曰：「吾民弊矣，而又重妨耕作，殆不可。」乃從轉運主者言：「州縣吏卒，足以備用，不必重煩吾民也。」主者曰：「汝言誠然，萬一有不虞，則罪將誰歸！」文用即手書具官姓名保任之。民得以時耕，而運事亦不廢。諸郡運江淮粟于京師，衛當運十五萬石，文用曰：「民籍可役者無幾，且江淮風水，舟不能以時至，而先為期會，是未運而民已困矣。」乃集旁郡通議，立驛置法，民力以舒。十四年，詣汴漕司言事。適漕司議通沁水北東合流禦河以便漕者，文用曰：「衛為郡，地最下，大雨時行，沁水輒溢出百十里間；雨更甚，水不得達于河，即浸淫及衛，今又引之使來，豈惟無衛，將無大名、長蘆矣。」會朝廷遣使相地形，上言：「衛州城中浮屠最高者，才與沁水平，勢不可開也。」事遂寢。
十六年，受代歸田裡，茅茨數椽，僅避風雨，讀書賦詩，怡然燕居。裕宗在東宮，數為台臣言：「董文用勛舊忠良，何以不見用？」十八年，台臣奏起文用為山北遼東道提刑按察使，不赴。十九年，朝廷選用舊臣，召文用為兵部尚書。自是朝廷有大議，未嘗不與聞。二十年，江淮省臣有欲專肆而忌廉察官，建議行台隷行省，狀上，集朝臣議之。文用議曰：「不可。御史台譬之臥虎，雖未噬人，人猶畏其為虎也。今虛名僅存，紀綱猶不振，一旦摧抑之，則風采OB然，無可復望者矣。昔阿合馬用事時，商賈賤役，皆行賄入官，及事敗，欲盡去其人，廷議以為不可，使阿合馬售私恩，而朝廷驟斂怨也。乃使按察司劾去其不可者，然後吏有所憚，民有所赴訴。則是按察司者，國家當飭勵之，不可摧抑也。」悉從文用議。
轉禮部尚書，遷翰林、集賢二院學士，知秘書監。時中書右丞盧世榮以貨利得幸權要，為貴官，陰結貪刻之黨，以錙銖掊克為功，乃建議曰：「我立法治財，視常歲當倍增，而民不擾也。」詔下會議，人無敢言者。文用陽問曰：「此錢取于右丞之家耶？將取之於民耶？取于右丞之家，則不敢知；若取諸民，則有說矣。牧羊者，歲嘗兩剪其毛，今牧人日剪其毛而獻之，則主者固悅其得毛之多矣，然而羊無以避寒熱，即死且盡，毛又可得哉！民財亦有限，取之以時，猶懼其傷殘也，今盡刻剝無遺，猶有百姓乎！」世榮不能對。丞相安童謂坐中曰：「董尚書真不虛食俸祿者。」議者出，皆謝文用曰：「君以一言折聚斂之臣而厚邦本，真仁人之言哉！」世榮竟以是得罪。
二十二年，拜江淮行中書省參知政事，文用力辭。帝曰：「卿家世非他人比。朕所以任卿者，不在錢谷細務也，卿當察其大者，事有不便，但言之。」文用遂行。行省長官者，素貴多傲，同列莫敢仰視，跪起稟白，如小吏事上官。文用至，則坐堂上，侃侃與論是非可否，無所遷就，雖數忤之，不顧也。有以帝命建佛塔于宋故宮者，有司奉行甚急，天大雨雪，入山伐木，死者數百人，猶欲並建大寺。文用謂其人曰：「非時役民，民不堪矣，少徐之如何？」長官者曰：「參政奈何格上命耶？」文用曰：「非敢格上命，今日之困民力而失民心者，豈上意耶！」其人意沮，遂稍寬其期。二十三年，朝廷將用兵海東，徵斂益急，有司大為奸利。文用請入奏事，大略言：「疲國家可寶之民力，取僻陋無用之小邦。」列其條目甚悉。言上，事遂罷。
二十五年，拜御史中丞。文用曰：「中丞不當理細務，吾當先舉賢才。」乃舉胡祗遹、王惲、雷膺、荊幼紀、許楫、孔從道十餘人為按察使，徐琰、魏初為行台中丞，當時以為極選。方是時，桑哥當國，恩寵方盛，自近戚貴人見之，皆屏息遜避，無敢誰何。文用以舊臣任中丞，獨不附之。桑哥令人風文用頌己功于帝前，文用不答。桑哥又自謂文用曰：「百司皆具食于丞相府矣。」文用又不答。會朔方軍興，糧糗粗備，而誅求愈急，文用謂桑哥曰：「民急矣。外難未解而內伐其根本，丞相宜思之。」於是遠邇盜賊蜂起，文用持外郡所上盜賊之目，謂桑哥曰：「百姓豈不欲生養安樂哉！急法暴斂使至此爾。御史台所以救政事之不及，丞相當助之，不當抑之也。御史台不得行，則民無所赴訴，民無所赴訴而政日亂，將不止於台事之不行也。」忤其意益深，乃摭拾台事百端。文用日與辨論，不為屈。於是具奏桑哥奸狀，詔報文用，語密而外人不知也。桑哥日誣譖文用於帝曰：「在朝惟董文用戇傲不聽令，沮撓尚書省，請痛治其罪。」帝曰：「彼御史之職也，何罪之有！且董文用端謹，朕所素知，汝善視之。」遷大司農。時欲奪民田為屯田，文用固執不可。遷為翰林學士承旨。
