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恭王去後，兩宮太后便傳懿旨，準即日奉梓官回京。怡、鄭二王等又開秘議。肅順道：「我們人宮去見太后再定。」三人人見，太后便諭道。”梓宮回京日子，你們擬好麼？”三人道：「聞得京城尚未平靜。」太后哼一聲道：「京城有何不平靜，你們受先生顧命，又自稱讚襄王大臣，自己問心，哪一事能對得起先王呢？就是董元醇一折，也有可採處。你們果肯竭誠贊襄，我輩女流，何必要干預政事。但梓宮奉安，幼主回京，這兩件事，究竟你們辦好沒有？」怡親主聽太后這話，心中不自在，便道：「我們贊襄皇上，也不能事事聽命太后。」太后大怒道：「我也叫你贊襄皇上，我等哪個要你贊襄？但皇上是天下共主，日不回京，人心一日不安，皇上也是一日不安，所以叫你們定個日子，奉喪扈駕，好早到京，把你們贊襄責任也卸了。」端華道：「只因京城未平定，故爾遲些。」西太后道：「京城早平定了，不必多疑，宜早回去為是。」三人退出，會議一策，預備派怡親王侍衛護送太后，于古北口將西太后刺死。
哪知西太后格外乖滑，密令侍衛榮祿帶一隊兵，緊緊跟隨。
到了奉襯啟行這日，照清室禮制，一切儀注行畢，太后及皇上先行，鸞輿在前，梓宮在後，以便在京奉迎。怡、鄭二王等見榮祿不離左右，竟不敢下手。一路安安穩穩到京。
九月二十九日，太后、皇上安抵京城北門，恭親王率王大臣出城迎接。東太后傳旨，令各王起身，恭王．謝恩，隨鸞輿入城。怡、鄭二王見城外總是軍營，心中惶恐，遂回原邸安歇一宵。次早起身，方思入朝，見恭王奕沂、大學土桂良等帶侍衛數十走來，便道：「有旨，着怡王解任。」怡王道：「我奉大行皇上梓宮，哪個令我解任？」忽見鄭親王亦走來，見兩人相爭，不知何故。恭王見鄭王亦到，說道：「真巧。現奉諭旨，着怡、鄭二王解任。」鄭王笑道：「上諭須要我等擬定，這諭旨是哪裡來的？」恭王道：「現放禦寶在上，難道不遵麼？」
怡王問：「此印何來？」恭王道：「大行皇帝臨終時，親給兩宮太后。」怡、鄭二王道：「太后不能解我的任。皇帝幼沖，更不必說。」恭親王聞言大怒道：「你兩個敢不接旨麼？」怡、鄭二王道：「無旨可接。」恭王道：「這禦寶是先皇傳授下來，你敢不算麼？」喝令侍衛將兩人拿下，怡、鄭二王道：「我兩人得何罪過？」恭王道：「你聽著。」遂宣讀諭旨。二王道：「你捏詞禍人，同你去見太后。」恭王遂令侍衛將二人牽出，三送宗人府交宗令看管，回宮復旨。畢竟西太后辣手，將怡、鄭二王先革去爵職，復着宗人府會見九卿嚴行議罪，另派睿親王仁壽、醇親王奕讓，速將肅順拿問。睿、醇二王奉旨，帶侍衛百名出城，托以迎接梓宮為名，誘擒肅順。行百餘里，正遇梓宮。兩王下馬口，肅順亦下馬相見，禮畢，二王又至梓宮前行過禮。肅順欲探鸞輿消息，並問兩宮太后及皇上安，二王說安，醇親王奕訴說到驛站再談。及至館驛，奕沂起身道：「有旨拿革員肅順。」肅順大驚道：「我犯何罪？」奕沂道：「多呢，至宗人府再諭。」肅順絮絮叨叨，也不多辯，命侍衛押着肅順，連夜進京。次日，便降旨將肅順革職，交宗人府議罪。
家產即着員發抄，即授恭親王奕沂為議政王，在軍機處行走。
過二日，梓宮至德勝門，太后及皇上出宮跪迎，奉梓宮入禁城，停乾清官。於是王大臣、大學士、都統等，請太后垂簾聽政，並擬新皇帝年號。初擬「祺祥」二字，嫌其意義重複，兩宮太后命軍機大臣改擬。議政王窺太后慈懷，擬以「同治」二字進呈。西太后見「同治」二字，寓意正合兩宮同治，遂以明年為同治元年，頒告天下。次日，即降旨一道，宣佈載垣、端華、肅順三人跋扈不臣，罪大惡極，有負先皇付託之重，免其凌遲，均着斬立決。三人既死，個個不敢違忤。清朝大政，一切皆歸西太后慈禧獨斷；東南軍務，專責成兩江總督曾國藩，令他統轄蘇、皖、贛三省，並浙江全省軍務，所有四省巡撫提鎮及以下官員，皆歸節制，此樣重大責任，從古未有。
且說湖北巡撫胡林翼，自太湖還援湖北，收復德安、黃州等處，積勞成病，得咯血症，竟歿于武昌，遺疏薦李續宜代己職，朝旨準允，即命續宜為湖北巡撫。曾國藩以轄地太廣，特薦左宗棠督辦浙江軍務，朝旨令左宗棠赴浙剿滅，提鎮以下，悉聽宗棠調遣。
卻說曾國荃自克安慶，只望一鼓殲賊，遂與國藩會商進攻江寧。國藩恐兵力不足，令國荃回湖南招募湘勇，以厚兵力。
朝旨賞國荃頭品頂戴，任浙江按察使；授鮑超浙江提督，恰是叫他援浙。是時浙江巡撫已改任王有齡。賊酋李秀成、李世賢，一竄安徽，一竄江西，皆被左宗棠、鮑超兩人殺得無處可入，仍竄浙江。時曾國荃于湖南募來數萬湘勇，與曾帥會商進攻江蘇。曾帥檄調各路兵馬，分路進剿。自己居中指揮，真是萬旅叢集，眼見太平天國保不住了。軍事倥傯，捷報飛陳：都興珂克天長，左宗棠克遂安，曾國荃、國葆連克數城，彭玉麟克巢縣、和州、太平府等城。”多隆阿擊敗陳玉成於廬州，玉成遁走，往依練總苗霈霖。玉成不知霈霖已受勝保招撫，被霈霖拿住，解勝保營，轉解京師。有旨將玉成正法。後來霈霖復叛，勝保亦因被逮口，此事不提。
