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十二年四月，日本使臣副島種臣來京換約，遣其隨員柳原前光、繙譯官鄭永寧詣總署詢三事：一詢澳門是否中國管轄，抑由大西洋主張？一詢朝鮮諸凡政令，是否由朝鮮自主，中國向不過問？一詢台灣生番戕害琉球人民，擬遣人赴生番處詰問等語。王大臣等當與辯正。尋命李鴻章為換約大臣，與之互換。副島種臣並致國書，慶賀大婚及親政大典。時各國因請覲，報可，副島種臣亦請面遞國書，許之。尋進賀儀方物，答以禮，並給璽書。副島種臣照會，使事畢回國。李鴻章以日本換約時，其上諭內僅蓋用太政官印，未用國璽，駮令換用。繙譯官鄭永寧謂：「本國向與西洋各邦換約，均鈐用太政官印。」鴻章謂：「見爾國副本，聲明鈐用國璽，又上海道抄送總領事井田讓等敕書，亦用國璽。」鄭永寧允回國換寄。時日本未設駐京公使，交涉事託俄使倭良嘎哩代辦。
十三年三月，日本兵船至廈門，聲稱赴台灣查辦生番。李鴻章致書總署，謂：「各國興兵，必先有文函知會，因何起釁。台灣生番一節，並未先行商辦，豈得遽爾稱兵？」既聞美人李讓禮帶領陸軍，又僱美國水師官領兵船，欲圖台灣。李鴻章復致總署，謂：「此事如果屬實，不獨日本悖義失好，即美人幫助帶兵，僱商船裝載弁兵軍械，均屬違背萬國公法，且與美約相助調處之意不符。應請美使遵照公法，撤回李讓禮等，嚴禁商船應僱裝載弁兵。日本既無文函知會，僅將電信抄送上海道。雲派員往台灣查問，難保不乘我不備，闖然直入閩省，應先派兵輪水師，往台灣各港口盤查瞭望，另調得力陸軍數千，即用輪船載往鳳山、琅軿附近一帶，擇要屯紮，為先發計。」乃日本兵船忽犯台灣番社，以兵船三路進攻，路各五六百人。生番驚竄，牡丹、高士佛、加芝來、竹仔各社鹹被焚。其時尚有兵輪船泊夏門。於是台灣戒嚴，命船政大臣沈葆楨渡台設防。葆楨密疏聯外交、儲利器、儲人才、通消息四事。閩浙總督李鶴年亦陳台灣地利，並遣水路各營分往鳳山、澎湖等處屯紮。
是月日本攻生番網索、加芝來等社，移兵脅龜仔角社，社番誓不降。帝命福建布政使潘霨赴台灣會商設防。五月，沈葆楨、潘霨率洋將日意格、斯恭塞格至台灣，奏陳理諭、設防、開禁等事，皆報可。初八日，潘霨偕台灣兵備道夏獻綸及洋將日意格、斯恭塞格等，乘輪船由安平出海抵琅軿。詣日營，晤中將西鄉從道，示以葆楨照會，略雲：「生番土地隷中國者二百餘年，殺人者死，律有明條，雖生番豈能輕縱。然此中國分內應辦之事，不當轉煩他國勞師糜餉。乃聞貴中將忽然以船載兵，由不通商之琅軿登岸。台民惶恐，謂不知開罪何端，使貴國置和約於不顧？及觀貴中將照會閩浙總督公文，方知為牡丹社生番戕害琉球難民而起。無論琉球雖弱，侭可自鳴不平。即貴國專意恤鄰，亦何妨照會總理衙門商辦。乃積累年之舊案，而不能候數日之回文，此中曲直是非，想亦難逃洞鑒。今牡丹社已殘毀矣，而又波及於無辜之高士佛等社。來文所稱殛其凶首者，謂何也？所稱往攻其心者，謂何也？幫辦潘布政使自上海面晤貴國柳原公使，已商允退兵，以為必非虛語。乃聞貴中將仍紮營牡丹社，且有將攻卑南社之謡。夫牡丹社戕琉球難民者也。卑南社救貴國難民者也。以德為怨，想貴中將必不其然。第貴中將知會閩浙總督公文，有佐藤利八至卑南番地亦被劫掠之語，誠恐謡傳未必無因。夫鳧水逃生者，有餘資可劫，天下有劫人之財，肯養其人數月不受值者耶？即謂地方官所報難民口供不足據，貴國謝函俱在，並未涉及劫掠一言。貴國所賞之陳安生，即卑南社生番頭目也。所賞之人即所誅之人，貴國未必有此政體。兩國和誼，載在盟府，永矢弗諼。本大臣敢不開誠佈公，以效愚者之一得，惟高明裁察見覆。」霨復造其營，從道辭以病。霨及獻綸遂遣人傳各社番目，至者凡十五社，譯傳大意，皆求保護。因諭令具狀，原遵約束，不敢劫殺。霨等宣示國家德意，加以犒賞。番目等鹹求設官經理，永隷編氓。霨等因從道不出，將還。從道復來謁，堅以生番非中國版圖為詞。及示以台灣府志所載生番歲輸番餉之數，與各社所具結狀，日將始婉謝。請遣人附我輪船，一至上海，致書柳原前光，一請廈門電報本國，暫止添兵。霨等遂返。
初，日本逐牡丹社番踞其地。旋有輪船二先後至，一逕往後山射藔港，一載兵二百、婦人十餘泊射藔港，攜食物什具農器，及花果草木各種，分植龜潭、後灣，為久居計。窺我兵力不厚，仍肆要求。沈葆楨請派水師提督彭楚漢率師來台灣。日旋增兵駐風港。沈葆楨急飭營將王開俊由東港進駐枋藔，以戴德一營由鳳山駐東港為後應。日人水野遵入豬朥索、高士佛諸社，又自後灣開道達龜山巔，其風港之營將分駐平埔為援應。因遣其通事彭城中平至琅軿，謁委員周有基，訊中國四處佈兵何意。有基以巡察應之。葆楨照會日將，勸令回兵。時李鴻章亦深慮台地兵單。及沈葆楨請借撥洋槍隊，即奏以提督唐定奎統軍赴台灣助防。葆楨亦奏稱：「澎湖為台、廈命脈所關，守備單弱，非大枝勁旅，仍無以壯民氣而戢戎心。請催迅速前來，庶台、澎氣脈藉以靈通，金、廈諸防亦資鞏固。」奉旨俞允。潘霨又偕前署鎮曾元福等赴鳳山舊城募土勇，並勵鄉團。因親履海口之打鼓山等處，踏勘要隘，建立兵柵，以待淮軍分駐。
是月柳原前光入京先謁李鴻章，鴻章遣道員孫士達往答拜，屬以到京後勿言兵費及請覲兩事。日本又遣大久保利通入京。美領事畢德格復出任調停，說鴻章仍允照柳原原議三條，並加撫卹賠命。
初，日人劉穆齋在花蓮港遭風，破船失銀，稱社番盜劫。沈葆楨命夏獻綸集訊其地居人及船戶，查無劫掠失銀之事。惟日人欲從生番租地，給有洋銀，番目來益不受而止，並繳出日本前給旗物。葆楨因奏言：「日本和約第三條，禁商民不准誘惑土人；第十四條，約沿海未經指定口岸，不准駛入；第二十七條，船隻如到不准通商口岸私作買賣，準地方官查拿。今台後歧萊地方，中國所轄，並非通商口岸。此次前赴歧萊之成富清風等，攜遊歷執照，勾引土番，均違和約。現已確查歧萊各社並無竊盜銀物。其繳出旗、扇各件，當即發交蘇松太道，轉給駐滬日本領事收回，將遊歷執照追銷。其違約妄為之處，應由彼國自行查辦。並錄民、番供結，咨呈總署，牒其外務省，轉飭日本領事照章辦理，以弭釁端。」從之。命速修安平砲台，及籌辦鐵甲船。續諭：「日本雖未啟兵端，然日久相持，終非了局。現淮軍續抵鳳山，羅大春業抵蘇澳、滬尾、鷄籠等口，調兵扼紮。」葆楨於是設防益嚴，日人乃謀撤兵。而西鄉從道仍遷延不即退，欲牡丹社賠給兵費。
柳原前光既至京，先遞照會有「台灣生番為無主野蠻，本不必問之中國」之語。先請覲見。總署責以：「台灣生番系中國地，不應稱為‘無主野蠻’。迭次來京，並未與中國商明，何以捏稱中國允許日本自行辦理？」柳原前光答辯。久之，始議定三條，給撫卹銀十萬，再給修道建房費四十萬兩，定期撤兵付銀，互換條約。於是大久保往琅軿，命領事福島九成謁沈葆楨陳五事：一，請派人受代；一，請撤銷兩國大臣來往公文；一，請被害遺骸於收埋處建碑表墓，並許日人以後登岸掃祭；一，請以後台灣交涉事件，由中國官交廈門領事。葆楨以撫局已成，允之。惟於登岸掃祭一節，覆以須有領事官鈐印執照，祭畢即歸。遂各遣員交代。事訖，西鄉從道率兵去。
