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禁止培根出書的，弗蘭西斯教團總管，聖博納梵圖拉（公元
1221—
1274）是個完全不同類型的人。他屬於聖安瑟勒姆的傳統，並擁護這人的本體論論證。他見到新亞里士多德主義與基督教有一種根本對立。他相信柏拉圖的諸理念，但認為這只有上帝才能全面認識。我們在他的著作中經常看到淵源於奧古斯丁的引用文，但卻找不出阿拉伯人著作的引用文，同時也絶少看到古代異教徒作品的引用文。
阿誇斯巴達人馬太（約公元
1235—
1302）是博納梵圖拉的追隨者，但卻多少接觸到一些新興哲學。他是個弗蘭西斯教團的僧侶，作過紅衣主教；曾以奧古斯丁主義的觀點反對聖托馬斯。但對他來說，亞里士多德，已經成了「大哲學家」；他不斷地引證他。除此以外也常提到阿維森納；和十分敬佩地引證聖安瑟勒姆與偽狄奧尼修斯；然而，他的主要的權威者乃是聖奧古斯丁。他說，我們必須在亞里士多德和柏拉圖之間找一條中間道路。柏拉圖的諸理念是「極端錯誤的」；它們建立智慧，但卻不建立知識。另一方面，亞里士多德同樣是錯誤的；他建立知識，但卻不建立智慧。我們的知識——他這樣下結論說——，是藉著低級的和高級的兩種事物，藉著外在的物體和觀念的理性所導致而來的。
鄧斯‧司各脫（約公元
1270—
1308年）繼續開展了弗蘭西斯教團對阿奎那的爭論。他生於蘇格蘭或烏勒斯特，在牛津大學參加弗蘭西斯教團。晚年在巴黎度過。他反對聖托馬斯，擁護純潔受胎說①，于此他博得了巴黎大學並終至全天主教教會的贊同。他是個奧古斯丁主義者，但卻比博納梵圖拉，或甚而比阿誇斯巴達人馬太那種極端的形式略為緩和；他和聖托馬斯的不同就象博納梵圖拉馬太兩人和托馬斯的情形一樣，其因於他的哲學中摻雜了較多的（經由奧古斯丁而來的）柏拉圖主義。
例如他討論這樣一個問題，「是否有任何確實而純粹的真理，不被非經創造的光的特殊照耀而能自然地為一個過路者的理智所知曉？」他論證說這是不可能的。在他開頭的議論中，他單純地引證聖奧古斯丁來維護這個觀點；他所遇到的唯一困難是羅馬人書第一章二十節：「自從造天地以來，上帝的一些不可見之事情，藉著所造之物就可明明得知。」②鄧斯‧司各脫是個穩健的實在論者。他相信自由意志，並趨向于裴拉鳩斯主義。他認為‧存‧在與‧本‧質沒有區別。他主要對‧顯‧證感到興趣，所謂顯證，就是不待證驗而得知的事物，顯證共有三種：（
1）自明的諸原理，（
2）由經驗而得知的事物，（
3）我們自己的行動。但若沒有神的照耀則我們便什麼也無從知道。
大多數弗蘭西斯教團僧侶都追隨鄧斯‧司各脫而不追隨阿奎那。
鄧斯‧司各脫認為既然存在與本質間沒有區別，「個別化原理」——也就是促使一物不同於另一物的原理——必定是形式，而不是質料。「個別化原理」是經院中的一項重要問題。
在不同的形式上一直到今天它還繼續成為一個問題。在不涉及某一特殊的作者範圍內，我們或可陳述該項問題如下。
個別物的諸性質中有的是本質的，另一些則是偶然的；某物的偶然性質，是那些可能失掉，而不致喪失其同一性的性質——有如一個人和他所戴的帽子的關係。於是生出這樣的問題：設有屬於一個種的兩個個別物，那末他們在本質上總是有所不同呢，抑或二者在本質上完全相同呢？聖托馬斯關於物質的實體主張後一種見解，但關於非物質的實體則主張前一種見解。鄧斯‧司各脫則認為兩個個別物之間在本質上‧永‧遠有區別。聖托馬斯的觀點依據以下的理論，這種理論認為由未經區分的部分組成的純物質只是藉著空間位置之相異而有所區別。因此，一個由身與心組成的人，在‧體‧質‧上只能藉著其身體的空間位置與另一個人有所區別。（理論上，這種情況也可能發生在同生孿身上。）鄧斯‧司各脫，在另一方面則認為設若物體有所區別，它們必定是由於質的差異
而有所不同。很顯然，這種觀點是比聖托馬斯的觀點更加接近於柏拉圖主義的。
在我們以現代術語述說這個難題以前，我們還必須經過種種不同的階段。由萊布尼茲改採取的第一步是消除本質的與偶然的諸性質之間的區別，這種區別有如經院哲學家們從亞里士多德那裡繼承的許多理論一樣，每當我們企圖細心闡述時，它便立即變得不現實起來。這樣我們得到的，不是「本質」，而是「對有關事物真實的一切命題」，（儘管如此，一般說來，空間與時間的位置仍將除外。）萊布尼茲爭辯說在這種意義上二物完全一樣是不可能的；這便是他那「無法識別的事物的同一性」原理。這個原理曾受到物理學家的批評，他們主張物質的兩個質點僅由於空間和時間的位置而可能完全有所不同。——相對性使這個觀點更加困難化了，因為相對性把時間與空間還原為諸關係。
使上項問題近代化時需要更進一步地取消「實體」這一概念。這樣做了以後，一個「物」只能成為一束性質，因為任何純粹的「物性」核心都不能存在了。設若拋棄了「實體」，那末我們似乎必須採用與其說近於阿奎那，毋寧說更多地近於司各脫的觀點。然而這事在有關空間和時間方面，卻會帶來更多的困難。對於這一問題，我曾在《意義和真理的探究》中的「專用名稱」章下就個人所見加以論述。
