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二十年三月，朝鮮東學黨亂作，乞援於中國，中國派兵前往，日本旋亦以兵往。李鴻章電駐日公使汪鳳藻，與日本政府抗議，日仍陸續出兵。及事平，駐韓道員袁世凱牒日本駐韓公使大鳥圭介，援約同時撤兵。日本外務省提出三項：一，中、日兩國兵協同平定韓國內亂；二，亂定後，兩國各設委員於京城，監督財政及吏治；三，募集公債，以為朝鮮改革經費。總署電令汪鳳藻答覆，略謂朝鮮內政，應由朝鮮自由改革，不應幹預。日本政府覆鳳藻，謂朝鮮缺獨立資格，日本為鄰邦交誼，不能不代謀救濟。既又提出二條件，謂無論中國政府贊成提案與否，日本軍隊決不撤回。中國主撤兵再議，日本則要求議定再撤兵，持久不下。
七月，日本遂宣戰，誤擊沈高升英船。時日本寓華商民，屬美領事保護，中國寓日商民，亦託美保護，美使調停無效。及戰事起，提督葉志超、衛汝貴守平壤牙山，先潰，左寶貴陣亡，海軍繼敗。於是日軍渡鴨綠江，九連城、鳳凰城、金州、海城、大連、旅順、蓋平、營口、登州次第失守，又破威海衛，襲劉公島，降提督丁汝昌，海軍艦盡熸。
初，日人志在朝鮮，至是並欲中國割地賠費，指索台灣，又提出四條件：一，派大員往東洋議約；二，賠兵費五萬萬；三，割旅順及鳳凰城以東地；四，韓為自主之邦。二十一年正月，命張廕桓、邵友濂赴日本議和，拒不納，乃再以李鴻章為全權。鴻章至日本，日本派伊藤博文、陸奧宗光為全權大臣，與鴻章會議於馬關，月餘不決。鴻章旋為日本刺客所傷，又命其子李經芳為全權幫辦，卒訂約十一款：認朝鮮獨立，割遼南及台灣，賠款二萬萬，且許以內地通商、內河行輪、製造土貨等事，暫行停戰。
張之洞、劉坤一等聞之，亟電力爭。俄國亦約法、德勸日讓還遼南。日索交台灣益亟，朝旨命台灣巡撫唐景崧交台，台民洶洶欲變，並引公法力爭。政府不得已，又因王文韶、劉坤一電阻，乃諭之曰：「新定和約，讓地兩處，賠款二萬萬，日人堅執非此不能罷兵。連日廷臣來奏，皆以和約為必不可準。目前事機至迫，和戰兩事，利害攸關，即應主斷。」命直陳。又命李鴻章覆電伊藤展期。鴻章以原議批准電知，若改約另議，適速其決裂，請暫行批換。乃派道員伍廷芳、聯元等往煙台換約。初限期四月十四日。及伍廷芳等至煙台，日使伊東美久治請速換約，限十四日申刻。廷芳駮以停戰至十四夜子刻為止，乃聽稍緩。亥刻換訖，伊東美久治即行。會台灣民變，將劫唐景崧、劉永福守台，別求各國查照公法，從公剖斷。於是日派水師提督樺山資紀赴台，限日交割。政府乃派李經芳為交付台灣大臣。經芳之澎湖，與樺山指交於舟次。自是台灣屬日矣。
尋議還遼，日派林董為全權，與李鴻章議商，辯論久不決。嗣定議分為六款：一，還遼南地；二，償兵費三千萬；三，交款三個月以內撤兵；四，寬貸日本軍隊占踞之間所有關涉日本之中國臣民；五，漢文、日本文遇有解譯不同之處，以英文為憑；六，兩國批准自署名蓋印之日起，遂在北京互換。復訂專條，於定議五日內互相達知，以期迅速。是為中日遼南條約。
先是中日新約第六款所列各條，如蘇州、杭州、重慶、沙市等處添設口岸，聽其任便往來；第二條，日本輪船得駛入各口搭客運貨；第三條，日本臣民得在中國內地購買經工貨件若自生之物；第四條，日本臣民得在中國製造各項工藝，又得將各項機器裝運進口，止交進口稅，日本在中國製造一切貨物，即照日本運入中國貨物一體辦理等節：朝廷因損失利權，欲輓救之。又值通商行船章程將開議，乃命中外臣工籌議。廖壽豐、譚繼洵、鹿傳霖均有論奏，而張之洞言尤切直，並擬辦法十九條，電總署代奏：「一，寧波口岸並無租界名目，洋商所居地在江北岸，即名曰洋人寄居之地，其巡捕一切，由浙海關道出費僱募洋人充當。今日本新開蘇、杭、沙市三處口岸，系在內地，與海口不同，應照寧波章程，不設租界名目，但指定地段縱橫四至，名為通商場。其地方人民管轄之權，仍歸中國，其巡捕、緝匪、修路一切，俱由地方官出資募人辦理，不准日人自設巡捕，以免侵我轄地之權。二，製造貨物，自系單指通商口岸而言，華文有含混內地之意，須更正。‘任便’兩字太寬，宜議定限制。三，出示曉諭產貨地方，須先完坐賈釐捐，方準售賣。無論洋商、華商，一律辦理。日本人在內地購買土貨，只可暫行租棧存放，不准自行開行，及自向散戶收買，以免奪我產貨地方坐賈釐稅，且杜華商影射洋票漏釐。四，內地收買土貨，準其租棧暫存，不准購買房地、懸掛招牌。所買土貨，務須運載出口，不得在內地轉售。洋貨運入內地，須大宗販賣，不准零售。租棧應給地方公舉費用，須照華民房屋一律攤派。五，日本人在內地製造土貨，出廠後即完正稅一道，運出通商地界，無論行銷內地及運出外洋，均須再完半稅一道。六，通商章程善後條約第二款所載各項器用食物進口，通商各口皆準免稅，原為洋商在各口岸自用。若作貨物轉售，應照值百抽五納稅，不得藉口家用雜物矇混免稅。七，日本輪船不准販運食鹽。八，米穀、銅錢不准販運出洋。九，軍火禁販，非有官買執照，不准進口。十，日本輪船不准拖帶民船，免致影射漏釐。十一，日本行內河輪船，尺寸大小、時刻早晚，須有限制，以免傷礙民船。十二，日本輪船隻準到指定口岸裝卸人貨，不准沿途起卸搭載。十三，內河輪船應收船鈔，須較長江加多，以備修理河道之費。十四，日本人入內地辦貨賣貨，不准薙發改為華裝，違者查出即作華人照奸細治罪。十五，僱用華民工作，須按日給值，聽其自原，不得立約限期，抑勒作工，鞭撻虐待。十六，裝運機器，製造各物，須無傷民命，方能照准，不得以‘任便’兩字藉口。十七，船隻非日本商人購置，行戶藉日本商資本不得懸掛日本旗，若有冒名包庇，查出即行充公。十八，製造各廠，如有藏匿犯法華人，一面由地方官知照領事，一面即派人到廠緝拏，廠主不得袒庇。如廠主確知為好人，須照洋例存銀作保，到審訊日交出候審。十九，廠內如有華工滋閙，毀傷機器廠屋，地方官只能辦犯，不能賠償。若僅罷工細故，應由廠主自行調停，官不與聞。」於是派張廕桓為全權大臣，與日本使臣林董議商約。林董交約稿四十款，之洞致總署請駮辯，即由全權另擬約本與林董議，屢延不決。是年開蘇州商埠，日人欲即行船，總署以租界未定，稅關未設，行船不便。日本又欲於租界設巡捕、立工程等局，總署援寧波章程，復不允。
二十二年正月，商約開議，張廕桓將日使原稿駮刪九款，駮改七款。惟第三十四款，日本官商財產，遇有辦理案件，均照相待最優之國一律；第三十五款，日本商民所有事件，均照中國臣民、中國船、中國貨並相待最優之國臣民、船貨一律相待；第三十六款，他國國家官員、船貨、人民得有利益，日本一律同獲其美：此三款日本舊約皆不得與各國均霑，不能過拒，乃照英約第二十四款，改作一條，刪此三款。遂定議。初，馬關約準開四口，本有均照向開海口及內地鎮市章程辦理之言。中國欲以寧波辦法為程，日本欲取法上海章程專管租界之條，乃不得不允矣。
是年開四口租界。初開沙市租界，因地窪下，要中國築堤，中國以與各國通例不符，卻之。又索漢口城外德國租界起沿江之地長三百丈作租界，中國以所索地在中國興辦鐵路應用限內，不許，惟許在德界千丈以外，偪近鐵路，讓給租界三百丈。因聲明兩條入條款：「一，偪近鐵路江岸，日本一年須自築堤岸，以資保障；二，所給界內軌道穿過之處，已為鐵路購用，若幹方數內，應仍歸鐵路總公司管業，兩不相礙」等語。二十四年三月，日使至總署，請沙市租界未定以前，日商運貨暫免釐金，許之。
