是故夕寐宵興，搜獎忠烈，潛構崎嶇，過于履虎，乘機奮發，義不圖全。輔國將軍劉毅、廣武將軍何無忌、鎮北主簿孟昶、兗州主簿魏詠之、甯遠將軍劉道規、龍驤參軍劉藩、振威將軍檀憑之等，忠烈斷金，精貫白日，荷戈俟奮，志在畢命。益州刺史毛璩，萬里齊契，掃定荊楚。江州刺史郭昶之奉迎主上，宮于尋陽。鎮北參軍王元德等並率部曲，保據石頭。揚武將軍諸葛長人收集義士，已據歷陽。征虜參軍庾賾之等潛相連結，以爲內應。同力協契，所在蜂起，即日斬僞徐州刺史安成王修、青州刺史弘。義衆既集，文武爭先，咸謂不有一統，則事無以輯。裕辭不獲命，遂總軍要，庶上憑祖宗之靈，下罄義夫之節，翦馘逋逆，蕩清京華。公侯諸君，或世樹忠貞，或身荷爵寵，而並俛眉猾豎，無由自效，顧瞻周道，寧不吊乎！今日之舉，良其會也。裕以虛薄，才非古人，受任于既頽之運，接勢于已替之機，丹誠未宣，感慨憤激。望霄漢以永懷，眄山川以增佇，投檄之日，神馳賊庭。
三月戊午，遇吳甫之於江乘，帝躬執長刀，大呼，即斬甫之。進至羅落橋，遇皇甫敷，檀憑之戰敗，死之，衆退，帝進戰彌厲，又斬敷首。初，帝建大謀，有工相者相帝與無忌等近當大貴，惟雲憑之無相。至是，憑之戰死，帝知其事必捷。
玄聞敷等沒，使桓謙屯東陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，義軍進至覆舟東，張疑兵，以油帔冠諸樹，佈滿山谷。帝先馳之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。因風縱火，煙焰張天，謙等大敗。玄始雖遣軍，而走意已決，別遣領軍殷仲文具舟石頭，聞謙敗，輕船南逸。
庚申，帝鎮石頭城，立留台百官，焚桓溫主于宣陽門外，造晉新主于太廟。遣諸將追玄，命尚書王嘏率百官奉迎乘輿。司徒王謐與衆議推帝領揚州，帝固辭，乃以謐爲錄尚書事、領揚州刺史，帝爲鎮軍將軍、都督八州諸軍事、徐州刺史、領軍將軍。初，晉陵人韋叟善相術，桓修令相帝當得州不，叟曰：「當得邊州刺史。」退而私于帝曰：「君相貴不可言。」帝笑曰：」若中，當相用爲司馬。」至是，叟詣帝曰：「成王不負桐葉之信，公亦應不忘司馬之言。今不敢希鎮軍司馬，願得領軍佐。」於是用焉。
時諸葛長人失期，爲刁逵執送，未至而玄敗。玄經尋陽，江州刺史郭昶之爲具乘輿法物。初，荊州刺史王綏以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚書左仆射愉有自疑志，並及誅。
四月戊子，奉武陵王遵爲大將軍，承製，大赦，惟桓玄一祖後不免。桓玄之篡，王謐佐命，手解安帝璽紱。及義旗建，衆謂謐宜誅，惟帝素德謐，保持之。劉毅嘗因朝會，問謐璽紱所在，謐益懼。及王愉父子誅，謐從弟諶謂謐曰：「王駒無罪而誅，此是翦除勝己，兄既桓氏黨附，求免得乎？」駒，愉小字也。謐懼，奔曲阿。帝箋白大將軍迎還，復其位。
玄挾天子走江陵，又浮江東下，與劉毅、何無忌、劉道規等遇于崢嶸洲，衆軍大破之。玄黨殷仲文奉晉二皇后還建鄴。玄復挾天子至江陵，因走南郡，太守王騰之、荊州別駕王康産奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣從孫佑之與參軍費恬送弟喪下州，璩弟子修之時爲玄屯騎校尉，誘玄入蜀，至枚回洲，恬與佑之迎射之，益州督護馮遷斬玄，傳首建鄴。玄從子振逃于華容之湧中，招集逆黨，襲江陵城，騰之、康産皆被殺。桓謙先匿沮川，亦聚衆應振。爲玄舉哀，立喪庭。謙率衆官奉璽綬于安帝。劉毅、何無忌進及桓振戰，敗績于靈溪。
十月，帝領青州刺史，甲仗百人入殿。
義熙元年正月，毅等至江津，破桓謙、桓振，江陵平。三月甲午，晉帝至自江陵。庚子，詔進帝侍中、車騎將軍、都督中外諸軍、錄尚書事。帝固讓，旋鎮丹徒。九月乙巳，加帝領兗州刺史。
盧循浮海破廣州，獲刺史吳隱之，即以循爲廣州刺史，以其黨徐道覆爲始興相。
二年三月，進帝督交、廣二州。十月，論匡複勛，封帝豫章郡公，邑萬戶，賜絹三萬疋。其餘封賞各有差。
三年十二月，司徒、錄尚書、揚州刺史王謐薨。
四年正月，征帝入輔，授侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，徐、兗二州刺史如故。表解兗州。先是，帝遣冠軍劉敬宣伐蜀賊譙縱，無功而還。九月，帝以敬宣挫退，遜位，不許。十月，乃降爲中軍將軍，開府如故。
五年二月，僞燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北討，以丹陽尹孟昶監中軍留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步軍進琅邪，所過築城留守。
超大將公孫五樓請斷大峴，堅壁清野以待，超不從。初謀是役，議者以爲賊若嚴守大峴，軍無所資，何能自反？帝曰：「不然。鮮卑性貪，略不及遠，既幸其勝，且愛其谷，必將引我，且亦輕戰。師一入峴，吾何患焉。」及入峴，帝舉手指天曰：「吾事濟矣。」衆問其故，帝曰：「師既過險，士有必死之志，餘糧棲畝，軍無匱乏之憂，勝可必矣。」
六月，超留羸老守廣固，使其廣甯王賀刺盧及公孫五樓悉力據臨朐。去城四十里有巨蔑水，超告五樓急據之。比至，爲龍驤將軍孟龍符所保，五樓乃退。
大軍分車四千兩爲二翼，方軌徐行，車張幰，禦者執肖，以騎爲遊軍，軍令嚴肅。比及臨朐，賊騎交至，帝命兗州刺史劉藩、并州刺史劉道憐等陷其陣。日向昃，戰猶酣，帝用參軍胡藩策，襲克臨朐，賊乃大奔。超遁還廣固，獲其玉璽、豹尾、輦等，送於都。丙子，克廣固大城，超固其小城。乃設長圍以守之，館谷于青土，停江、淮轉輸。
七月，超尚書郎張綱乞師于姚興，自長安反，泰山太守申宣執送之。綱有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：「汝不得張綱，何能爲也。」及至，升諸樓車以示之，城內莫不失色。超既求救不獲，綱反見虜，乃求稱藩，割大峴爲界，獻馬千匹，不聽。時姚興遣使，聲言將涉淮左，帝謂曰：「爾報姚興，我定青州，將過函谷，虜能自送，今其時矣。」錄事參軍劉穆之遽入曰：「此言不足威敵，容能怒彼。若鮮卑未拔，西羌又至，公何以待之？」帝乃笑曰：「此兵機也，非子所及。羌若能救，不有先聲，是自強也。」
十月，張綱修攻具成，設飛樓縣梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢無所用之。劉毅遣上黨太守趙恢以千餘人來援，帝夜潛遣軍會之。明旦，恢衆五千，方道而進，每晉使將到，輒復如之。六年二月丁亥，屠廣固，超踰城走，追獲之，斬于建康市。殺其王公以下，納生口萬餘，馬二千匹。
初，帝之北也，徐道覆勸盧循乘虛而出，循不從，道覆乃至番禺說循曰：「今日之機，萬不可失。若克京都，劉公雖還，無能爲也。」循從之。是月，寇南康、廬陵、豫章諸郡，郡守皆奔走。時帝將鎮下邳，進兵河、洛，及征使至，即日班師。鎮南將軍何無忌與道覆戰，敗死於豫章，內外震駭，朝議欲奉乘輿北走。帝次山陽，聞敗，卷甲與數十人造江上征問，知賊尚未至。
四月癸未，帝至都。劉毅自表南征，帝以賊新捷鋒鋭，須嚴軍偕進，使劉藩止之，毅不從。五月壬午，盧循敗毅于桑落洲。及審帝凱入，相視失色，欲還尋陽，平江陵，據二州以抗朝廷。道覆請乘勝遂下，爭之旬日，乃從。
