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太尉馬日磾亦諫允道：「伯喈蔡邕字，見前文。曠世逸才，多識漢事，當令續成漢史為一代大典；今坐罪尚微，若遽處死刑，恐失人望。」允搖首道：「昔武帝不殺司馬遷，使作謗書，留傳後世；今國祚中衰，四郊多壘，若再使佞臣伴侍幼主，執筆舞文，不但無補聖德，並使我輩亦蒙訕議，我所以不便輕恕哩！」日磾退語同僚道：「王公恐將無後呢！善人足為國紀，製作乃是國典，今欲滅紀綱，廢典章，怎能長久？眼見是為禍不遠了！」邕非無罪，但處死未免太甚，日磾之言不為無見。允竟囑令獄吏，將邕逼死獄中。
是時卓婿牛輔，方移兵陝州，防禦朱儁，校尉李傕郭汜張濟等，擊敗儁軍，大掠陳留潁水諸縣，所過為墟。呂布使騎都尉李肅，先討牛輔，輔出兵與戰，將肅殺敗，肅竟遁還。布怒責道：「汝如何挫我鋭氣？敢當何罪！」肅因誅卓有功，仍不得遷官，亦懷怨望，免不得反唇相譏，布怎肯忍受？竟命左右推肅出轅，梟首軍門；可為丁原泄忿。遂欲親往擊輔。
輔素憚布勇，陰有戒心，手下兵士，亦皆惶懼，一夕數驚，輔知不可留，收拾金寶，帶得家奴胡赤兒等數人，棄營夜走。赤兒貪輔財物，竟將輔刺死，獻首長安。布既得輔首，復商諸王允，擬傳詔河南，盡誅李傕郭汜諸將，允撫然道：「此輩未嘗有罪，不宜盡誅！」布又請將董卓私財，頒賜公卿將校，允又不從。允與布雖同執朝政，但看布是一介武夫，未嫻文事，所以國家政事，往往獨斷獨行，不與布商。
布又意氣自矜，未肯相下，遂致兩人生隙，意見不同。允與仆射士孫瑞商議，擬下詔赦卓部曲，繼復自忖道：「彼既黨逆，不應輕赦，且俟將來再說。」嗣又欲悉罷李郭等軍，或勸允委任皇甫嵩出統各部，俾鎮陝州，允亦遲疑不決。當斷不斷，反受其亂。
李傕郭汜等部兵，俱系涼州丁壯，當時有訛言傳出，謂朝廷將盡誅涼州人，李郭張三將，互相告語道：「蔡伯喈為董公親厚，尚且坐罪。今我等既不見赦，復欲使我解兵，今日兵解，明日即盡被魚肉了！」當下議定一法，使人詣長安求赦，允仍不許，傕等益懼，不知所為，意欲各自解散，逃歸鄉裡。討虜校尉賈詡，本在牛輔麾下，輔死後，奔投傕軍，因即獻議道：「諸君若棄軍東走，一亭長便足縛君，不如相率西進，攻撲長安，為董公報仇，事得幸成，奉國家以正天下；否則走亦未遲。」一言喪邦，詡實禍首。
傕等遂傳諭部曲道：「京師不下赦文，我等總難免一死，今欲死中求生，計惟力攻長安，戰勝可得天下，不勝當抄掠三輔，奪取婦女財物，西歸故鄉，尚可延命。」全是盜賊思想。大眾聽著，應聲如雷，隨即一擁齊出，倍道西行。王允聞警，召入涼州弁目胡文才楊整修二人，忿然與語道：「關東鼠子，果欲何為？卿等可呼與同來，聽我發落！」片語可懾群虜麼？胡楊雖受命東往，心下很是不平，到了傕等營內，反言允布異心，勸他急進。
傕等沿路收兵，所有牛輔部下諸散卒，悉數趨附，還有董卓舊將樊稠李蒙等，亦同時會合，數約十餘萬人，直抵長安。呂布登城拒守，相持八日，部下有蜀兵生變，潛開城門，納入外兵，傕等縱兵四掠，闔城鼎沸，呂布仗戟與戰，自辰至午，雖得刺死多人，怎奈亂兵甚眾，並且拚死進來，前僕後繼，越戰越勇，布亦禁遏不住，部兵又多散去；不得已殺開血路，出走青瑣門，使人招王允同奔。允長嘆道：「若蒙社稷威靈，得安國家，乃允所素願，萬一無成，允惟有一死以謝。主上幼沖，所恃惟允，臨難苟免，允不忍為，請為允傳語關東諸公，努力國家，易危為安，允死亦瞑目了！」人之將死，其言也善。
布乃將卓頭懸諸馬下，帶領殘騎數百人，東出武關，投奔袁術去了。
傕等逐走呂布，遂率眾圍攻宮門，衛尉種拂憤然道：「為國大臣，不能禁暴禦侮，反使亂徒白刃向宮，去將安往？」說著，即帶著衛士，出宮力戰，終因寡不敵眾，受創捐軀；傕與汜突入南掖門，殺死太仆魯旭、大鴻臚周奐、城門校尉崔烈、越騎校尉王頎，此外吏民約死萬人。王允扶獻帝上宣平門樓，俯瞰外兵，幾如排牆相似，勢甚洶洶。獻帝尚有主宰，呼語傕等道：「卿等放兵縱橫，究懷何意？」傕等望見帝容，還算盡禮，即伏地叩頭道：「董卓為陛下盡忠，乃為呂布所殺，臣等前來，系是替卓報仇，非敢圖逆；待事畢以後，當自詣廷尉受罪！」獻帝又說道：「布已出走，卿等如欲執布，盡可往追，奈何圍攻宮門？」傕等又答道：「司徒王允，與布同謀，請陛下遣允出來，由臣等面問底細！」允得聞此言，拚生下樓，出語傕等道：「王允在此，汝曹有何話說。」傕等皆起指斥王允道：「太師何罪，被汝害死？」允張目道：「董卓罪不勝誅，長安士民，一聞卓死，無不稱慶，汝等獨不聞麼？」傕等復駁說道：「太師就使有罪，與我等無干，何故不肯赦免？」允復叱道：「汝等黨逆害民，怎得說是無罪？即如今日稱兵犯闕，豈非大逆？尚有何說？」傕等不與多言，竟揮兵將允擁去，且逼獻帝大赦天下，並自署官職，表請除授。
