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安布洛斯主教最初與皇室很是友好。在人們唯恐馬克西姆斯進犯意大利的時代，他曾作過被派往篡位者馬克西姆斯外交使節團中的一員。但不久便發生了以下的一場嚴重的糾紛。阿利烏斯派的皇太后查士丁娜要求把米蘭的一個教會讓給阿利烏斯教派，而安布洛斯拒絶了這項要求。群眾支持安布洛斯，在巴錫裡卡里擠滿了群眾。阿利烏斯教派的哥特人隊伍被派往該處強行佔據，但他們卻與群眾親如手足。安布洛斯在給他姐妹的一封情緒激昂的信中說：「伯爵們和護民官們來了，他們強迫我趕快移交巴錫裡卡，並聲稱這是執行皇帝的職權，因為一切都在皇帝的權限範圍之內。我回答說，如果皇帝所要的是屬於我的東西，例如我的地畝、金錢或諸如此類的私有物，雖然我所有的一切早已屬於窮人，但我絶不拒絶，然而凡是屬於上帝的卻不隷屬於皇權之下，’假如需要我的世襲財產，那麼就請沒收；如果要我的身體，我立刻就去。你們要把我投入縲紲呢，還是把我處死呢？我都將欣然承受。我既不想藉著群眾來保護自己，也不想抱住祭壇哀求性命；我寧願為祭壇喪掉生命。‘當我聽說武裝部隊被派往巴錫裡卡進行強占的時候，我當真極為振駭，深恐民眾在保衛巴錫裡卡時會引起一場屠殺，那就會為全城帶來危害。我祈禱上帝別讓我活着見到這樣一座大城，或整個意大利，遭到毀滅。」
這種恐怖並非言過其實，因為哥特人軍隊很有逞兇蠻幹起來的可能。正如二十年後他們在劫掠羅馬時所幹的那樣。安布洛斯的強硬有賴于群眾的支持。有人斥責他煽動群眾，但他回答說：「不去激動他們是我權限以內之事，但使他們平靜下來卻在於上帝的掌握。」據安布洛斯說，因為市民中間沒有一個阿利烏斯教派，所以阿利烏斯教派中誰也不敢挺身而出。當局正式命令他交出巴錫裡卡，軍隊也接到命令在必要時使用武力。然而他們終於拒絶使用武力，於是皇帝只好被迫作出讓步。在爭取教會獨立的鬥爭中取得了一次偉大的勝利；安布洛斯證明國家在某些事務上必須服從教會，並藉此建立了一項直到今日仍具有重要性的新原則。
接着他又和狄奧多修斯皇帝發生了一樁衝突。有一所猶太人會堂被焚燬了，東羅馬的伯爵報告說這事出於當地主教的唆使。皇帝敕令懲罰現行縱火犯；同時責令該主教重建這所猶太人會堂。聖安布洛斯既未承認也未否認該主教的共謀；但對皇帝有左袒猶太人反對基督徒情事甚表憤慨。設若該主教違抗命令並堅持到底，那末他將要變為一個殉道者。假如他屈服，那末他將要變為一個叛教者。假如伯爵決定用基督徒的錢來重建猶太人會堂，在這種情況下，皇帝就要有一個叛教的伯爵，而基督徒的錢財就要被用來支持異端。「難道應該掠奪教會的財物用來為猶太人的不信建立一所會堂嗎？難道應該把因着基督的恩賜，給基督徒帶來的教會基金移交給不信者的錢庫嗎？」他繼續說：「噢，皇帝陛下，大概這是為了維持法紀而促使你這樣做吧。然而在顯示法紀，與宗教的大義名分之間究竟哪一項更為重要呢？審判是需要服從宗教的。噢，皇帝陛下。您沒有聽說過嗎？當朱利安皇帝敕令重修耶路撒冷聖殿時，整理廢墟的人們曾為烈火焚盡了嗎？」
很明顯，聖安布洛斯的見解認為，猶太人會堂的焚燬是不該受到任何處分的。這就是教會在獲得了權力之後，立即開始煽動反閃族主義的一個範例。
皇帝和聖安布洛斯間，下一次的衝突給後者帶來了更大的威望。公元
390年，當狄奧多修斯皇帝在米蘭的時候，帖撒羅尼迦地方的暴徒，殺害了當地駐軍的指揮官。狄奧多修斯得訊後氣忿得無以復加，下令進行了一次駭人聽聞的報復。當群眾被集聚在競賽場時，軍隊突然襲擊他們，毫無差別地屠殺了至少七千人。聖安布洛斯事先曾設法諫止皇帝這樣作，但卻毫無成效。於是他給皇帝寫了一封義正辭嚴的信。這是一封涉及純粹道德問題，絲毫未曾涉及神學或教會權力問題的信件：
「在帖撒羅尼迦人的城裡發生了一件由我事先未能阻止的史無前例的事，事前我曾屢次諫止，當時我已說過這事當真是極其殘暴的。」大衛曾屢次犯罪，而且屢次懺悔認罪。狄奧多修斯是否也要這樣作呢？安布洛斯作了以下的決定：「假如陛下幸臨，我是不敢獻祭的。既然使一個無辜者流血之後都不能獻祭，難道而今在使眾人流血之後倒能獻祭嗎？我認為這是斷然不可以的。」
皇帝懺悔了，在米蘭教堂裡脫下紫袍，當眾舉行了懺悔式。自從那時期一直到公元
395年狄奧多修斯逝世為止，他和安布洛斯間從未再發生過任何摩擦。
安布洛斯雖是一個卓越的政治家，但在其他方面卻只不過是其所處的時代的典型人物而已。他象其他教會作家一樣，寫過讚揚童貞的論文；也寫過非難寡婦再嫁的論文。當他確定一所新建教堂地基的時候，可巧在那裡發現了兩具骸骨（據說曾在一次異象中顯過聖），人們發現這兩具骸骨能行奇事，於是安布洛斯宣稱，這是兩位殉道者的骸骨。在他的書信裡，他以當代特徵的輕信姿態敘述了其他奇蹟。作為一個學者，他不如傑羅姆；作為一個哲學家，他不如奧古斯丁；但作為一個智勇兼備、鞏固教會權力的政治家，他卻的確是第一流的人物。
