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警巡院。至正十一年七月，升左、右兩巡院為正五品。十八年，又于大都在城四隅各立警巡分院，官吏視本院減半。
行中書省。至正十二年正月，江西、江浙行省皆除添設平章，陝西行省除添設右丞。閏三月，置淮南江北等處行中書省于揚州，以淮西宣慰司、兩淮鹽運司、揚州、淮安、徐州、唐州、安豐、蘄、黃皆隷焉。除平章二員，右丞、左丞各一員，參政二員，及首領官、屬官共二十五員。為頭平章，兼提調鎮南王傅府事。至十一月，始鑄淮南江北等處行中書省印給之。是年，江浙行省添設右丞、參政，四川行省添設參政。十六年五月，置福建等處行中書省于福州，鑄印設官，一如各處行省之制。以江浙行中書省平章左答納失裡、南台中丞阿魯溫沙為福建行中書省平章政事，福建閩海道廉訪使莊嘉為右丞，福建元帥吳鐸為左丞，司農丞訥都赤、益都路總管卓思誠為參政。以九月至福州，罷帥府，開省署。十七年九月，置山東行省，以大司農哈剌章為平章政事，鑄印與之。十八年，福建行省右丞朵歹分省建寧，參政訥都赤分省泉州。二十三年三月，置廣西行中書省，以廉訪使也兒吉尼為平章政事。又置膠東行省于萊陽，總制東方事。二十六年八月，置福建江西等處行中書省。
行樞密院。至元三年，伯顏右丞相奏準，于四川及湖廣、江西之境，及江浙，凡三處，各置行樞密院，以鎮遏好亂之民。每處設知院一員，同知、僉院、院判各一員。湖廣、江西二省所轄地裡險遠，添設同僉一員。各院經歷一員，都事二員，照磨一員，客省副使一員，斷事官二員，蒙古必闍赤二人，掾史六人，宣使六人，知印、怯裡馬赤各一人，斷事官譯史一人，令史二人，怯裡馬赤、知印各一人，奏差二人。至四年二月，遂罷之。至正十三年五月，嶺北行樞密院添設斷事官二員，先已設四員，共六員。又立鎮撫司，除鎮撫二員。立管勾所，置管勾一員，兼照磨。後又添設僉院二員、都事一員。十五年十月，置淮南江北等處行樞密院于揚州。十二月，河南行樞密院添設院判一員。十六年三月，置江浙行樞密院于杭州，知院二員，同知二員，副樞二員，僉院二員，同僉二員，院判二員。首領官：經歷、知事各一員，斷事官二員，經歷一員。十八年，以參政崔敬為山東等處行樞密院副使，分院于漷州，兼領屯田事。十九年八月，以察罕帖木兒為河南行省平章政事，兼河南山東等處行樞密院知院。二十六年八月，置福建江西等處行樞密院。
行御史台。至正十六年九月二十八日，命太尉納麟為江南諸道行御史台御史大夫，以次官員，各依等第選用。是日，御史台奉旨，移置行台于紹興。十二月，合台官屬，開台署事。是年，置河南廉訪司于沂州。十八年，御史台奏準，江西湖東道肅政廉訪司，權于建寧路開司署事。二十二年九月，權置山北廉訪司于惠州。二十三年六月，濟南路復置肅政廉訪司。二十五年閏十月，御史大夫完者帖木兒奏：「江南諸道行御史台衙門，嘗奉旨于紹興路開設，近因道梗，湖南、湖北、廣東、廣西、海北、江西、福建等處，凡有文書，北至南台，風信不便，徑申內台，未委事情虛實。宜于福建置分台，給降印信，俾湖南、湖北、廣東、廣西、海北、江西、福建各道文書，由分台以達內台，於事體為便。」有旨從之。十一月，仍置河東廉訪司于冀寧。
行宣政院。元統二年正月，革罷廣教總管府一十六處，置行宣政院于杭州。除院使二員，同知二員，副使二員，同僉、院判各一員。首領官：經歷二員，都事、知事、照磨各一員，令史八人，譯史二人，宣使八人。至元二年五月，西番寇起，置行宣政院，以也先帖木兒為院使往討之。至正二年，江浙行宣政院設崇教所，擬行中書省理問官，秩四品，以理僧民之事。
河南山東都水監。至正六年五月，以連年河決為患，置都水監，以專疏塞之任。
行都水監。至正八年二月，河水為患，詔于濟寧鄆城立行都水監。九年，又立山東河南等處行都水監。十一年十二月，立河防提舉司，隷行都水監，掌巡視河道，從五品。十二年正月，行都水監添設判官二員。十六年正月，又添設少監、監丞、知事各一員。
都水庸田使司。至元二年正月，置都水庸田使司于平江，既而罷之。至五年，復立。至正十二年，因海運不通，京師闕食，詔河南窪下水泊之地，置屯田八處，于汴梁添都水庸田使司，正三品，掌種植稻田之事。庸田使二員，副使二員，僉事二員。首領官：經歷、知事、照磨各一員，司吏十二人，譯史二人。
都總制庸田使司。至正十年，置河南江北等處都總制庸田使司，定置都總制庸田使二員，從二品；副使二員，從三品；僉司六員，從四品。首領官：經歷二員，從六品；都事二員，從七品；照磨兼管勾承發架閣一員，從八品；蒙古必BX赤、回回令使、怯裡馬赤、知印各一人，令史十八人，宣使十八人，壕寨十八人，典吏四人。其屬官，則有軍民屯田總管府，凡五處，置達魯花赤各一員，從三品；總管各一員，正五品；同知各一員，正六品；府判各一員，從七品。首領官：經歷各一員，從八品；知事各一員，從九品；提控案牘兼管勾承發架閣各一員，蒙古譯史各一人，司吏各六人，典吏各二人。又有農政司，置農政一員，正五品；農丞一員，正六品；提控一員，司吏二人。又有豐盈庫，置提領一員，正八品；大使、副使各一員，正九品。
分司農司。至正十三年正月，命中書右丞悟良哈台、左丞烏古孫良楨兼大司農卿，給分司農司印。西自西山，南至保定、河間，北至檀、順州，東至遷民鎮，凡系官地，及元管各處屯田，悉從分司農司立法募民佃種之。
大兵農司。至正十五年，詔有水田去處，置大兵農司，招誘夫丁，有事則乘機招討，無事則栽植播種。所置司之處，曰保定等處大兵農使司、河間等處大兵農使司、武清等處大兵農使司、景薊等處大兵農使司。其屬，有兵農千戶所，共二十四處；百戶所，共四十八處；鎮撫司各一。
大都督兵農司。至正十九年二月，置大都督兵農司于西京，以孛羅帖木兒領之，從其所請也。仍置分司十道，專掌屯種之事。
茶運司。元統元年十一月，復置湖廣江西榷茶都轉運司。
鹽運司。至正二年十一月，中書省奉旨講究鹽法，奏準于杭州、嘉興、紹興、溫台四處，各置檢校批驗所，直隷運司，專掌批驗鹽商引目，均平袋法稱盤等事。每所置檢校批驗官一員，從六品；相副官一員，正七品。
漕運司。至元二年五月，京畿都漕運司添設提調官、運副、運判各一員。至正九年，添設海道巡防官，給降正七品印信，掌統領軍人水手，防護糧船。巡防官二員，相副官二員。
防禦海道運糧萬戶府。至正十五年七月，升台州海道巡防千戶所為防禦海道運糧萬戶府。九月，置分府于平江。
