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帝從壽春還，屯陳留郡界。太守孫邕見，出過勛。時營壘未成，但立標埒，邕邪行不從正道，軍營令史劉曜欲推之，勛以塹壘未成，解止不舉。大軍還洛陽，曜有罪，勛奏絀遣，而曜密表勛私解邕事。詔曰：「勛指鹿作馬，收付廷尉。」廷尉法議：「正刑五歲」。三官駁：「依律罰金二斤」。帝大怒曰：「勛無活分，而汝等敢縱之!收三官已下付刺奸，當令十鼠同穴。」太尉鐘繇、司徒華歆、鎮軍大將軍陳群、侍中辛毗、尚書衛臻、守廷尉高柔等並表「勛父信有功于太祖」，求請勛罪。帝不許，遂誅勛。勛內行既修，廉而能施，死之日，家無餘財。後二旬，文帝亦崩，莫不為勛嘆恨。
司馬芝字子華，河內溫人也。少為書生，避亂荊州，于魯陽山遇賊，同行者皆棄老弱走 ，芝獨坐守老母。賊至，以刃臨芝，芝叩頭曰：「母老，唯在諸君!」賊曰：「此孝子也，殺之不義。」遂得免害，以鹿車推載母。居南方十餘年，躬耕守節。
太祖平荊州，以芝為菅長。時天下草創，多不奉法。郡主簿劉節，舊族豪俠，賓客千餘家，出為盜賊，入亂吏治。頃之，芝差節客王同等為兵，掾史據白：「節家前後未嘗給繇，若至時藏匿，必為留負。」芝不聽，與節書曰：「君為大宗，加股肱郡，而賓客每不與役，既眾庶怨望，或流聲上聞。今條同等為兵，幸時發遣。」兵已集郡，而節藏同等，因令督郵以軍興詭責縣，縣掾史窮困，乞代同行。芝乃馳檄濟南，具陳節罪。太守郝光素敬信芝，即以節代同行，青州號芝「以郡主簿為兵。」遷廣平令。征虜將軍劉勛，貴寵驕豪，又芝故郡將，賓客子弟在界數犯法。勛與芝書，不著姓名，而多所屬托，芝不報其書，一皆如法。後勛以不軌誅，交關者皆獲罪，而芝以見稱。
遷大理正。有盜官練置都廁上者，吏疑女工，收以付獄。芝曰：「夫刑罪之失，失在苛暴。今臓物先得而後訊其辭，若不勝掠，或至誣服。誣服之情，不可以拆獄。且簡而易從，大人之化也。不失有罪，庸世之治耳。今宥所疑，以隆易從之義，不亦可乎!」太祖從其議。歷甘陵、沛、陽平太守，所在有績。黃初中，人為河南尹，抑強扶弱，私請不行。會內官欲以事托芝，不敢發言，因芝妻伯父董昭。昭猶憚芝，不為通。芝為教與群下曰：「蓋君能設教，不能使吏必不犯也。吏能犯教，而不能使君必不聞也。夫設教而犯，君之劣也；犯教而聞，吏之禍也。君劣於上，吏禍于下，此政事所以不理也。可不各勉之哉!」於是下吏莫不自勵。門下循行嘗疑門干盜簪，干辭不符，曹執為獄。芝教曰：「凡物有相似而難分者，自非離婁，鮮能不惑。就其實然，循行何忍重借一簪輕傷同類乎!其寢勿問。」
明帝即位，賜爵關內侯。頃之，特進曹洪乳母當，與臨汾公主侍者共事無澗神系獄。卞太后遣黃門詣府傳令，芝不通 ，輒敕洛陽獄考竟，而上疏曰：「諸應死罪者，皆當先表須報。前制書禁絶淫祀以正風俗，今當等所犯妖刑，辭語始定，黃門吳達詣臣，傳太皇太后令。臣不敢通，懼有救護，速聞聖聽，若不得已，以垂宿留。由事不早竟，是臣之罪，是以冒犯常科，輒敕縣考竟，擅行刑戮，伏須誅罰。」帝手報曰：「省表，明卿至心，欲奉詔書，以權行事，是也。此乃卿奉詔之意，何謝之有？後黃門復往，慎勿通也。」芝居官十一年，數議科條所不便者。其在公卿間，直道而行。會諸王來朝，與京都人交通，坐免。
後為大司農。先是諸典農各部吏民，末作治生，以要利人。芝奏曰：「王者之治，祟本抑末，務農重谷。《王制》：『無三年之儲，國非其國也。』《管子區言》以積穀為急。方今二虜未滅，師旅不息，國家之要，惟在谷帛。武皇帝特開屯田之官，專以農桑為業。建安中，天下倉廩充實，百姓殷足。自黃初以來，聽諸典農治生，各為部下之計，誠非國家大體所宜也。夫王者以海內為家，故《傳》曰：『百姓不足，君誰與足!』富足之由，在於不失時而盡地力。今商旅所求，雖有加倍之顯利，然于一統之計，已有不貲之損，不如墾田益一畝之收也。夫農民之事田，自正月耕種，耘鋤條桑，耕熯種麥，獲刈築場，十月乃畢。治廩系橋，運輸租賦，除道理梁，熯涂室屋，以是終歲，無日不為農事也。今諸典農，各言『留者為行者宗田計，課其力，勢不得不爾。不有所廢，則當素有餘力。』臣愚以為不宜復以商事雜亂，專以農桑為務，于國計為便。」明帝從之。
每上官有所召問，常先見掾史，為斷其意故，教其所以答塞之狀，皆如所度。芝性亮直，不矜廉隅。與賓客談論，有不可意，便面折其短，退無異言。卒於官，家無餘財，自魏迄今為河南尹者莫及芝。
芝亡，子岐嗣，從河南丞轉廷尉正，遷陳留相。梁郡有繫囚，多所連及 ，數歲不決。詔書徙獄于岐屬縣，縣請豫治牢具。岐曰：「今囚有數十，既巧詐難符，且已倦楚毒，其情易見。豈當復久處囹圄邪!」及囚至，詰之，皆莫敢匿詐，一朝決競，遂超為廷尉。是時大將軍爽專權，尚書何晏、鄧颺等為之輔冀。南陽圭泰嘗以言進指，考系廷尉。颺訊獄，將致泰重刑。岐數颺曰：「夫樞機大臣，王室之佐，既不能輔化成德，齊美古人，而乃肆其私忿，枉論無辜。使百姓危心，非此焉在？」颺於是慚怒而退。岐終恐久獲罪，以疾去官。居家未期而卒，年三十五。子肇嗣。
