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達爾文認為：如果在絶滅的和現代的種類之間有什麼聯繫的話，那麼這種聯繫就是繁殖。他在筆記中寫道：「連續的繁殖說明，為什麼現代的動物屬於已經絶滅的類型；這是一條几乎已被證明了的規律……”「如果一種物種產生出其他的物種，也就是說，如果它們發生變異的話，它們的族就不會徹底滅亡，因為它們就像用種子進行繁殖的『金萊茵特蘋果』一樣而繼續存在。」地理擴展方面的事實也向達爾文提出了進化的說明。為什麼在某些地區動物屬於一定的類型，這一定有某種原因。
為什麼羚羊在非洲，而袋鼠卻在澳洲？當然，這不是因為有兩個不同的創造者，而是由於「羚羊的共同祖先在非洲，袋鼠的祖先在澳洲」。這不能不使他提出關於現代的貧齒動物和絶滅的貧齒動物之間的種屬問題。他在筆記中寫道：「我認為，在南美洲，大懶獸的弟兄，即現在已經絶滅的犰狳的叔伯可能是所有犰狳的祖先。」但是，絶滅的種類是否總要留下後代呢？他在筆記中接着指出：「如果個體不能繁殖，它就沒有後代，這就是現在還生存着的南美洲的斑馬，而在北美洲，它卻已經絶滅了，沒有留下後代。
這就很自然地提出了這樣的問題：這種絶滅取決於什麼呢？」他把新的想法記了下來：“至于說到絶滅，那麼我們可以很容易地看到，鴕鳥的變種可能適應性很差，因而必將絶滅，或者在另一種情況下，像加拉帕戈斯群島上的反舌鶇那樣，處在有利的條件下而大大地繁殖起來。這一切都依據于這樣一個原則：在狹小境域內的繁殖和變化着的條件所引起的不斷變異，在適應于這些條件的情況下繼續存在和發展。因此物種的絶滅是由於不適應環境的結果。」
9進化的原因初探人來源於動物的這一點沒有使他這個既喜歡野生動物，又喜歡家養動物的博物學家，像許多和他同時代的人那樣，產生某種厭惡的情感。
達爾文寫道：「如果讓我們任意假設一下的話，那麼，動物，即在痛苦、疾病、死亡、苦難和饑餓中的弟兄，我們在最艱難工作中的奴隷，我們的歡樂與共的同志，所有這一切也許會使它們通往同我們具有一個共同的祖先這個來源——會使我們所有人融合在一起。」
他在用進化論說明所有生物的歷史發展時，同他在進行偉大的總結以前，以及進行偉大的總結期間的物理學和天文學方面的狀況都進行了對比。他感覺到，他的理論不能不遇到類似的反對意見。他寫道：「在萬有引力定律發現以前，可以說用一個規律來說明所有星球的運動，正如用一個規律來說明一個星球的運動一樣，都是困難的。人們也可能說，這對於所有哺乳動物是一個來源這一點來說，似乎什麼也沒有說明
如果我們打算說明的話……”，“天文學家曾經說過，上帝預先確定了每個星球要按照自己的特殊軌道運行。
同樣，上帝也要求每個動物在一定的國家裡以一定的形式創造出來，但是這種要求的威力是多麼簡單而又多麼雄偉：讓萬有引力按照一定的規律發揮作用吧，這將會導致一種不可避免的結果，——讓動物創造出來吧，那時它們的後代將按照一代被另一代所代替的固定規律而成為同樣的動物。」
我們根據筆記中這些倉促做出的評論可以看到，達爾文在這個時期明確地向自己提出了進化原因的問題，為了弄清進化的原因，他認為必須研究生物的適應性以及生物的性質、構成和本能。如果他的理論取得了勝利，他想在他的面前將會展現出科學進一步發展的極其廣闊的前景。他寫道：「我的理論將賦予現代
類型和古生代
類型比較解剖學以重要性：它將導致對本能、遺傳、智力遺傳以及整個形而上學的研究。它將導致對雜交、再生、變化原因的詳細考察，以便瞭解我們是從哪裡起源的和向何處發展，什麼情況有助于雜交，什麼情況妨礙雜交，這種情況和對物種構成中直接過渡的觀察，能夠導致變化規律的發現，而這種規律會成為研究的主要對象，並將指導我們的認識。」
10教 訓達爾文忙於對環球航海期間所從事的動物學和地質學做總結。
1838年上半年時，他感到身體不適，便決定到劍橋自己的朋友們那裡去住幾天，他住在亨斯羅家裡，晚上亨斯羅那裡聚集了很多人。達爾文認識了教阿拉伯語和猶太語的李教授，並拜訪了地質學家塞治威克。
在劍橋的休息對達爾文起了很好的作用。他終於恢復了健康。於是，他決定到蘇格蘭去遊覽一番，他從格拉斯哥出發，到了英威涅斯山谷，在這裡他住了八天，研究了類似羅埃河谷的地質學上的階地。天氣非常好。
在令人討厭的倫敦生活以後，達爾文對蘇格蘭的大自然感到特別愉快，對那美麗的晚霞非常欣賞。他在給賴爾的信中說，他所登上的第一個火山島和第一個火山口，甚至他所通過的科迪勒拉山脈也未必能像羅埃河谷那樣使他如此喜歡。
同年夏天，他回到倫敦以後，寫了關於這些階地的一篇論文，發表在倫敦皇家學會的《會報》上。在此之前，勞格·迪克和馬卡洛克都認為，羅埃河谷的階地是一些湖泊的沉積物，而這些湖泊則是由一些山岩和沖積層構成的堤壩形成的。達爾文認為，既不能用岩石也不能用土堤來截住水流，他駁斥了任何「湖泊的」理論而採用了惟一剩下的說明——海的活動。這個結論是錯誤的。
