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埃瑪的感情表現在她給她的姨母西斯蒙迪夫人的信中：「當您向我詢問查理·達爾文的為人時，我認為他好的地方，我連一半也沒有告訴給您，因為我擔心您會有所懷疑……他在上星期四又同姨母範妮回來了，並在星期日向我求婚，這完全出乎我的意料之外，因為我想，我們將保持像過去那些年彼此所具有的友誼，而不是像在此事之後將發生的情況。我太難為情了，整天都充滿了幸福感，因為家裡客人很多，除了父親、伊麗莎白、卡羅琳外，我們誰也沒有告訴。親愛的爸爸，我希望您能看到他的快樂的眼淚，因為爸爸對查理一向評價很高……晚上我到了他們的房間，我們坐了很久，一直談到很晚；我感到餓了，於是漢斯利到廚房去拿乳酪，找到了一塊小白麵包、兩塊牛油和一把小刀，還給我們做了一盤精美的小菜…… 我從前就知道，他
達爾文是一個襟懷極其坦白的人，每句話都表現他的真正思想。他是一個令人非常喜愛的人，他對自己的父親和姐妹們非常有禮貌，他的性格非常溫和……我感到高興的是，他是一個積極肯幹的人……我感到我每天的生活都是幸福的，查理很喜歡梅爾這個地方：我相信，只要可能，他隨時都準備到農村去……我並不像姨母薩拉那樣，查理不喝酒，這一點我並不在乎，可我認為，這一點倒是令人高興的。
對於我命運中這個真正的轉折我本不想告訴您，但是我遲早總得讓您知道……休息一陣之後，我本已動身去做禮拜，但我發現，我變成了一個白痴，於是又半路返回。」
達爾文這時候更忙了，每天早晨他都要寫關於南美洲鳥類的生物學著作，他還得一個人單獨或得同哥哥愛拉士姆·阿爾凡一起去逛倫敦大街，看看有沒有出租的房子，以便他在同埃瑪結婚後能夠住在那裡。賴爾夫婦當時特別關心此事。
埃瑪到倫敦去幫助達爾文尋找房子，同他一起去看戲。最後在上高爾街選中了一套油漆得很漂亮的房子，於是便把單身什物搬到了那裡。
這座老房子之所以吸引了這對年輕人，主要是因為它有一個小花園。
1839年
1月
29日在梅爾舉行了婚禮，這對年輕人很快就去了倫敦。
在婚後的最初一個時期，他們把很多時間用於接待客人的來訪，到最親近的人和熟人那裡赴宴和回訪他們的熟人。別人的這些拜訪可能使達爾文比他的妻子更加激動。
扎德教授在描寫達爾文這位熱情的主人當時給客人們留下的感覺時說，「我不知道有誰在同他接觸時而能不被他的個性迷住的。誰能夠忘記他的見面時那種親切的握手和在離別時那種溫柔地、長時間地不斷撫摸手掌的情景，而主要的是，誰能忘記他那引起面部整個表情變化的誘人的微笑……人們在迴首往事時往往忘記哲學家深奧的哲理，而想起主人的熱情好客。」
一般來說，達爾文夫婦几乎放棄了社交活動，過着非常安靜、深居簡出的生活。可是，達爾文的健康情況顯然越來越壞了，因此他不得不到梅爾和希魯茲伯裡再次長期休息。
1839年底，達爾文添了一個兒子。
他對兒子的觀察後來反映在他寫的《論感覺的表現》這本書中。父親愛孩子的情感是如此的強烈，以致連他本人都覺得有點意外。
2物種和變種的研究他繼續整理自己的地質論文，特別是《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂礫和冰川》。他在地質學會作《關於某些火山現象之間的聯繫》的報告，他研究《「比格爾」號動物學》的鳥類部分，即他在南美蒐集的那些鳥的生活方式和分佈情況，鳥類學家古爾路德對這些鳥進行了鑒定和描寫。
在達爾文沒有擺脫蒐集資料和思考理論這一階段以前，他一直從事關於物種和變種的研究工作。
1841年
1月，他寫信給有經驗的養禽家福克斯說：「我將以感激的心情接受您的最微小的資料；對各種家禽和哺乳動物
如狗、貓等等通過各種雜交而產生的後代的記述都是很珍貴的。」達爾文請求福克斯，如果他那裡有雜交的非洲貓要死去的話，為了得到骨骼，請把它的屍體裝在一個小盒子裡寄來，並請求將由雜交而生出來的鴿、鷄、鴨也寄來。這些東西對他來說「比得到任何鹿腿或最好的烏龜都更有價值」。
3《珊瑚礁的構造和分佈》
1841年初，他的那部關於珊瑚礁的著作終於問世了，書名是《珊瑚礁的構造和分佈》。關於這部著作的基本思想，我們已經談過。不過有趣的是這部著作的成書情況。在這部著作中，已經談到了達爾文所使用的不同於他的所有其他著作的那些方法的特點：
第一是內容的廣泛性，他掌握了研究對象的所有詳細情節 ；第二是高度的概括性，他尋求並且找到了最能充分說明被考察的現象的規律；第三，他並沒有閉着眼睛不看他總結時所遇到的各種困難，不但如此，他好像預先就在尋找這些困難，為的是克服它們，對它們加以專門解釋，從而預防人們可能向他提出各種反駁意見；第四，他能從各個方面觀察所研究的對象，在對研究對象進行考察時，他既是地質學家和地貌學家，又是動物學家，一句話，他是一個廣義上的博物學家。
這樣，他就一步一步地使讀者相信，儘管有種種難懂、含糊和矛盾之處，但是他的觀點是最能為人們所接受的。
