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使還，會保州兵亂，以為龍圖閣直學士、河北都轉運使。陛辭，帝曰：「勿為久留計。有所欲言，言之。」對曰：「臣在諫職得論事，今越職而言，罪也。」帝曰：「第言之，毋以中外為間。」賊平，大將李昭亮、通判馮博文私納婦女，修捕博文系獄，昭亮懼，立出所納婦。兵之始亂也，招以不死，既而皆殺之，脅從二千人分隷諸郡。富弼為宣撫使，恐後生變，將使同日誅之，與修遇于內黃，夜半，屏人告之故。修曰：「禍莫大於殺已降，況脅從乎？既非朝命，脫一郡不從，為變不細。」弼悟而止。
方是時，社衍等相繼以黨議罷去，修慨然上疏曰：「杜衍、韓琦、范仲淹、富弼，天下皆知其有可用之賢，而不聞其有可罷之罪。自古小人讒害忠賢，其說不遠。欲廣陷良善，不過指為朋黨；欲動搖大臣，必須誣以專權。其故何也？去一善人，而眾善人尚在，則未為小人之利。欲盡去之，則善人少過，難為一一求瑕，惟指以為黨，則可一時盡逐。至如自古大臣，已被主知而蒙信任，則難以他事動搖，惟有專權是上之所惡，必須此說，方可傾之。正士在朝，群邪所忌，謀臣不用，敵國之福也。今此四人一旦罷去，而使群邪相賀于內，四夷相賀于外，臣為朝廷惜之。」於是邪黨益忌修，因其孤甥張氏獄傅致以罪，左遷知制誥、知滁州。居二年，徙揚州、潁州。復學士，留守南京，以母憂去。服除，召判流內銓，時在外十一年矣。帝見其發白，問勞甚至。小人畏修復用，有詐為修奏乞澄汰內侍為奸利者。其群皆怨怒，譖之，出知同州，帝納吳充言而止。遷翰林學士，俾修《唐書》。奉使契丹，其主命貴臣四人押宴，曰：「此非常制，以卿名重故爾。」
知嘉二年貢舉。時士子尚為險怪奇澀之文，號太學體，修痛排抑之，凡如是者輒黜。畢事，向之囂薄伺修出，聚噪于馬首，街邏不能制。然場屋之習，從是遂變。
加龍圖閣學士、知開封府。承包拯威嚴之後，簡易循理，不求赫赫名，京師亦治。
旬月，改群牧使。《唐書》成，拜禮部侍郎兼翰林侍讀學士。修在翰林八年，知無不言。河決商胡，北京留守賈昌朝欲開橫壟故道，回河使東流。有李仲昌者，欲導入六塔河，議者莫知所從。修以為：「河水重濁，理無不淤，下流既淤，上流必決。以近事驗之，決河非不能力塞，故道非不能力復，但勢不能久爾。橫壟功大難成，雖成將複決。六塔狹小，而以全河注之，濱、棣、德、博必被其害。不若因水所趨，增堤峻防，疏其下流，縱使入海，此數十年之利也。」宰相陳執中主昌朝，文彥博主仲昌，竟為河北患。台諫論執中過惡，而執中猶遷延固位。修上疏，以為「陛下拒忠言，庇愚相，為聖德之累」。未幾，執中罷。狄青為樞密使，有威名，帝不豫，訛言籍籍。修請出之於外，以保其終，遂罷知陳州。修嘗因水災上疏曰：「陛下臨馭三紀，而儲宮未建。昔漢文帝初即位，以群臣之言，即立太子，而享國長久，為漢太宗。唐明宗惡人言儲嗣事，不肯早定，致秦王之亂，宗社遂覆。陛下何疑而久不定乎？」其後建立英宗，蓋原于此。
五年，拜樞密副使。六年，參知政事。修在兵府，與曾公亮考天下兵數及三路屯戍多少、地裡遠近，更為圖籍。凡邊防久缺屯戍者，必加搜補。其在政府，與韓琦同心輔政。凡兵民、官吏、財利之要，中書所當知者，集為總目，遇事不復求之有司。時東宮猶未定，與韓琦等協定大議，語在《琦傳》。英宗以疾未親政，皇太后垂簾，左右交構，幾成嫌隙。韓琦奏事，太后泣語之故，琦以帝疾為解，太后意稍不釋。修進曰：「太后事仁宗數十年，仁德著于天下。昔溫成之寵，太后處之裕如；今母子之間，反不能容邪？」太后意稍和。修復曰：「仁宗在位久，德澤在人，故一日晏駕，天下奉戴嗣君，無一人敢異同者。今太后一婦人，臣等五六書生耳，非仁宗遺意，天下誰肯聽從。」太后默然，久而之罷。
修平生與人盡言無所隱。及執政，士大夫有所幹請，輒面諭可否，雖台諫官論事，亦必以是非詰之，以是怨誹益眾。帝將追崇濮王，命有司議，皆謂當稱皇伯，改封大國。修引《喪服記》以為：「『為人後者，為其父母報。』降三年為期，而不沒父母之名，以見服可降而名不可沒也。若本生之親改稱皇伯，歷考前世，皆無典據。進封大國，則又禮無加爵之道。」故中書之議不與眾同。太后出手書，許帝稱親，尊王為皇，三夫人為後。帝不敢當。於是御史呂誨等詆修主此議，爭論不已，皆被逐。惟蔣之奇之說合修意，修薦為御史。眾目為奸邪，之奇患之，則思所以自解。修婦弟薛宗孺有憾于修，造帷薄不根之謗摧辱之，展轉達于中丞彭思永。思永以告之奇，之奇即上章劾修。神宗初即位，欲深譴修，訪故宮臣孫思恭，思恭為辨釋。修杜門，請推治。帝使詰思永、之奇，問所從來？辭窮，皆坐黜。修亦力求退，罷為觀文殿學士、刑部尚書、知亳州。明年，遷兵部尚書、知青州。改宣徽南院使、判太原府。辭不拜，徙蔡州。
修以風節自持，既數被污衊，年六十即連乞謝事，帝輒優詔弗許。及守青州，又以請止散青苗錢，為安石所詆，故求歸愈切。熙寧四年，以太子少師致仕。五年，卒，贈太子太師，謚曰文忠。
