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時已命文彥博經略涇原，帝以涇原傷夷，欲對徙仲淹，遣王懷德喻之。仲淹謝曰：「涇原地重，第恐臣不足當此路。與韓琦同經略涇原，並駐涇州，琦兼秦鳳、臣兼環慶。涇原有警，臣與韓琦合秦鳳，環慶之兵，掎角而進；若秦鳳、環慶有警，亦可率涇原之師為援。臣當與琦練兵選將，漸復橫山，以斷賊臂，不數年間，可期平定矣。願詔龐籍兼領環慶，以成首尾之勢。秦州委文彥博，慶州用滕宗諒總之。孫沔亦可辦集。渭州，一武臣足矣。」帝採用其言，復置陝西路安撫、經略、招討使，以仲淹、韓琦、龐籍分領之。仲淹與琦開府涇州，而徙彥博帥秦，宗諒帥慶，張亢帥渭。
仲淹為將，號令明白，愛撫士卒，諸羌來者，推心接之不疑，故賊亦不敢輒犯其境。元昊請和，召拜樞密副使。王舉正懦默不任事，諫官歐陽修等言仲淹有相材，請罷舉正用仲淹，遂改參知政事。仲淹曰：「執政可由諫官而得乎？」固辭不拜，願與韓琦出行邊。命為陝西宣撫使，未行，復除參知政事。會王倫寇淮南，州縣官有不能守者，朝廷欲按誅之。仲淹曰：「平時諱言武備，寇至而專責守臣死事，可乎？」守令皆得不誅。
帝方鋭意太平，數問當世事，仲淹語人曰：「上用我至矣，事有先後，久安之弊，非朝夕可革也。」帝再賜手詔，又為之開天章閣，召二府條對，仲淹皇恐，退而上十事：
一曰明黜陟。二府非有大功大善者不遷，內外須在職滿三年，在京百司非選舉而授，須通滿五年，乃得磨勘，庶幾考績之法矣。二曰抑僥倖。罷少卿、監以上乾元節恩澤；正郎以下若監司、邊任，須在職滿二年，始得蔭子；大臣不得薦子弟任館閣職，任子之法無冗濫矣。三曰精貢舉。進士、諸科請罷糊名法，參考履行無闕者，以名聞。進士先策論，後詩賦，諸科取兼通經義者。賜第以上，皆取詔裁。余優等免選注官，次第人守本科選。進士之法，可以循名而責實矣。四曰擇長官。委中書、樞密院先選轉運使、提點刑獄、大藩知州；次委兩制、三司、御史台、開封府官、諸路監司舉知州、通判；知州通判舉知縣、令。限其人數，以舉主多者從中書選除。刺史、縣令，可以得人矣。五曰均公田。外官廩給不均，何以求其為善耶？請均其入，第給之，使有以自養，然後可以責廉節，而不法者可誅廢矣。六曰厚農桑。每歲預下諸路，風吏民言農田利害，堤堰渠塘，州縣選官治之。定勸課之法以興農利，減漕運。江南之圩田，浙西之河塘，隳廢者可興矣。七曰修武備。約府兵法，募畿輔強壯為衛士，以助正兵。三時務農，一時教戰，省給贍之費。畿輔有成法，則諸道皆可舉行矣。八曰推恩信。赦令有所施行，主司稽違者，重置於法；別遣使按視其所當行者，所在無廢格上恩者矣。九曰重命令。法度所以示信也，行之未幾，旋即厘改。請政事之臣參議可以久行者，刪去煩冗，裁為制敕行下，命令不至于數變更矣。十曰減徭役。戶口耗少而供億滋多，省縣邑戶少者為鎮，並使、州兩院為一，職官白直，給以州兵，其不應受役者悉歸之農，民無重困之憂矣。
天子方信向仲淹，悉採用之，宜著令者，皆以詔書畫一頒下；獨府兵法，眾以為不可而止。
又建言：「周制，三公分兼六官之職，漢以三公分部六卿，唐以宰相分判六曹。今中書，古天官塚宰也，樞密院，古夏官司馬也。四官散于群有司，無三公兼領之重。而二府惟進擢差除，循資級，議賞罰，檢用條例而已。上非三公論道之任，下無六卿佐王之職，非治法也。臣請仿前代，以三司、司農、審官、流內銓、三班院、國子監、太常、刑部、審刑、大理、群牧、殿前馬步軍司，各委輔臣兼判其事。凡官吏黜陟、刑法重輕、事有利害者，並從輔臣予奪：其體大者，二府僉議奏裁。臣請自領兵賦之職，如其無補，請先黜降。」章得象等皆曰不可。久之，乃命參知政事賈昌朝領農田，仲淹領刑法，然卒不果行。
初，仲淹以忤呂夷簡，放逐者數年，士大夫持二人曲直，交指為朋黨。及陝西用兵，天子以仲淹士望所屬，拔用之。及夷簡罷，召還，倚以為治，中外想望其功業。而仲淹以天下為己任，裁削幸濫，考覈官吏，日夜謀慮興緻太平。然更張無漸，規摹闊大，論者以為不可行。及按察使出，多所舉劾，人心不悅。自任子之恩薄，磨勘之法密，僥倖者不便，於是謗毀稍行，而朋黨之論浸聞上矣。
會邊陲有警，因與樞密副使富弼請行邊。於是，以仲淹為河東、陝西宣撫使，賜黃金百兩，悉分遺邊將。麟州新罹大寇，言者多請棄之，仲淹為修故砦，招還流亡三千餘戶，蠲其稅，罷榷酤予民。又奏免府州商稅，河外遂安。比去。攻者益急，仲淹亦自請罷政事，乃以為資政殿學士、陝西四路宣撫使、知邠州。其在中書所施為，亦稍稍沮罷。
以疾請鄧州，進給事中。徙荊南，鄧人遮使者請留，仲淹亦願留鄧，許之。尋徙杭州，再遷戶部侍郎，徙青州。會病甚，請潁州，未至而卒，年六十四。贈兵部尚書，謚文正。初，仲淹病，帝常遣使賜藥存問，既卒，嗟悼久之。又遣使就問其家，既葬，帝親書其碑曰「褒賢之碑。」
仲淹內剛外和，性至孝，以母在時方貧，其後雖貴，非賓客不重肉。妻子衣食，僅能自充。而好施予，置義莊裡中，以贍族人。泛愛樂善，士多出其門下，雖裡巷之人，皆能道其名字。死之日，四方聞者，皆為嘆息。為政尚忠厚，所至有恩，邠、慶二州之民與屬羌，皆畫像立生祠事之。及其卒也，羌酋數百人，哭之如父，齋三日而去。四子：純祐、純仁、純禮、純粹。
純祐字天成，性英悟自得，尚節行。方十歲，能讀諸書；為文章，籍籍有稱。父仲淹守蘇州，首建郡學，聘胡瑗為師。瑗立學規良密，生徒數百，多不率教，仲淹患之。純祐尚未冠，輒白入學，齒諸生之末，盡行其規，諸生隨之，遂不敢犯。自是蘇學為諸郡倡。寶元中，西夏叛，仲淹連官關陝，皆將兵。純祐與將卒錯處，鈎深擿隱，得其才否。由是仲淹任人無失，而屢有功。仲淹帥環慶，議城馬鋪砦，砦逼夏境，夏懼扼其沖，侵撓其役。純祐率兵馳據其地，夏眾大至，且戰且役，數日而成，一路恃之以安。純祐事父母孝，未嘗違左右，不應科第。及仲淹以讒罷，純祐不得已，蔭守將作監主簿，又為司竹監，以非所好，即解去。從仲淹之鄧，得疾昏廢，臥許昌。富弼守淮西，過省之，猶能感慨道忠義，問弼之來公耶私耶，弼曰「公」。純祐曰「公則可」。凡病十九年卒，年四十九。子正臣，守太常寺太祝。
純禮字彞叟，以父仲淹蔭，為秘書省正字，簽書河南府判官，知陵台令兼永安縣。永昭陵建，京西轉運使配木石磚甓及工徒于一路，獨永安不受令。使者以白陵使韓琦，琦曰：「范純禮豈不知此？將必有說。」他日，眾質之，純禮曰：「陵寢皆在邑境，歲時繕治無虛日，今乃與百縣均賦，曷若置此，使之奉常時用乎。」琦是其對。還朝，用為三司鹽鐵判官，以比部員外郎出知遂州。
