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在政府改信基督教以前，諾斯替教和摩尼教繼續盛行于世。在這時期以後，他們雖被迫隱蔽其信仰但卻仍然具有潛伏的勢力。穆罕默德曾經採用了諾斯替教派中某一宗派的教義。他們教導說耶穌是個普通人，在他受洗時神子降在他身上，而在他受難時就離起了他。為了固持這種見解他們引證以下的經文：「我的上帝，我的上帝，你為什麼離棄我。」——我們必須承認，基督徒經常感到這裡的經文難於理解。諾斯替教派認為上帝的兒子是不該降世為人，作為一個嬰孩，尤其是被釘死在十字架上。他們說這些事發生在人性耶穌身上，但是與上帝的聖子無關。穆罕默德雖不把耶穌當作神，卻承認耶穌是先知。他具有一種強烈的階級感情，認為先知是不應該有壞結局的。於是他採取了幻影教派（Docetics，屬於諾斯替教一支派）的觀點。按照這種說法：釘在十字架上的只是一個幻影。猶太人和羅馬人枉費心機地在這幻影上發泄了無效的復仇。如此，諾斯替教中某些成份終於納入了伊斯蘭教的正統教義之中。
基督徒對同時代的猶太人早就抱著敵對態度。公認的見解是上帝曾和先祖、先知等聖者講過話，預告了基督的來臨；但基督降世後猶太人卻不承認他，因此須把他們視為惡者。此外基督廢棄了摩西的律法，代之以愛上帝和愛鄰舍兩條戒命；而猶太人又執拗地未予以承認。所以一旦基督教變為國教，反閃族主義；以其中世紀的形式，在名義上便成為基督徒熱誠的表現。在以後的時代裡，經濟的動機雖燃起反閃族主義的烈焰，但這種動機在基督教羅馬帝國究竟起過多大作用，則似乎無法確定。
基督教希臘化的程度越深，它就越發變得神學化了。猶太人的神學一向是單純的。亞威從一個部族神發展成為創造天地唯一全能的上帝；當人們發覺上帝的公義並不給善人帶來地上的繁榮時，人們便把上帝的公義推托于天國之中，於是便產生了靈魂不死的信仰。但猶太教義通過其進化過程實未包含任何複雜的形而上學成份；其中沒有神秘，且為每個猶太人所能理解。
這種猶太人的單純性，從整體來看，仍舊標幟着共觀福音書（馬太、馬可、路加三福音書）的特徵，但已不見于約翰福音。在這書中基督已經和柏拉圖、斯多葛等學派的邏各斯等同起來了。神學形相的基督較人性的耶穌更使第四福音書的作者感到興趣。教父們尤其是這樣；在教父的著作中讀者將發現論及約翰福音的地方比論及其他三福音書的總和還要多。保羅書信特別在有關救贖的問題上包含許多神學；這些書信同時也說明作者是熟悉希臘文化的——其中有一段引自米楠德的話，還有一段經文是暗指那個指摘克里特人都是說謊者的、克里特人埃庇米尼底斯的，等等。——雖然如此，聖保羅說：「你們要謹慎，恐怕有人用他的理學和虛空的妄言……把你們擄去。」
希臘哲學和希伯來經典的綜合，在歐利根（公元
185-
254）以前或多或少一直停留在偶然的和片斷的階段。歐利根有如菲羅，住在亞歷山大里亞。該城由於商業與大學，從興建到衰落一直是博學的混合主義的中心。歐利根和他同時代的人普羅提諾，一同受業于阿摩尼阿斯‧薩卡斯。薩卡斯曾被許多人認為是新柏拉圖主義的創始人。歐利根的學說有如其著作原理論（De Prinoipiis）中所述，不但和普羅提諾的學說極其類似，而且事實上也超出了正統教義所能容許的範圍。歐利根說，除了上帝——聖父、聖子、聖靈以外，再沒有什麼完全不具形體的了。星辰是有生命、有理性之物，上帝曾賦予它們固有的靈魂。他認為太陽也能犯罪。人的靈魂，如柏拉圖所說是從創世以來就有的，在人誕生時便從某處到來附諸于騙人之身。努.斯.（Nous）——和靈魂之區別大致有如普羅提諾哲學中所述。努.斯.墮落就變成靈魂；靈魂有德時複變為努.斯.。最後所有靈魂都必完全歸順基督，並在那時不再具有形體。甚至連魔鬼在最後也要得救。
歐利根雖然為人承認是教父之一，但卻受到後世的譴責。說他主張以下四點邪說：
（
1）靈魂的先在性，有如柏拉圖所教導；
（
2）不只基督的神性，就連他的人性，在道成肉身前就已存在。
（
3）復活時，我們的身體將變為絶對虛無縹渺的東西。
（
4）所有人甚至魔鬼，最後都要得救。
聖傑羅姆對歐利根修訂舊約聖經表示過一些缺乏審慎的景仰，事後卻發覺最好用更多的時間和精力從事于駁斥歐利根神學上的錯誤。
歐利根不只在神學上越乎常軌；在年輕時曾犯過一項不可彌補的過失，因為他曾過分拘泥以下經文的字面解釋：「並有為天國的緣故自閹的。」為歐利根所輕率實行的這種逃避肉慾誘惑的方法受到了教會的譴責，此外這使他喪失了當選為聖職者的資格，對此有些教士似曾有過一些不同的見解，並因此引起一些不足為訓的爭論。
