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神宗既祥，祖禹上疏宣仁後曰：「今即吉方始，服禦一新，奢儉之端，皆由此起。凡可以蕩心悅目者，不宜有加于舊。皇帝聖性未定，睹儉則儉，睹奢則奢，所以訓導成德者，動宜有法。今聞奉宸庫取珠，戶部用金，其數至多，恐增加無已，願止於未然。崇儉惇樸，輔養聖性，使目不視靡曼之色，耳不聽淫哇之聲，非禮勿言，非禮勿動，則學問日益，聖德日隆，此宗社無疆之福。」故事，服除當開樂置宴，祖禹以為因除服而開樂設宴，則似除服而慶賀，非君子不得已而除之之意，不可。
夏暑權罷講，祖禹言：「陛下今日之學與不學，系他日治亂。如好學，則天下君子欣慕，願立於朝，以直道事陛下，輔佐德業，而致太平；不學，則小人皆動其心，務為邪諂，以竊富貴。且凡人之進學，莫不于少時，今聖質日長，數年之後，恐不得如今日之專，竊為陛下惜也。」遷起居郎，又召試中書舍人，皆不拜。呂公著薨，召拜右諫議大夫。首上疏論人主正心修身之要，乞太皇太后日以天下之勤勞、萬民之疾苦、群臣之邪正、政事之得失，開導上心，曉然存之於中，使異日眾說不能惑，小人不能進。
蔡確既得罪，祖禹言：「自乾興以來，不竄逐大臣六十餘年，一旦行之，流傳四方，無不震聳。確去相已久，朝廷多非其黨，間有偏見異論者，若一切以為黨確去之，懼刑罰失中，而人情不安也。」
蔡京鎮蜀，祖禹言：「京小有才，非端良之士。如使守成都，其還，當使執政，不宜崇長。」時大臣欲于新舊法中有所創立。祖禹以為：「朝廷既察王安石之法為非，但當復祖宗之舊，若出於新舊之間，兩用而兼存之，紀綱壞矣。」遷給事中。
吳中大水，詔出米百萬斛、緡錢二十萬振救。諫官謂訴災者為妄，乞加驗考。祖禹封還其章，云：「國家根本，仰給東南。今一方赤子，呼天赴訴，開口仰哺，以脫朝夕之急。奏災雖小過實，正當略而不問。若稍施懲譴，恐後無復敢言者矣。」
兼國史院修撰，為禮部侍郎。論擇監司守令曰：「祖宗分天下為十八路，置轉運使、提點刑獄，收鄉長、鎮將之權悉歸於縣，收縣之權歸於州，州之權歸於監司，監司之權歸於朝廷。上下相維，輕重相制，建置之道，最為合宜。監司付以一路，守臣付以一州，令宰付以一縣，皆與天子分土而治，其可不擇乎？祖宗嘗有考課之法，專察諸路監司，置簿于中書，以稽其要。今宜委吏部尚書，取當為州者，條別功狀以上三省，三省召而察之，苟其人可任，則以次表用之。至官，則令監司考其課績，終歲之後，可以校優劣而施黜陟焉。如此則得人必多，監司、郡守得人，縣令不才，非所患也。」
聞禁中覓乳媼，祖禹以帝年十四，非近女色之時，上疏勸進德愛身，又乞宣仁後保護上躬，言甚切至。既而宣仁諭祖禹，以外議皆虛傳，祖禹覆上疏曰：「臣言皇帝進德愛身，宜常以為戒。太皇太后保護上躬，亦願因而勿忘。今外議雖虛，亦足為先事之戒。臣侍經左右，有聞于道路，實懷私憂，是以不敢避妄言之罪。凡事言于未然，則誠為過；及其已然，則又無所及，言之何益？陛下寧受未然之言，勿使臣等有無及之悔。」拜翰林學士，以叔百祿在中書，改侍講學士。百祿去，復為之。范氏自鎮至祖禹，比三世居禁林，士論榮慕。
宣仁太后崩，中外議論洶洶，人懷顧望，在位者畏懼，莫敢發言。祖禹慮小人乘間害政，乃奏曰：「陛下方攬庶政，延見群臣，此國家隆替之本，社稷安危之機，生民休戚之端，君子小人進退消長之際，天命人心去就離合之時也，可不畏哉？先後有大功于宗社，有大德于生靈，九年之間，始終如一。然群小怨恨，亦為不少，必將以改先帝之政、逐先帝之臣為言，以事離間，不可不察也。先後因天下人心，變而更化。既改其法，則作法之人有罪當退，亦順眾言而逐之。是皆上負先帝，下負萬民，天下之所仇疾而欲去之者也，豈有憎惡於其間哉？惟辨析是非，深拒邪說，有以奸言惑聽者，付之典刑，痛懲一人，以警群慝，則貼然無事矣。此等既誤先帝，又欲誤陛下，天下之事，豈堪小人再破壞邪？」初，蘇軾約俱上章論列，諫草已具，見祖禹疏，遂附名同奏，曰：「公之文，經世之文也。」竟不復出其稿。
祖禹又言：「陛下承六世之遺烈，當思天下者祖宗之天下，人民者祖宗之人民，百官者祖宗之百官，府庫者祖宗之府庫。一言一動，如臨之在上，質之在傍，則可以長享天下之奉。先後以大公至正為心，罷安石、惠卿所造新法，而行祖宗舊政。故社稷危而復安，人心離而復合，乃至遼主亦戒其臣勿生事曰：‘南朝專行仁宗之政矣。’外夷之情如此，中國之人心可知。先後日夜苦心勞力，為陛下立太平之基。願守之以靜，恭己以臨之，虛心以處之，則群臣邪正，萬事是非，皆瞭然于聖心矣。小人之情專為私，故不便于公；專為邪，故不便于正；專好動，故不便于靜。惟陛下痛心疾首，以為刻骨之戒。」章累上，不報。
忽有旨召內臣十餘人，祖禹言：「陛下親政以來，四海傾耳，未聞訪一賢臣，而所召者乃先內侍，必謂陛下私于近習，望即賜追改。」因請對，曰：「熙寧之初，王安石、呂惠卿造立新法，悉變祖宗之政，多引小人以誤國，勛舊之臣屏棄不用，忠正之士相繼遠引。又用兵開邊，結怨外夷，天下愁苦，百姓流徙。賴先帝覺悟，罷逐兩人，而所引群小，已佈滿中外，不可復去。蔡確連起大獄，王韶創取熙河，章惇開五溪，沈起擾交管，沈括、徐禧、俞充、種諤興造西事，兵民死傷皆不下二十萬。先帝臨朝悼悔，以謂朝廷不得不任其咎。以至吳居厚行鐵冶之法于京東，王子京行茶法于福建，蹇周輔行鹽法于江西，李稷、陸師閔行茶法、市易於西川，劉定教保甲于河北，民皆愁痛嗟怨，比屋思亂。賴陛下與先後起而救之，天下之民，如解倒縣。惟是向來所斥逐之人，窺伺事變，妄意陛下不以修改法度為是，如得至左右，必進奸言。萬一過聽而復用之，臣恐國家自此陵遲，不復振矣。」又論：「漢、唐之亡，皆由宦官。自熙寧、元豐間，李憲、王中正、宋用臣輩用事總兵，權勢震灼。中正兼干四路，口敕募兵，州郡不敢違，師徒凍餒，死亡最多；憲陳再舉之策，致永樂摧陷；用臣興土木之工，無時休息，罔市井之微利，為國斂怨。此三人者，雖加誅戮，未足以謝百姓。憲雖已亡，而中正、用臣尚在，今召內臣十人，而憲、中正之子皆在其中。二人既入，則中正、用臣必將復用，願陛下念之。」
時紹述之論已興，有相章惇意。祖禹力言惇不可用，不見從，遂請外。上且欲大用，而內外梗之者甚眾，乃以龍圖閣學士知陝州。言者論祖禹修《實錄》詆誣，又摭其諫禁中僱乳媼事，連貶武安軍節度副使、昭州別駕，安置永州、賀州，又徙賓、化而卒，年五十八
祖禹平居恂恂，口不言人過。至遇事，則別白是非，不少借隱。在邇英守經據正，獻納尤多。嘗講《尚書》至「內作色荒，外作禽荒」六語，拱手再誦，卻立云：「願陛下留聽。」帝首肯再三，乃退。每當講前夕，必正衣冠，儼如在上側，命子弟侍，先按講其說。開列古義，參之時事，言簡而當，無一長語，義理明白，粲然成文。蘇軾稱為講官第一。
